「mrcImageHelicalAveraging」の版間の差分
細 (Kinoshita がページ「MrcImageHelicalAveraging」を「mrcImageHelicalAveraging」に移動しました) |
(→メインオプション) |
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(同じ利用者による、間の3版が非表示) | |||
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行65: | 行65: | ||
<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行89: | 行89: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 4.07334 (34, 9, 75)<br> | ||
+ | 0.00164516<br> | ||
+ | 0.0572113<br> | ||
+ | 8.29149e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 4.07334 (34, 9, 75)<br> | ||
+ | 0.00164516<br> | ||
+ | 0.0572113<br> | ||
+ | 8.29149e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -N=== | ||
+ | ====N=3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 10.9537 (59, 35, 0)<br> | ||
+ | 0.164516<br> | ||
+ | 0.912197<br> | ||
+ | 0.0132202<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -dz=== | ||
+ | ====dz=10, N=3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.178582 (10, 26, 64)<br> | ||
+ | 1.35778 (34, 9, 75)<br> | ||
+ | 0.00164845<br> | ||
+ | 0.0325027<br> | ||
+ | 4.71054e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -dp=== | ||
+ | ====dp=100, N=3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.188671 (36, 59, 41)<br> | ||
+ | 1.35778 (34, 9, 75)<br> | ||
+ | 0.00164518<br> | ||
+ | 0.0324603<br> | ||
+ | 4.7044e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.592748 (68, 64, 76)<br> | ||
+ | 4.09975 (67, 63, 76)<br> | ||
+ | 0.00566568<br> | ||
+ | 0.1042<br> | ||
+ | 0.000151015<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====W=3で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.592748 (68, 64, 76)<br> | ||
+ | 4.32666 (1, 67, 44)<br> | ||
+ | 0.0127395<br> | ||
+ | 0.155628<br> | ||
+ | 0.000225548<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=2で実行==== | ||
+ | =====その他のオプションなし===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.21806 (68, 64, 76)<br> | ||
+ | 4.07334 (34, 9, 75)<br> | ||
+ | 0.00318454<br> | ||
+ | 0.0655606<br> | ||
+ | 9.50153e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====W=3で実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.614633 (38, 8, 36)<br> | ||
+ | 4.23353 (37, 59, 40)<br> | ||
+ | 0.0128319<br> | ||
+ | 0.154935<br> | ||
+ | 0.000224544<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2014年7月25日 (金) 00:59時点における最新版
mrcImageHelicalAveragingとはらせん対称(連続らせん)に従って平均した画像を求めるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-dz | 選択 | deltaz [A] | 27.3 |
-dp | 選択 | deltaphi [degree] | -167.143 |
-N | 選択 | 平均粒子数 | 1 |
-W | 選択 | Window size to average [pixel] | 1 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Discrete (-Nが必要) |
1 | Continuous (-Wが必要) |
2 | Continuous (-Wが必要), Data are weighted by exp(- (dz/W)^2) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 4.07334 (34, 9, 75) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 4.07334 (34, 9, 75) |
オプション -N
N=3で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 10.9537 (59, 35, 0) |
オプション -dz
dz=10, N=3で実行
最小 最大 |
-0.178582 (10, 26, 64) 1.35778 (34, 9, 75) |
オプション -dp
dp=100, N=3で実行
最小 最大 |
-0.188671 (36, 59, 41) 1.35778 (34, 9, 75) |
オプション -m
m=1で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-0.592748 (68, 64, 76) 4.09975 (67, 63, 76) |
W=3で実行
最小 最大 |
-0.592748 (68, 64, 76) 4.32666 (1, 67, 44) |
m=2で実行
その他のオプションなし
最小 最大 |
-0.21806 (68, 64, 76) 4.07334 (34, 9, 75) |
W=3で実行
最小 最大 |
-0.614633 (38, 8, 36) 4.23353 (37, 59, 40) |