「mrcImageAutoRotationCorrelation3D」の版間の差分

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== 実行例 ==
 
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参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。
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相関は、参照像を[[Euler Angle]]([[オイラー角]]、この場合は、YOYSであるので、Y軸回転(Rot1)、X軸回転(Rot2)、Z軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、3つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。
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回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数(相関マップ)から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。
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$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2
  
 
== 参考文献 ==
 
== 参考文献 ==

2013年6月26日 (水) 20:53時点における版

mrcImageAutoRotationCorrelation3DとはmrcImageファイルの3次元データ間の相関値を計算するためのEosコマンドである。参照画像に対してもっとも合う3次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。

アルゴリズム

リファレンスの3次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。

オプション一覧

 下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。

メインオプション

                <                 <                 <                 <                 <                 <                 <                 <                 <                 <
オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト 備考(推奨など)
-i 必須 入力テストファイル:mrcImage(INPUT) NULL
-r 必須 参照テストファイル:mrcImage(INPUT) NULL
-o 選択 出力ファイル:パラメータ stdout(設定しなければ標準出力)
-cor 選択 出力ファイル:相関マップ:mrcImage(OUTPUT) NULL
-fit 選択 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像:mrcImage(OUTPUT) NULL
-EA 選択 オイラー角の選択:4文字(INPUT) YOYS
-Rot1 選択 オイラー角の第1角の範囲:min max delta(INPUT) 0.0 360.0 5.0
-Rot2 選択 オイラー角の第2角の範囲:min max delta(INPUT) 0.0 180.0 5.0
-Rot3 選択 オイラー角の第3角の範囲:min max delta(INPUT) 0.0 360.0 5.0
-Xrange 選択 min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、X方向の全範囲 0 0
-Yrange 選択 min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Y方向の全範囲 0 0
-Zrange 選択 min max (INPUT) [pixel] : 設定しなければ、Z方向の全範囲 0 0
-M 選択 相関関数の選択:(INPUT) 0
-MR 選択 画像回転の取り扱い:(INPUT) 1: 平均値で周辺を埋める 0: 楕円体としての回転 +16: 直方体としての回転 0単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、0が推奨、そうではなく、周辺まで像があるときには、16が推奨
-m 選択 画像の補間モード:(INPUT); 0: 最近傍、1:1次補間、2:3次補間 0

モードの詳細

回転のモード: -MR

 0: padding 0 
 1: padding average 
 +0:  within ellipsoidal area.
 +16: within square area.


相関関数のモード: -M

0: Normal Correlation FxG*
1: Phase  Correlation FxG*/     |FxG*|
2: Phase  Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3: Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16: (0,0) = 0 

 補間のモード: -m

0: Nearest 
1: Bilinear
2: CubicConvolution

実行例

参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。 相関は、参照像をEuler Angle(オイラー角、この場合は、YOYSであるので、Y軸回転(Rot1)、X軸回転(Rot2)、Z軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、3つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。 回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数(相関マップ)から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。

$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2

参考文献