「mrcImageSimilarityEstimate」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-oCor</td>  
 
<td>-oCor</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行72:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-o, -ctfinfo は入力が必要</div>
 +
<div>-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある</div>
 
<br>
 
<br>
  
行126: 行128:
 
<br>
 
<br>
  
===-ctfinfo のフォーマット===
+
===-ctfinfoのフォーマット===
 
<pre>
 
<pre>
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
行283: 行285:
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -ctfinfo===
 +
<div>以下のデータで実行</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max 594983936.000000 (      31.000000      39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max: 594983936.000000 (      31.000000,      39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max: 416067136.000000 (      19.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max: 693353536.000000 (      52.000000,      44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max: 701726912.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max: 730086528.000000 (      28.000000,      29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max: 844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 0 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oのデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber:        5.000000 max: 844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降は-ctfinfo を設定して実行</div>
 +
 +
===オプション -oCor===
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br>
 +
8.4407e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.16823e+08<br>
 +
6.46029e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション -corfilename===
 +
<div>以下のデータで実行</div>
 +
<pre>
 +
Cor.mrc
 +
Cor-Rot.mrc
 +
Cor-Rot1.mrc
 +
Cor-Rot2.mrc
 +
Cor-Rot3.mrc
 +
Cor-Rot4.mrc
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Corの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.78706e+09 (1, 0, 0)<br>
 +
5.94984e+08 (31, 39, 0)<br>
 +
-3.75478e+08<br>
 +
5.55949e+08<br>
 +
6.94936e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rotの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.96178e+09 (0, 0, 0)<br>
 +
4.16067e+08 (19, 26, 0)<br>
 +
-3.38739e+08<br>
 +
5.38895e+08<br>
 +
6.73619e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot1の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.84834e+09 (2, 2, 0)<br>
 +
6.93354e+08 (52, 44, 0)<br>
 +
-3.42132e+08<br>
 +
5.72357e+08<br>
 +
7.15446e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot2の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.78266e+09 (6, 3, 0)<br>
 +
7.01727e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.42132e+08<br>
 +
6.59549e+08<br>
 +
8.24436e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot3の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.83911e+09 (78, 77, 0)<br>
 +
7.30087e+08 (28, 29, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.96151e+08<br>
 +
7.45189e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot4の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br>
 +
8.4407e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.16823e+08<br>
 +
6.46029e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 
<br>
 
<br>

2014年2月13日 (木) 03:00時点における版

mrcImageSimilarityEstimateとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-oCor 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-ref 必須 参照ファイルリスト: ASCII stdin
-corfilename 選択 相関ファイルリスト: ASCII stdin
-cormode 選択 cormode 0
-ctfinfo 選択 CTF情報: ASCII NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-o, -ctfinfo は入力が必要
-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


-cormode の詳細

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0, 0)=0


-ref のフォーマット

2Dファイル1
2Dファイル2
.
.


-ctfinfoのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-Rot3-2D-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

57.2237 (78, 32, 0)

520564 (0, 0, 0)
4898.64
12077.5

150.969


参照ファイルのデータ

Input-1VOM-2D.mrc
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-Rot2-2D.mrc
Input-1VOM-Rot3-2D.mrc
Input-1VOM-Rot4-2D.mrc


Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339

Input-1VOM-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-609.552 (68, 18, 0)

43476 (45, 47, 0)
6507.15
7376.01

92.2001

Input-1VOM-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.31309e-06 (29, 7, 0)

49749.2 (52, 51, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot2-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.2 (28, 52, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.70846e-06 (56, 57, 0)

40287.6 (43, 43, 0)
6509.38
8494.21

106.178


Input-1VOM-Rot4-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40287.6 (43, 36, 0)
6509.38
8494.21

106.178


オプション -ctfinfo

以下のデータで実行
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max 594983936.000000 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max: 594983936.000000 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max: 416067136.000000 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max: 693353536.000000 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max: 701726912.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max: 730086528.000000 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0 in main


-oのデータ
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber:        5.000000 max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0


以降は-ctfinfo を設定して実行

オプション -oCor

-oCor の画像
Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06


オプション -corfilename

以下のデータで実行
Cor.mrc
Cor-Rot.mrc
Cor-Rot1.mrc
Cor-Rot2.mrc
Cor-Rot3.mrc
Cor-Rot4.mrc


Corの画像
Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78706e+09 (1, 0, 0)

5.94984e+08 (31, 39, 0)
-3.75478e+08
5.55949e+08

6.94936e+06


Cor-Rotの画像
Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.96178e+09 (0, 0, 0)

4.16067e+08 (19, 26, 0)
-3.38739e+08
5.38895e+08

6.73619e+06


Cor-Rot1の画像
Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.84834e+09 (2, 2, 0)

6.93354e+08 (52, 44, 0)
-3.42132e+08
5.72357e+08

7.15446e+06


Cor-Rot2の画像
Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78266e+09 (6, 3, 0)

7.01727e+08 (33, 41, 0)
-3.42132e+08
6.59549e+08

8.24436e+06


Cor-Rot3の画像
Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.83911e+09 (78, 77, 0)

7.30087e+08 (28, 29, 0)
-3.38855e+08
5.96151e+08

7.45189e+06


Cor-Rot4の画像
Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06