「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分

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<tr>  
 
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<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
<td>for pdb2mrc2d : default</td>  
+
<td>2D画像(for pdb2mrc2d) : default</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
<td>for mrc3Dto2D </td>  
+
<td>2D画像セット(for mrc3Dto2D)</td>  
 
</tr>  
 
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.mrc | 入力ファイル]]の画像===
+
===入力ファイルの画像===
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<div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc|入力ファイル]]</div>
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<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td>
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<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-10181.1 (29, 12, 0)<br>
 +
47629.2 (45, 47, 0)<br>
 +
6507.05<br>
 +
8180.03<br>
 +
102.25<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
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<div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.mrc|入力ファイル]]</div>
 
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===[[:Media:Input-1VOM-2DSet.mrc | 参照ファイル]]の画像===
+
===参照ファイルの画像===
 +
<div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|参照ファイル]]</div>
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<table>
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<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(      600,        600,          1)<br>
 +
mrcFloatImage  <br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
7 (264, 44, 0)<br>
 +
0.129167<br>
 +
0.477347<br>
 +
0.000795579<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 
 +
<div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-2DSet.mrc|参照ファイル]]</div>
 
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2014年1月30日 (木) 07:24時点における版

mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(2D) NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(2D または 2Dセット) NULL
-o 選択 出力: パラメータ: mrcImage NULL
-O 選択 出力: パラメータ: ASCII stdout
-cor 選択 出力: 最大値の相関マップ (Linear): mrcImage NULL
-cor2 選択 出力: 最大値の相関マップ (Set Mode Correlation): mrcImage NULL
-corAll 選択 出力: 全ての角度での相関マップ: mrcImage NULL
-fit 選択 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Linear): mrcImage NULL
-fit2 選択 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Set Mode Correlation): mrcImage NULL
-nRot1 選択 Rotation number of Ref for Rot1 1
-nRot2 選択 Rotation number of Ref for Rot2 1
-nRot3 選択 Rotation number of Ref for Rot3 1
-dRot1 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1 1.0
-dRot2 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2 1.0
-dRot3 選択 Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3 1.0
-startRot1 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot1 0.0
-startRot2 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot2 0.0
-startRot3 選択 Start Angle [Degree] of Ref for Rot3 0.0
-n 選択 入力: Rotation around the vertical axis against image plane: dRot = 360/n [degree] 36
-range 選択 入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle) (-5.0, 5.0)
-refStep1 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot1 1
-refStep2 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot2 1
-refStep3 選択 SearchStep for Ref: Each Image along Rot3 1
-nRot1Area 選択 number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep) (-360, 360, 25)
-nRot2Area 選択 number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep) (-360, 360, 25)
-nRot3Area 選択 number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep) (-360, 360, 25)
-Iter 選択 Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane 1
-s 選択 SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation (0, 0, 0, 0)
-Shift 選択 Image Shift, when in > ref
-RepeatX 選択 RepeatX[A] 27.3
-RepeatXDelta 選択 RepeatXDelta[A] 5
-RepeatY 選択 RepeatY[A] 27.3
-RepeatYDelta 選択 RepeatYDelta[A] 5
-Xshift 選択 X-Shift Only
-NoShift 選択 No-Shift
-Log 選択 出力: ログファイル stdout
-pvm 選択 Task Number 1
-pvmList 選択 pvmList (コンフィグファイル) NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-Method 選択 0: Correlation, 1: SSDA 0
-StackOrder 選択 Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention 0
-RefineMode 選択 RefinementStep 0
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-n または -range を設定しなければならない。(参照ファイルの回転で使用する)
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
例)mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合
           -nRot1 3   -dRot1 1 -startRot1 89 
           -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2  0 
           -nRot3 4   -dRot1 3 -startRot1  3 

モードの詳細

Method=0のとき

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0,0) = 0


Refinement Correlation Map
モード 説明
0 sqrt(Sum |Fi-Gi|^2 / Sum |Gi|^2)
1 Sum |Gi||phaseFi - phaseGi| / Sum |Gi|
2 sqrt(Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|^2 / Sum |Gi| )
You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.

Method=1のとき

SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm

Method=2のとき

Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported

-StackOrder の詳細

モード 説明
0 2D画像(for pdb2mrc2d) : default
1 2D画像セット(for mrc3Dto2D)

-RefineMode の詳細

モード 説明
0 for LinearCorrelation; default
1 for SetModeCorrelation

-dRot と-nRotArea の関係

-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。

Search Area

-refStep[1|2|3]
Skip image number: Just skip ref-images
or
-nRot[1|2|3]Area
     Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode. 

実行例

入力ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する入力ファイル
Input-1VOM-N-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0)

47629.2 (45, 47, 0)
6507.05
8180.03

102.25


StackOrder=1で使用する入力ファイル
Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-10181.1 (39, 22, 0)

47629.2 (55, 57, 0)
4567.29
7036.58

70.3658


参照ファイルの画像

StackOrder=0(デフォルト)で使用する参照ファイル
Input-1VOM-2D.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 600, 600, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
7 (264, 44, 0)
0.129167
0.477347

0.000795579


StackOrder=1で使用する参照ファイル

Input-1VOM-2DSet.png
z=0

Input1-1VOM-2DSet.png
z=72

Input2-1VOM-2DSet.png
z=341

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 100, 100, 343)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
544.812 (37, 59, 341)
46.1383
74.5494

0.0402529