「mrcImageSimilarityEstimate」の版間の差分
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-oCor</td> | <td>-oCor</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行72: | 行72: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-o, -ctfinfo は入力が必要</div> | ||
+ | <div>-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある</div> | ||
<br> | <br> | ||
行126: | 行128: | ||
<br> | <br> | ||
− | ===- | + | ===-ctfinfoのフォーマット=== |
<pre> | <pre> | ||
defocus Cs kV AmplitudeContrast | defocus Cs kV AmplitudeContrast | ||
行283: | 行285: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -ctfinfo=== | ||
+ | <div>以下のデータで実行</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Cs 2.100000, defocus 27000.000000, kV 200.000000, mode 1, AoverP 0.100000, Ain 0.000000 in main | ||
+ | Image Number 6 in main | ||
+ | correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | maxNumber 0.000000, max 594983936.000000 ( 31.000000 39.000000 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 0, max: 594983936.000000 ( 31.000000, 39.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 1, max: 416067136.000000 ( 19.000000, 26.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 2, max: 693353536.000000 ( 52.000000, 44.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 3, max: 701726912.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 4, max: 730086528.000000 ( 28.000000, 29.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | i: 5, max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate | ||
+ | maxNumber: 5.000000 max:844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0 in main | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-oのデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber: 5.000000 max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降は-ctfinfo を設定して実行</div> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -oCor=== | ||
+ | <div>-oCor の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br> | ||
+ | 8.4407e+08 (33, 41, 0)<br> | ||
+ | -3.38855e+08<br> | ||
+ | 5.16823e+08<br> | ||
+ | 6.46029e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -corfilename=== | ||
+ | <div>以下のデータで実行</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | Cor.mrc | ||
+ | Cor-Rot.mrc | ||
+ | Cor-Rot1.mrc | ||
+ | Cor-Rot2.mrc | ||
+ | Cor-Rot3.mrc | ||
+ | Cor-Rot4.mrc | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Corの画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.78706e+09 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 5.94984e+08 (31, 39, 0)<br> | ||
+ | -3.75478e+08<br> | ||
+ | 5.55949e+08<br> | ||
+ | 6.94936e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Cor-Rotの画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.96178e+09 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 4.16067e+08 (19, 26, 0)<br> | ||
+ | -3.38739e+08<br> | ||
+ | 5.38895e+08<br> | ||
+ | 6.73619e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Cor-Rot1の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.84834e+09 (2, 2, 0)<br> | ||
+ | 6.93354e+08 (52, 44, 0)<br> | ||
+ | -3.42132e+08<br> | ||
+ | 5.72357e+08<br> | ||
+ | 7.15446e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Cor-Rot2の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.78266e+09 (6, 3, 0)<br> | ||
+ | 7.01727e+08 (33, 41, 0)<br> | ||
+ | -3.42132e+08<br> | ||
+ | 6.59549e+08<br> | ||
+ | 8.24436e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Cor-Rot3の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.83911e+09 (78, 77, 0)<br> | ||
+ | 7.30087e+08 (28, 29, 0)<br> | ||
+ | -3.38855e+08<br> | ||
+ | 5.96151e+08<br> | ||
+ | 7.45189e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Cor-Rot4の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br> | ||
+ | 8.4407e+08 (33, 41, 0)<br> | ||
+ | -3.38855e+08<br> | ||
+ | 5.16823e+08<br> | ||
+ | 6.46029e+06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> |
2014年2月13日 (木) 03:00時点における版
mrcImageSimilarityEstimateとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | NULL |
-oCor | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-ref | 必須 | 参照ファイルリスト: ASCII | stdin |
-corfilename | 選択 | 相関ファイルリスト: ASCII | stdin |
-cormode | 選択 | cormode | 0 |
-ctfinfo | 選択 | CTF情報: ASCII | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-cormode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Normal Correlation FxG* |
1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
16 | (0, 0)=0 |
-ref のフォーマット
2Dファイル1 2Dファイル2 . .
-ctfinfoのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
実行例
入力ファイルの画像
|
最小 最大 |
57.2237 (78, 32, 0) 520564 (0, 0, 0) |
参照ファイルのデータ
Input-1VOM-2D.mrc Input-1VOM-Rot-2D.mrc Input-1VOM-Rot1-2D.mrc Input-1VOM-Rot2-2D.mrc Input-1VOM-Rot3-2D.mrc Input-1VOM-Rot4-2D.mrc
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) |
最小 最大 |
-609.552 (68, 18, 0) 43476 (45, 47, 0) |
最小 最大 |
-2.31309e-06 (29, 7, 0) 49749.2 (52, 51, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 49749.2 (28, 52, 0) |
最小 最大 |
-1.70846e-06 (56, 57, 0) 40287.6 (43, 43, 0) |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 40287.6 (43, 36, 0) |
オプション -ctfinfo
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
Cs 2.100000, defocus 27000.000000, kV 200.000000, mode 1, AoverP 0.100000, Ain 0.000000 in main Image Number 6 in main correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate maxNumber 0.000000, max 594983936.000000 ( 31.000000 39.000000 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 0, max: 594983936.000000 ( 31.000000, 39.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 1, max: 416067136.000000 ( 19.000000, 26.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 2, max: 693353536.000000 ( 52.000000, 44.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 3, max: 701726912.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 4, max: 730086528.000000 ( 28.000000, 29.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate i: 5, max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate maxNumber: 5.000000 max:844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0 in main
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber: 5.000000 max: 844069504.000000 ( 33.000000, 41.000000, 0.000000) correlation mode 0
オプション -oCor
最小 最大 |
-1.41115e+09 (3, 78, 0) 8.4407e+08 (33, 41, 0) |
オプション -corfilename
Cor.mrc Cor-Rot.mrc Cor-Rot1.mrc Cor-Rot2.mrc Cor-Rot3.mrc Cor-Rot4.mrc
最小 最大 |
-1.78706e+09 (1, 0, 0) 5.94984e+08 (31, 39, 0) |
最小 最大 |
-1.96178e+09 (0, 0, 0) 4.16067e+08 (19, 26, 0) |
最小 最大 |
-1.84834e+09 (2, 2, 0) 6.93354e+08 (52, 44, 0) |
最小 最大 |
-1.78266e+09 (6, 3, 0) 7.01727e+08 (33, 41, 0) |
最小 最大 |
-1.83911e+09 (78, 77, 0) 7.30087e+08 (28, 29, 0) |
最小 最大 |
-1.41115e+09 (3, 78, 0) 8.4407e+08 (33, 41, 0) |