「mrcImageAutoRotationCorrelation3D」の版間の差分

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(メインオプション)
 
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'''mrcImageAutoRotationCorrelation3D'''とは[[mrcImage]]ファイルの3次元データ間の相関値を計算するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageAutoRotationCorrelation3D'''とは[[mrcImage]]ファイルの3次元データ間の相関値を計算するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。参照画像に対してもっとも合う3次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。
  
 
== アルゴリズム ==
 
== アルゴリズム ==
 +
リファレンスの3次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。
 +
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
 +
 下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。
 +
 
===メインオプション===
 
===メインオプション===
 
<table border="1">  
 
<table border="1">  
行15: 行19:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力テストファイル:[[mrcImage]](INPUT)</td>  
+
<td>入力テストファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行21: 行25:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>参照テストファイル:[[mrcImage]](INPUT)</td>  
+
<td>参照テストファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>
 
</tr>
行27: 行31:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:パラメータ</td>  
+
<td>出力ファイル: パラメータ</td>  
<td>stdout(設定しなければ標準出力)</td>  
+
<td>stdout(設定しなければ標準出力)</td>  
 
</tr>
 
</tr>
 
  <tr>  
 
  <tr>  
 
<td>-cor</td>  
 
<td>-cor</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル:相関マップ</td>  
+
<td>出力ファイル: 相関マップ: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>   
 
</tr>   
行39: 行43:
 
<td>-fit</td>  
 
<td>-fit</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像:[[mrcImage]](OUTPUT)</td>  
+
<td>出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>
 
</tr>
行45: 行49:
 
<td>-EA</td>  
 
<td>-EA</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>[[オイラー角]]の選択:4文字(INPUT)</td>  
+
<td>入力: [[オイラー角]]の選択:4文字</td>  
<td>YOYS</td>                 <
+
<td>YOYS</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Rot1</td>  
 
<td>-Rot1</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>[[オイラー角]]の第1角の範囲:min max delta(INPUT)</td>  
+
<td>入力: [[オイラー角]]の第1角の範囲:min max delta</td>  
<td>0.0 360.0 5.0</td>                 <
+
<td>0.0 360.0 5.0</td>  
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Rot2</td>  
 
<td>-Rot2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>[[オイラー角]]の第2角の範囲:min max delta(INPUT)</td>  
+
<td>入力: [[オイラー角]]の第2角の範囲:min max delta</td>  
<td>0.0 180.0 5.0</td>                 <
+
<td>0.0 180.0 5.0</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Rot3</td>  
 
<td>-Rot3</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>[[オイラー角]]の第3角の範囲:min max delta(INPUT)</td>  
+
<td>入力: [[オイラー角]]の第3角の範囲:min max delta</td>  
<td>0.0 360.0 5.0</td>                 <
+
<td>0.0 360.0 5.0</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Xrange</td>  
 
<td>-Xrange</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、X方向の全範囲</td>  
+
<td>入力: x: min max: [pixel]</td>  
<td>0 0</td>                 <
+
<td>0 0(設定しなければ、X方向の全範囲)</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Yrange</td>  
 
<td>-Yrange</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Y方向の全範囲</td>  
+
<td>入力: y: min max: [pixel]</td>  
<td>0 0</td>                 <
+
<td>0 0(設定しなければ、Y方向の全範囲)</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Zrange</td>  
 
<td>-Zrange</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Z方向の全範囲</td>  
+
<td>入力: z: min max: [pixel]</td>  
<td>0 0</td>                 <
+
<td>0 0(設定しなければ、Z方向の全範囲)</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-M</td>  
 
<td>-M</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>相関関数の選択:(INPUT)</td>  
+
<td>入力: 相関関数の選択</td>  
<td>0</td>                 <
+
<td>0</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-MR</td>  
 
