mrcImageMultiCTFCompensation
提供: Eospedia
mrcImageMultiCTFCompensationとは複数枚の画像からCTFの補正を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | stdin |
-info2 | 選択 | 入力ファイルリスト設定: the same order as the input: ctfinfo from Display2/ctfDisplay | stdin |
-o | 必須 | 出力ファイル設定(average file) | stdout |
-f | 選択 | 出力ファイル設定(averaged fft file) | stdout |
-W | 選択 | ホワイトノイズ | 1.0 |
-WR | 選択 | WhiteNoiseRaising | 1.0 |
-SinWin | 選択 | Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A](SinWinRmin, SinWinRmax) | (0.1, 1.0) |
-MaxIter | 選択 | Max Iteration | 10 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode: refer to mrcImageCTFObservation | 1 |
-solventMode | 選択 | If solvent flatterning is used, NEED | 0 |
-solventSTD | 選択 | If solvent flatterning is used as mode=1, NEED | -1.0 |
-Log | 選択 | stderr | ログファイル名 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2) |
+1 | Adding solvent-flattening process |
+16 | Without phase flipping, in case of images after phase only correction. |
入力ファイルのフォーマット
filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase . . . . . . . . . . . . . . .
Input: ctfinfo, with the same order as the input; from Display2/ctfDisplay
filename0.ctfinfo filename1.ctfinfo . . .