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オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定(Original Image ) NULL
-r 必須 参照ファイル設定(CTF Compensated Image) NULL
-o 選択 Output Optimum [text]
defocus and amlitude-contrast at minimum point
-oP 選択 Output Distribution [mrc image] NULL
-oC 選択 Output CTF Information file

Type (-mC)
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0)

1: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 1)
-oF 選択 Output Result FFT[mrc image] NULL
-kV 選択 AccVol[kV] 200
-Cs 選択 Cs[mm] 2.1
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] 0.02
-W 選択 WhiteNoise 1.0
-df 選択 df[A] for in(mindf, maxdf, deldf)) (0.0, 200000, 1000)
-AoveP 選択 AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) (0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin 選択 Rmin[/A] 0.0
-Rmax 選択 Rmax[/A] 0.1
-mF 選択 Filter Type 1
-mW 選択 Wight Type 0
-mS 選択 Sum Type 0
-mC 選択 CTF Information Type 0
-M 選択 ref Type 0
-PiselSize 選択 Pixel Size [A] 5
-Width 選択 Pad Width [pixel] 120
-truePitch 選択 True Pitch [A] 700
-dfRef 選択 dfRef for ref(firstDf, withinDf) (70000, 1000)
-AoverPRef 選択 A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (0.05, 0.01)
-MaxIter 選択 MaxIteration for ref 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-mF の詳細

モード 説明
0 No CTF compensation
1 Phase only: W = CTF/|CTF|
2 Multiply  : W = CTF
3 Multiply  : W = 1/CTF
4 Wiener filter (constant noise): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5 Multiply  : W = CTF^2

-mW の詳細

モード 説明
0 Weight = 1
1 Weight = (|in| + |ref|)/2

-mS の詳細

モード 説明
0 Sigma[Phase(i)]
1 Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]

-M の詳細

モード 説明
0 CTF compensated single image
1 Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.

CTF compensatation were done between min defocus to max defocus.
This mode is for myosin filaments.
(Options) -PixelSize -Width -truePitch

-dfRef -AoverPRef -MaxIter
2 Result FFT
(Options) -oF, -dfRef, -AoverPRef