<td>-MR</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>画像回転の取り扱い:(INPUT) 1: 平均値で周辺を埋める 0: 楕円体としての回転 +16: 直方体としての回転</td>  
+
<td>入力: 画像回転の取り扱い</td>  
 
<td>0</td>
 
<td>0</td>
          <td>単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、0が推奨、そうではなく、周辺まで像があるときには、16が推奨</td>      <
 
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>画像の補間モード:(INPUT); 0: 最近傍、1:1次補間、2:3次補間</td>  
+
<td>入力: 画像の補間モード</td>  
<td>0</td>                 <
+
<td>0</td>
 
</tr>
 
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-c</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>コンフィグファイル設定</td>
 +
<td>NULL</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-h</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>ヘルプを表示</td>
 +
<td> </td>
 +
</tr>
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
<table border="1">
+
==== 回転のモード:  -MR ====
<div align="left">  
+
<table border="1">
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>モード</th>  
 
<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>0で周辺を埋める</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>平均値で周辺を埋める</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>+0</td>
 +
<td>楕円体としての回転</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>+16</td>
 +
<td>直方体としての回転</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、0が推奨<br>
 +
そうではなく、周辺まで像があるときには、16が推奨</div>
  
</div>
 
</table>
 
  
==== 回転のモード:  -MR ====
+
==== 相関関数のモード-M ====
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>Normal Correlation FxG*</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>Phase  Correlation FxG*/    |FxG*|</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>Phase  Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>3</td>
 +
<td>Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>16</td>
 +
<td>(0,0) = 0 </td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
==== 補間のモード: -m ====
 +
<table border="1">
 +
<tr>
 +
<th>モード</th>
 +
<th>説明</th>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>0</td>
 +
<td>最近傍</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>1</td>
 +
<td>1次補間</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>2</td>
 +
<td>3次補間</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
== 実行例 ==
 +
 
 +
参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。
 +
相関は、参照像を([[オイラー角]]、この場合は、YOYSであるので、Y軸回転(Rot1)、X軸回転(Rot2)、Z軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、3つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。
 +
回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数(相関マップ)から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。
 +
 
 +
$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2
 +
 
 +
 
 +
===[[Media:Input-ThickFilaments3-P.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (1, 1, 0)<br>
 +
1 (19, 1, 0)<br>
 +
0.0111612<br>
 +
0.102481<br>
 +
0.00114578<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===[[Media:Input-ThickFilaments4-P.mrc | 参照ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Refer-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (1, 1, 0)<br>
 +
1 (19, 1, 0)<br>
 +
0.00852714<br>
 +
0.0897409<br>
 +
0.00100333<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -Rot1, -Rot2, -Rot3===
 +
====Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 
<pre>
 
<pre>
0: padding 0  
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
1: padding average
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
+0: within ellipsoidal area.
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
+16: within square area.
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 149.999997 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6348069965383335936.000000 -0.005416
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 210.000013 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6354297599243059200.000000 -0.005659
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 270.000001 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6356619767800922112.000000 -0.006271
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 330.000016 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6358941936358785024.000000 0.017826
 +
Max: YOYS 0.000000 30.000001 0.000000 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6361264104916647936.000000 -0.005977
 +
Max: YOYS 0.000000 30.000001 60.000002 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6363586273474510848.000000 -0.005946
 +
Max: YOYS 0.000000 30.000001 120.000003 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6365908442032373760.000000 -0.005885
 +
Max: YOYS 0.000000 30.000001 180.000005 at -13.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 36902486550580822016.000000 -0.006037
 
</pre>
 
</pre>
  
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Rot1Rot2Rot3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0804175 (0, 0, 6)<br>
 +
3.69025e+19 (0, 1, 6)<br>
 +
6.32628e+18<br>
 +
1.10996e+18<br>
 +
3.22712e+16<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
  
==== 相関関数のモード: -M ====
+
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-Rot1Rot2Rot3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (15, 13, 1)<br>
 +
0.00425752<br>
 +
0.0650531<br>
 +
0.000727315<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -EA===
 +
====EA=ZENS, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 
<pre>
 
