mrcImageModelCreate
提供: Eospedia
mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
-nx | 選択 | Real length = nx * lx | 70 |
-ny | 選択 | Real length = ny * ly | 70 |
-nz | 選択 | Real length = nz * lz | 100 |
-r | 選択 | 半径[pixel] | 1 |
-lx | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
-ly | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
-lz | 選択 | ピクセルサイズ[Angstrom] | 5.0 |
-radius | 選択 | filament radius [A] | 150 |
-n | 選択 | n-helix | 3 |
-dz | 選択 | pitch [A] | 143 |
-dphi | 選択 | rotation angle [degree] | 40 |
-phi | 選択 | rotation angle in the same level [degree] | 120 |
-sz | 選択 | start z [A] | 0 |
-ez | 選択 | end z [A] | 500 |
-sphi | 選択 | start angle [degree] | 0 |
-sphi2 | 選択 | start angle 2 [degree] | 40 |
-inMode | 選択 | inMode | 0 |
-units | 選択 | units number | 9 |
-fm | 選択 | formation | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D) Optional argument : -nx -ny -nz -r |
1 | Thick FilamentsExample Optional argument -nx -ny -nz Image Size -lx -ly -lz Pixel Size -radius filament radius 150[A] -n three helix -dz pitch 143[A] -dphi rotation angle 40[degree] -phi rotation angle in the same level 120[degree] -sz start z 0[A] -ez end z 800[A] -sphi start phi 0[degree] ----------------------- -inMode Centre = 0 -inMode Origin = 1 ----------------------- -units 9 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3) 0: normal 1: 3 sphere on the same z Phi 0 , 30 , 60 degree 2: 3 sphere on the differnt z and on the differnt radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 30 , 60 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times 3: 3 sphere on the same z and on the different radius Phi 0 , 30 , 60 degree Z 0 , 0 , 0 A Radius 0 ,1.2 ,1.4 times ----------------------- -units 3 -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3) 0: abnormal |
2 | Dot(2D) |
3 | Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny |
4 | Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D Optional argument : -nx -ny |
5 | Another Projection of 2 Sphere for 2D Optional argument : -nx -ny |
6 | SheppLogan 2D Optional argument : -nx -ny |
7 | SheppLogan 3D Optional argument : -nx -ny -nz |
実行例
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 4.2e-45 4: 1.6e-29 5: 0 6: 1.1e+10 7: 4.6e-41 8: 1.1e+10 9: 4.6e-41 10: 1.1e+10 11: 4.6e-41 12: 1.6e-29 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 192822851) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=100, nz=150で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (25, 50, 74) |
N : ( 50, 100, 150) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.745) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.1e-35 5: 0 6: 1.4e+16 7: 4.6e-41 8: 1.4e+16 9: 4.6e-41 10: 1.4e+16 11: 4.6e-41 12: 1.1e-35 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 1212389780) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -r
r=100で実行
最小 最大 |
1 (0, 0, 0) 2 (0, 1, 0) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 5.000, 5.000, 5.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 1, 2, 1.49) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 7e-45 4: 5.3e-40 5: 0 6: 2.7e+19 7: 4.6e-41 8: 2.7e+19 9: 4.6e-41 10: 2.7e+19 11: 4.6e-41 12: 5.3e-40 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 741242838) LABEL : 0 Tailer Number: 0
オプション -lx, -ly, -lz
lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (34, 35, 50) |
N : ( 70, 70, 100) Mode : 2 mrcFloatImage StartN : ( 0, 0, 0) M : ( 1, 1, 1) Length : ( 2.500, 7.500, 10.000) A,B,G : ( 90.00, 90.00, 90.00) C,R,S : ( 1, 2, 3) Min,Max,Mean : ( 0, 2, 0.493) ISPG : 0 NSYMBT : 0 EXTRA : 0: 0 1: 0 2: 0 3: 1.3e-44 4: 1.6e-37 5: 0 6: 1e+18 7: 4.6e-41 8: 1e+18 9: 4.6e-41 10: 1e+18 11: 4.6e-41 12: 1.6e-37 13: 1.4e-45 14: 0 15: 2.2e-44 16: 0 17: 0 18: 0 19: 0 20: 0 21: 0 22: 0 23: 0 24: 0 25: 0 26: 0 27: 0 28: 0 XORIGIN : ( 0, 0) XORIGIN : ( 0, 1135086917) LABEL : 0 Tailer Number: 0