「mrcImageHelicalAveraging」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(Kinoshita がページ「MrcImageHelicalAveraging」を「mrcImageHelicalAveraging」に移動しました)
(メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の3版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行65: 行65:
 
<td> </td>  
 
<td> </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行89: 行89:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
4.07334 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00164516<br>
 +
0.0572113<br>
 +
8.29149e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
4.07334 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00164516<br>
 +
0.0572113<br>
 +
8.29149e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -N===
 +
====N=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
10.9537 (59, 35, 0)<br>
 +
0.164516<br>
 +
0.912197<br>
 +
0.0132202<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -dz===
 +
====dz=10, N=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.178582 (10, 26, 64)<br>
 +
1.35778 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00164845<br>
 +
0.0325027<br>
 +
4.71054e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -dp===
 +
====dp=100, N=3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.188671 (36, 59, 41)<br>
 +
1.35778 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00164518<br>
 +
0.0324603<br>
 +
4.7044e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション -m===
 +
====m=1で実行====
 +
=====その他のオプションなし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.592748 (68, 64, 76)<br>
 +
4.09975 (67, 63, 76)<br>
 +
0.00566568<br>
 +
0.1042<br>
 +
0.000151015<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====W=3で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.592748 (68, 64, 76)<br>
 +
4.32666 (1, 67, 44)<br>
 +
0.0127395<br>
 +
0.155628<br>
 +
0.000225548<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
====m=2で実行====
 +
=====その他のオプションなし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.21806 (68, 64, 76)<br>
 +
4.07334 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00318454<br>
 +
0.0655606<br>
 +
9.50153e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====W=3で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.614633 (38, 8, 36)<br>
 +
4.23353 (37, 59, 40)<br>
 +
0.0128319<br>
 +
0.154935<br>
 +
0.000224544<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年7月25日 (金) 00:59時点における最新版

mrcImageHelicalAveragingとはらせん対称(連続らせん)に従って平均した画像を求めるEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-dz 選択 deltaz [A] 27.3
-dp 選択 deltaphi [degree] -167.143
-N 選択 平均粒子数 1
-W 選択 Window size to average [pixel] 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 Discrete (-Nが必要)
1 Continuous (-Wが必要)
2 Continuous (-Wが必要), Data are weighted by exp(- (dz/W)^2)


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Input1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション -N

N=3で実行

Outdata-N-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-N-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

10.9537 (59, 35, 0)
0.164516
0.912197

0.0132202


オプション -dz

dz=10, N=3で実行

Outdata-dz-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-dz-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.178582 (10, 26, 64)

1.35778 (34, 9, 75)
0.00164845
0.0325027

4.71054e-05


オプション -dp

dp=100, N=3で実行

Outdata-dp-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-dp-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.188671 (36, 59, 41)

1.35778 (34, 9, 75)
0.00164518
0.0324603

4.7044e-05


オプション -m

m=1で実行

その他のオプションなし

Outdata-m1-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.592748 (68, 64, 76)

4.09975 (67, 63, 76)
0.00566568
0.1042

0.000151015

W=3で実行

Outdata-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m1W-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.592748 (68, 64, 76)

4.32666 (1, 67, 44)
0.0127395
0.155628

0.000225548


m=2で実行

その他のオプションなし

Outdata-m2-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m2-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.21806 (68, 64, 76)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00318454
0.0655606

9.50153e-05

W=3で実行

Outdata-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Outdata1-m2W-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.614633 (38, 8, 36)

4.23353 (37, 59, 40)
0.0128319
0.154935

0.000224544