「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(-i のデータ)
行171: 行171:
 
===-i のデータ===
 
===-i のデータ===
 
<pre>
 
<pre>
/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3
  
 
</pre>
 
</pre>
  
<div>Input0の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF2.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input0-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF2.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行188: 行188:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
255 (30, 25, 0)<br>  
+
<br>  
21.8076<br>  
+
<br>  
47.9133<br>  
+
<br>  
0.748645<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
<div>Input1の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF3.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF3.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行207: 行207:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
255 (30, 26, 0)<br>  
+
<br>  
20.6895<br>  
+
<br>  
47.2143<br>  
+
<br>  
0.737723<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
<div>Input2の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF4.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input2-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF4.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行226: 行226:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
255 (27, 32, 0)<br>  
+
<br>  
19.0078<br>  
+
<br>  
47.768<br>  
+
<br>  
0.746374<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
<div>Input3の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF5.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input3-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF5.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行245: 行245:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left"><br>  
255 (28, 33, 0)<br>  
+
<br>  
18.3279<br>  
+
<br>  
45.0774<br>  
+
<br>  
0.704334<br></p>  
+
<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===

2014年9月22日 (月) 04:55時点における版

mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-info2 選択 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-o 必須 出力ファイル(平均): mrcImage stdout
-f 選択 出力ファイル(平均): mrcImage(FFT) stdout
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-WR 選択 WhiteNoiseRaising 1.0
-SinWin 選択 サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) (0.1, 1.0)
-MaxIter 選択 Max Iteration 10
-ctfMode 選択 CTFMode 1
-solventMode 選択 溶媒の平滑化する場合に使用 0
-solventSTD 選択 solventMode=1の場合に使用 -1.0
-Log 選択 ログファイル名 stderr
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる(位相を補正しない)

-m の詳細

モード 説明
0 CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1 溶媒の平滑化処理を加える
+16 逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .


実行例

-i のデータ

/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3

Input-B120-CTF2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差






Input-B120-CTF3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差






Input-B120-CTF4.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差






Input-B120-CTF5.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差






オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-950.729 (30, 33, 0)

91.5373 (61, 58, 0)
-199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


オプション -W

W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-178.794 (29, 32, 0)

31.7025 (15, 31, 0)
-7.67623
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000786083 (61, 50, 0)

656.031 (1, 0, 0)
5.93815
40.2896

0.629525


オプション -WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-153.883 (30, 32, 0)

23.7931 (15, 31, 0)
-7.67623
31.3292

0.489519

-f の画像
Outdata2-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

9.05608e-06 (60, 32, 0)

587.065 (1, 0, 0)
4.29171
35.7021

0.557845


オプション -SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像
Outdata-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-939.931 (30, 33, 0)

82.2886 (61, 59, 0)
-199.582
201.211

3.14392

-f の画像
Outdata2-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (8, 0, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
28.1205
365.158

5.70559


オプション -ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1243.15 (30, 31, 0)

534.543 (1, 0, 0)
-7.92556e-07
404.255

6.31648

-f の画像
Outdata2-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387


ctfMode=256で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-501.951 (1, 0, 0)

1288.01 (33, 32, 0)
-2.09152e-06
404.255

6.31648

-f の画像
Outdata2-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

12267.8 (1, 0, 0)
33.7224
477.688

7.46387


ctfMode=257で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


オプション -m

m=1, W=0.5で実行

その他のオプションなし
-o の画像
Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-175.249 (29, 32, 0)

49.852 (15, 31, 0)
-1.99391
37.3853

0.584145

-f の画像
Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00642588 (59, 34, 0)

681.324 (34, 0, 0)
6.41058
40.1134

0.626771

-log のデータ
iter          0 : rms   -1.965984e+01 : min    1.000000e+06

solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-220.728 (30, 32, 0)

42.9295 (15, 31, 0)
-9.08899
47.6864

0.7451

-f の画像
Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00745064 (63, 30, 0)

916.491 (1, 0, 0)
7.81324
53.2299

0.831717

-log のデータ
iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06


solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

342.42 (29, 32, 0)

552.916 (15, 31, 0)
513.538
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000751982 (61, 50, 0)

32866.4 (0, 0, 0)
21.7463
726.986

11.3592

-log のデータ
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02


MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像
Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

107.285 (29, 32, 0)

317.781 (15, 31, 0)
278.402
35.9686

0.562009

-f の画像
Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000789315 (61, 50, 0)

17817.7 (0, 0, 0)
14.3983
395.41

6.17827

-log のデータ
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01


m=16で実行

-o の画像
Outdata-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.4152 (5, 2, 0)

1009.22 (33, 32, 0)
199.582
202.06

3.15719

-f の画像
Outdata2-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0117408 (32, 31, 0)

12773.2 (0, 0, 0)
30.7184
365.42

5.70969


m=17で実行

-o の画像
Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

161250 (60, 60, 0)

1.85064e+06 (29, 32, 0)
432887
388639

6072.49

-f の画像
Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00899138 (31, 33, 0)

2.77048e+07 (0, 0, 0)
51930
757226

11831.7

-log のデータ
iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01