<pre>
0: Normal Correlation FxG*
+
Max: ZENS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
1: Phase  Correlation FxG*/    |FxG*|
+
Max: ZENS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
2: Phase  Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
+
Max: ZENS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
3: Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
+
16: (0,0) = 0  
+
 
</pre>
 
</pre>
  
==== 補間のモード: -m ====
+
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-EA-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0336148 (1, 4, 0)<br>
 +
0.178878 (0, 0, 3)<br>
 +
0.0440549<br>
 +
0.0119811<br>
 +
0.00034834<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2--mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (1, 17, 1)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -Xrange, -Yrange, Zrange===
 +
====Xrange=(10, 15), Yrange=(10, 15), Zrange=(10, 15), Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 
<pre>
 
<pre>
0: Nearest
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at 0.000000 0.000000 0.000000 Cor 0.033541 0.056044
1: Bilinear
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 120.000003 at 14.000000 12.000000 10.000000 Cor 0.033731 0.016596
2: CubicConvolution
+
Max: YOYS 0.000000 0.000000 210.000013 at 14.000000 13.000000 11.000000 Cor 0.033857 -0.005534
 +
Max: YOYS 0.000000 30.000001 299.999995 at 10.000000 14.000000 10.000000 Cor 0.044848 -0.005701
 +
Max: YOYS 0.000000 90.000003 120.000003 at 10.000000 14.000000 10.000000 Cor 0.045006 -0.006493
 +
Max: YOYS 30.000001 149.999997 180.000005 at 13.000000 10.000000 13.000000 Cor 0.045016 0.015388
 +
Max: YOYS 60.000002 0.000000 90.000003 at 12.000000 12.000000 10.000000 Cor 0.045173 -0.006438
 +
Max: YOYS 120.000003 120.000003 30.000001 at 14.000000 12.000000 13.000000 Cor 0.055965 -0.006359
 
</pre>
 
</pre>
  
== 実行例 ==
+
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-range-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0114748 (1, 4, 1)<br>
 +
0.0559651 (4, 4, 1)<br>
 +
0.0270246<br>
 +
0.00637686<br>
 +
0.000185402<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-range-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (5, 1, 0)<br>
 +
0.00500987<br>
 +
0.0705332<br>
 +
0.000788586<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -MR===
 +
====MR=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.141222 -0.006563
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157193 -0.005707
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.177568 -0.006511
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-MR1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0385571 (7, 1, 4)<br>
 +
0.177568 (0, 0, 3)<br>
 +
0.0485775<br>
 +
0.0100862<br>
 +
0.000293248<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-MR1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br>
 +
1 (1, 17, 1)<br>
 +
0.0107168<br>
 +
0.0667423<br>
 +
0.000746202<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====MR=16, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -31.000000 -20.000000 -20.000000 Cor 0.212045 0.003815
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-MR16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0454467 (9, 5, 3)<br>
 +
0.212045 (0, 0, 0)<br>
 +
0.0594773<br>
 +
0.0110256<br>
 +
0.000320561<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-MR16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 1, 0)<br>
 +
1 (8, 1, 0)<br>
 +
0.0111612<br>
 +
0.102481<br>
 +
0.00114578<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====MR=17, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -31.000000 -20.000000 -20.000000 Cor 0.212045 0.003815
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-MR17-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0454467 (9, 5, 3)<br>
 +
0.212045 (0, 0, 0)<br>
 +
0.0594773<br>
 +
0.0110256<br>
 +
0.000320561<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-MR17-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 1, 0)<br>
 +
1 (8, 1, 0)<br>
 +
0.0111612<br>
 +
0.102481<br>
 +
0.00114578<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -M===
 +
====M=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -25.000000 Cor 7.951506 -0.006330
 +
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 12.379415 -0.006212
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">4.31499 (2, 2, 1)<br>
 +
12.3794 (0, 6, 0)<br>
 +
5.69666<br>
 +
0.775057<br>
 +
0.0225341<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-M1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (8, 1, 0)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====M=2, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -25.000000 Cor 0.669592 -0.006330
 +
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 1.027818 -0.006212
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.350646 (0, 2, 1)<br>
 +
1.02782 (0, 6, 0)<br>
 +
0.963981<br>
 +
0.136232<br>
 +
0.00396083<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-M2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (8, 1, 0)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====M=3, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -28.000000 Cor 0.218833 -0.006388
 +
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 0.328095 -0.006212
 +
Max: YOYS 0.000000 180.000005 60.000002 at -25.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 1.000000 -0.006033
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0938449 (7, 0, 0)<br>
 +
1 (0, 6, 2)<br>
 +
0.143836<br>
 +
0.0360716<br>
 +
0.00104875<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-M3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (8, 19, 1)<br>
 +
0.00400752<br>
 +
0.0631187<br>
 +
0.000705688<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====M=16, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0298141 (7, 0, 0)<br>
 +
0.178878 (0, 0, 3)<br>
 +
0.040371<br>
 +
0.0105544<br>
 +
0.000306859<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-M16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (1, 17, 1)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
===オプション -m===
 +
====m=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.158153 -0.008176
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0176277 (1, 5, 4)<br>
 +
0.178878 (0, 0, 3)<br>
 +
0.0280273<br>
 +
0.0115913<br>
 +
0.000337007<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-m1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (1, 17, 1)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
 
