mrcImageFOMCalc

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mrcImageFOMCalcとはmrcImage(3DFFT)ファイルからFOM(Figure of merit)を算出するEosコマンドである。

アルゴリズム

FOM(Figure of merit)のアルゴリズムについては下記、参考文献を参照。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT)(3D) NULL
-I 選択 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(FFT)(3D) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-w 選択 Weight 1.0
-RR 選択 Ring Range (Rmin, Rmax) (0.0, 0.1)
-dR 選択 Ring Width 0.0
-nS 選択 Sector Number 1
-dA 選択 delta Alpha 5
-XMax 選択 Xmax: If not set, one calc Xmax 0.0
-AS 選択 Auto Scaling
-AAS 選択 All Area Auto Scaling 0.05
-RS 選択 R Scaling
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-i, -I のいずれかは必須項目


モードの詳細

モード 説明
0


-I のフォーマット

3DFFTファイル
3DFFTファイル
.
.


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-N-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.466157 (79, 38, 83)

11101.8 (0, 0, 0)
417.825
227.083

0.227083


Input-121P-N1-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.337695 (84, 41, 49)

10881.2 (0, 0, 0)
418.011
227.229

0.227229


-I のデータ
Input-121P-N.fft	1.0
Input-121P-N2.fft	1.0

Input-121P-N.fftは-i のファイルを使用する

Input-121P-N2-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2175.23 (42, 93, 33)

4252.65 (42, 64, 56)
10.8573
474.411

0.474411


-i のデータで実行

その他のオプション設定なし

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    1.5496e+05    1.0000e+00


w=2.0で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6078          2588    8.5440e+02    2.0000e+00


RR=(0.1, 0.6)で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   1.0000e-01    6.0000e-01        0.4923        408780    8.8144e+04    1.0000e+00


dR=0.01で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-02           nan             0    0.0000e+00    1.0000e+00
   1.0000e-02    2.0000e-02        0.9982            28    1.5495e+05    1.0000e+00
   2.0000e-02    3.0000e-02        0.9407            60    1.5496e+05    1.0000e+00
   3.0000e-02    4.0000e-02        0.8423           112    1.0873e+04    1.0000e+00
   4.0000e-02    5.0000e-02        0.7840           156    1.0872e+04    1.0000e+00
   5.0000e-02    6.0000e-02        0.7246           268    4.0601e+02    1.0000e+00
   6.0000e-02    7.0000e-02        0.7007           328    4.4218e+03    1.0000e+00
   7.0000e-02    8.0000e-02        0.6649           408    2.3074e+02    1.0000e+00
   8.0000e-02    9.0000e-02        0.6015           520    3.9558e+03    1.0000e+00
   9.0000e-02    1.0000e-01        0.6063           672    9.1944e+02    1.0000e+00


nS=10で実行

##Sector index     0/   10        0.00        9.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6914           552    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     1/   10        9.00       18.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           304    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     2/   10       18.00       27.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6687           376    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     3/   10       27.00       36.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6560           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     4/   10       36.00       45.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6729           296    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     5/   10       45.00       54.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.7008           232    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     6/   10       54.00       63.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6690           196    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     7/   10       63.00       72.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6572           176    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     8/   10       72.00       81.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.5504            92    1.5496e+05    1.0000e+00
##Sector index     9/   10       81.00       90.00        9.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6745            68    1.5496e+05    1.0000e+00


dA=3で実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6691          2588    1.5496e+05    1.0000e+00


AAS=0.01で実行

All Area Scaling Calc. Start: 1
ScalingFactor 0: 0.995613 = 1.83391e+06/1.82586e+06
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    3.2948e+04    9.9561e-01


-ASで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6693          2588    2.8993e+04    9.9509e-01


-RSで実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.6289          2588    4.2090e+03    1.0000e+00


-I のデータで実行

その他のオプション設定なし

sumPP is zero
sumPP is zero

-中略-

sumPP is zero
##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    1.0000e-01        0.8316          5176    2.6579e+05    1.0000e+00    1.0000e+00


-RS, RR=(0.0, 0.05)にて実行

##Sector index     0/    1        0.00       90.00       90.00
##      minR<        <=maxR           FOM           Num          XMax       Scaling
   0.0000e+00    5.0000e-02        0.9090           784    9.9502e+02    1.0000e+00    1.0000e+00


参考文献