「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分
提供: Eospedia
行350: | 行350: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td>for pdb2mrc2d : default</td> | + | <td>2D画像(for pdb2mrc2d) : default</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td>for mrc3Dto2D </td> | + | <td>2D画像セット(for mrc3Dto2D)</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | ===[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D | + | ===入力ファイルの画像=== |
+ | <div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.mrc|入力ファイル]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-10181.1 (29, 12, 0)<br> | ||
+ | 47629.2 (45, 47, 0)<br> | ||
+ | 6507.05<br> | ||
+ | 8180.03<br> | ||
+ | 102.25<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D-P.mrc|入力ファイル]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行407: | 行428: | ||
<br> | <br> | ||
− | ===[[:Media:Input-1VOM- | + | ===参照ファイルの画像=== |
+ | <div>StackOrder=0(デフォルト)で使用する[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|参照ファイル]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">( 600, 600, 1)<br> | ||
+ | mrcFloatImage <br> | ||
+ | 0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 7 (264, 44, 0)<br> | ||
+ | 0.129167<br> | ||
+ | 0.477347<br> | ||
+ | 0.000795579<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>StackOrder=1で使用する[[:Media:Input-1VOM-2DSet.mrc|参照ファイル]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> |
2014年1月30日 (木) 07:24時点における版
mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(2D) | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage(2D または 2Dセット) | NULL |
-o | 選択 | 出力: パラメータ: mrcImage | NULL |
-O | 選択 | 出力: パラメータ: ASCII | stdout |
-cor | 選択 | 出力: 最大値の相関マップ (Linear): mrcImage | NULL |
-cor2 | 選択 | 出力: 最大値の相関マップ (Set Mode Correlation): mrcImage | NULL |
-corAll | 選択 | 出力: 全ての角度での相関マップ: mrcImage | NULL |
-fit | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Linear): mrcImage | NULL |
-fit2 | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(Set Mode Correlation): mrcImage | NULL |
-nRot1 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot1 | 1 |
-nRot2 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot2 | 1 |
-nRot3 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot3 | 1 |
-dRot1 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1 | 1.0 |
-dRot2 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2 | 1.0 |
-dRot3 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3 | 1.0 |
-startRot1 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot1 | 0.0 |
-startRot2 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot2 | 0.0 |
-startRot3 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot3 | 0.0 |
-n | 選択 | 入力: Rotation around the vertical axis against image plane: dRot = 360/n [degree] | 36 |
-range | 選択 | 入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle) | (-5.0, 5.0) |
-refStep1 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot1 | 1 |
-refStep2 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot2 | 1 |
-refStep3 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot3 | 1 |
-nRot1Area | 選択 | number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-nRot2Area | 選択 | number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-nRot3Area | 選択 | number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-Iter | 選択 | Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane | 1 |
-s | 選択 | SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation | (0, 0, 0, 0) |
-Shift | 選択 | Image Shift, when in > ref | |
-RepeatX | 選択 | RepeatX[A] | 27.3 |
-RepeatXDelta | 選択 | RepeatXDelta[A] | 5 |
-RepeatY | 選択 | RepeatY[A] | 27.3 |
-RepeatYDelta | 選択 | RepeatYDelta[A] | 5 |
-Xshift | 選択 | X-Shift Only | |
-NoShift | 選択 | No-Shift | |
-Log | 選択 | 出力: ログファイル | stdout |
-pvm | 選択 | Task Number | 1 |
-pvmList | 選択 | pvmList (コンフィグファイル) | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-Method | 選択 | 0: Correlation, 1: SSDA | 0 |
-StackOrder | 選択 | Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention | 0 |
-RefineMode | 選択 | RefinementStep | 0 |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-n または -range を設定しなければならない。(参照ファイルの回転で使用する)
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
例)mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合 -nRot1 3 -dRot1 1 -startRot1 89 -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2 0 -nRot3 4 -dRot1 3 -startRot1 3
モードの詳細
Method=0のとき
モード | 説明 |
---|---|
0 | Normal Correlation FxG* |
1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
16 | (0,0) = 0 |
Refinement Correlation Map
モード | 説明 |
---|---|
0 | sqrt(Sum |Fi-Gi|^2 / Sum |Gi|^2) |
1 | Sum |Gi||phaseFi - phaseGi| / Sum |Gi| |
2 | sqrt(Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|^2 / Sum |Gi| ) |
You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.
Method=1のとき
SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm
Method=2のとき
Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported
-StackOrder の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 2D画像(for pdb2mrc2d) : default |
1 | 2D画像セット(for mrc3Dto2D) |
-RefineMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | for LinearCorrelation; default |
1 | for SetModeCorrelation |
-dRot と-nRotArea の関係
-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。
Search Area
-refStep[1|2|3] Skip image number: Just skip ref-images or -nRot[1|2|3]Area Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.
実行例
入力ファイルの画像
StackOrder=0(デフォルト)で使用する入力ファイル
最小 最大 |
-10181.1 (29, 12, 0) 47629.2 (45, 47, 0) |
StackOrder=1で使用する入力ファイル
最小 最大 |
-10181.1 (39, 22, 0) 47629.2 (55, 57, 0) |
参照ファイルの画像
StackOrder=0(デフォルト)で使用する参照ファイル
サイズ モード |
( 600, 600, 1) mrcFloatImage |
StackOrder=1で使用する参照ファイル
サイズ モード |
( 100, 100, 343) mrcFloatImage |