 +
====m=2, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行====
 +
=====-o のデータ=====
 +
<pre>
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.151922 -0.006019
 +
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
 +
</pre>
 +
 
 +
=====-cor の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.0256789 (8, 5, 7)<br>
 +
0.178878 (0, 0, 3)<br>
 +
0.0361763<br>
 +
0.0103279<br>
 +
0.000300277<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====-fit の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-m2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-4.76837e-07 (10, 14, 9)<br>
 +
1 (1, 17, 1)<br>
 +
0.0045<br>
 +
0.0669309<br>
 +
0.000748311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
  
 
== 参考文献 ==
 
== 参考文献 ==

2014年7月17日 (木) 01:21時点における最新版

mrcImageAutoRotationCorrelation3DとはmrcImageファイルの3次元データ間の相関値を計算するためのEosコマンドである。参照画像に対してもっとも合う3次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。

目次

アルゴリズム

リファレンスの3次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。

オプション一覧

 下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力テストファイル: mrcImage NULL
-r 必須 参照テストファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: パラメータ stdout(設定しなければ標準出力)
-cor 選択 出力ファイル: 相関マップ: mrcImage NULL
-fit 選択 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像: mrcImage NULL
-EA 選択 入力: オイラー角の選択:4文字 YOYS
-Rot1 選択 入力: オイラー角の第1角の範囲:min max delta 0.0 360.0 5.0
-Rot2 選択 入力: オイラー角の第2角の範囲:min max delta 0.0 180.0 5.0
-Rot3 選択 入力: オイラー角の第3角の範囲:min max delta 0.0 360.0 5.0
-Xrange 選択 入力: x: min max: [pixel] 0 0(設定しなければ、X方向の全範囲)
-Yrange 選択 入力: y: min max: [pixel] 0 0(設定しなければ、Y方向の全範囲)
-Zrange 選択 入力: z: min max: [pixel] 0 0(設定しなければ、Z方向の全範囲)
-M 選択 入力: 相関関数の選択 0
-MR 選択 入力: 画像回転の取り扱い 0
-m 選択 入力: 画像の補間モード 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

回転のモード: -MR

モード 説明
0 0で周辺を埋める
1 平均値で周辺を埋める
+0 楕円体としての回転
+16 直方体としての回転
単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、0が推奨
そうではなく、周辺まで像があるときには、16が推奨


相関関数のモード: -M

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0,0) = 0


補間のモード: -m

モード 説明
0 最近傍
1 1次補間
2 3次補間


実行例

参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。 相関は、参照像を(オイラー角、この場合は、YOYSであるので、Y軸回転(Rot1)、X軸回転(Rot2)、Z軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、3つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。 回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数(相関マップ)から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。

$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2


入力ファイルの画像

Input-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 1, 0)

1 (19, 1, 0)
0.0111612
0.102481

0.00114578

参照ファイルの画像

Refer-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 1, 0)

1 (19, 1, 0)
0.00852714
0.0897409

0.00100333


オプション -Rot1, -Rot2, -Rot3

Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
Max: YOYS 0.000000 0.000000 149.999997 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6348069965383335936.000000 -0.005416
Max: YOYS 0.000000 0.000000 210.000013 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6354297599243059200.000000 -0.005659
Max: YOYS 0.000000 0.000000 270.000001 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6356619767800922112.000000 -0.006271
Max: YOYS 0.000000 0.000000 330.000016 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6358941936358785024.000000 0.017826
Max: YOYS 0.000000 30.000001 0.000000 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6361264104916647936.000000 -0.005977
Max: YOYS 0.000000 30.000001 60.000002 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6363586273474510848.000000 -0.005946
Max: YOYS 0.000000 30.000001 120.000003 at -14.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 6365908442032373760.000000 -0.005885
Max: YOYS 0.000000 30.000001 180.000005 at -13.000000 -17.000000 -20.000000 Cor 36902486550580822016.000000 -0.006037
-cor の画像
Outdata-Rot1Rot2Rot3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0804175 (0, 0, 6)

3.69025e+19 (0, 1, 6)
6.32628e+18
1.10996e+18

3.22712e+16

-fit の画像
Outdata2-Rot1Rot2Rot3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (15, 13, 1)
0.00425752
0.0650531

0.000727315


オプション -EA

EA=ZENS, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: ZENS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
Max: ZENS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
Max: ZENS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
-cor の画像
Outdata-EA-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0336148 (1, 4, 0)

0.178878 (0, 0, 3)
0.0440549
0.0119811

0.00034834

-fit の画像
Outdata2--mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (1, 17, 1)
0.0045
0.0669309

0.000748311


オプション -Xrange, -Yrange, Zrange

Xrange=(10, 15), Yrange=(10, 15), Zrange=(10, 15), Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at 0.000000 0.000000 0.000000 Cor 0.033541 0.056044
Max: YOYS 0.000000 0.000000 120.000003 at 14.000000 12.000000 10.000000 Cor 0.033731 0.016596
Max: YOYS 0.000000 0.000000 210.000013 at 14.000000 13.000000 11.000000 Cor 0.033857 -0.005534
Max: YOYS 0.000000 30.000001 299.999995 at 10.000000 14.000000 10.000000 Cor 0.044848 -0.005701
Max: YOYS 0.000000 90.000003 120.000003 at 10.000000 14.000000 10.000000 Cor 0.045006 -0.006493
Max: YOYS 30.000001 149.999997 180.000005 at 13.000000 10.000000 13.000000 Cor 0.045016 0.015388
Max: YOYS 60.000002 0.000000 90.000003 at 12.000000 12.000000 10.000000 Cor 0.045173 -0.006438
Max: YOYS 120.000003 120.000003 30.000001 at 14.000000 12.000000 13.000000 Cor 0.055965 -0.006359
-cor の画像
Outdata-range-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0114748 (1, 4, 1)

0.0559651 (4, 4, 1)
0.0270246
0.00637686

0.000185402

-fit の画像
Outdata2-range-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (5, 1, 0)
0.00500987
0.0705332

0.000788586


オプション -MR

MR=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.141222 -0.006563
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157193 -0.005707
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.177568 -0.006511
-cor の画像
Outdata-MR1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0385571 (7, 1, 4)

0.177568 (0, 0, 3)
0.0485775
0.0100862

0.000293248

-fit の画像
Outdata2-MR1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

1 (1, 17, 1)
0.0107168
0.0667423

0.000746202


MR=16, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -31.000000 -20.000000 -20.000000 Cor 0.212045 0.003815
-cor の画像
Outdata-MR16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0454467 (9, 5, 3)

0.212045 (0, 0, 0)
0.0594773
0.0110256

0.000320561

-fit の画像
Outdata2-MR16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 1, 0)

1 (8, 1, 0)
0.0111612
0.102481

0.00114578


MR=17, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -31.000000 -20.000000 -20.000000 Cor 0.212045 0.003815
-cor の画像
Outdata-MR17-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0454467 (9, 5, 3)

0.212045 (0, 0, 0)
0.0594773
0.0110256

0.000320561

-fit の画像
Outdata2-MR17-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 1, 0)

1 (8, 1, 0)
0.0111612
0.102481

0.00114578


オプション -M

M=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -25.000000 Cor 7.951506 -0.006330
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 12.379415 -0.006212
-cor の画像
Outdata-M1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

4.31499 (2, 2, 1)

12.3794 (0, 6, 0)
5.69666
0.775057

0.0225341

-fit の画像
Outdata2-M1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (8, 1, 0)
0.0045
0.0669309

0.000748311


M=2, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -25.000000 Cor 0.669592 -0.006330
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 1.027818 -0.006212
-cor の画像
Outdata-M2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.350646 (0, 2, 1)

1.02782 (0, 6, 0)
0.963981
0.136232

0.00396083

-fit の画像
Outdata2-M2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (8, 1, 0)
0.0045
0.0669309

0.000748311


M=3, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -20.000000 -21.000000 -28.000000 Cor 0.218833 -0.006388
Max: YOYS 0.000000 180.000005 0.000000 at -20.000000 -22.000000 -28.000000 Cor 0.328095 -0.006212
Max: YOYS 0.000000 180.000005 60.000002 at -25.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 1.000000 -0.006033
-cor の画像
Outdata-M3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0938449 (7, 0, 0)

1 (0, 6, 2)
0.143836
0.0360716

0.00104875

-fit の画像
Outdata2-M3-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (8, 19, 1)
0.00400752
0.0631187

0.000705688


M=16, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.157113 -0.005784
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
-cor の画像
Outdata-M16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0298141 (7, 0, 0)

0.178878 (0, 0, 3)
0.040371
0.0105544

0.000306859

-fit の画像
Outdata2-M16-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (1, 17, 1)
0.0045
0.0669309

0.000748311


オプション -m

m=1, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.158153 -0.008176
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
-cor の画像
Outdata-m1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0176277 (1, 5, 4)

0.178878 (0, 0, 3)
0.0280273
0.0115913

0.000337007

-fit の画像
Outdata2-m1-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (1, 17, 1)
0.0045
0.0669309

0.000748311


m=2, Rot1=(0, 360, 30), Rot2=(0, 180, 30), Rot3=(0, 360, 30)で実行

-o のデータ
Max: YOYS 0.000000 0.000000 0.000000 at -23.000000 -28.000000 -20.000000 Cor 0.140128 -0.006095
Max: YOYS 0.000000 0.000000 30.000001 at -18.000000 -32.000000 -20.000000 Cor 0.151922 -0.006019
Max: YOYS 0.000000 0.000000 90.000003 at -26.000000 -30.000000 -20.000000 Cor 0.178878 -0.006212
-cor の画像
Outdata-m2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0256789 (8, 5, 7)

0.178878 (0, 0, 3)
0.0361763
0.0103279

0.000300277

-fit の画像
Outdata2-m2-mrcImageAutoRotationCorrelation3D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-4.76837e-07 (10, 14, 9)

1 (1, 17, 1)
0.0045
0.0669309

0.000748311


参考文献