mrcImageSimilarityEstimate

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mrcImageSimilarityEstimateとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-oCor 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-ref 必須 参照ファイルリスト: ASCII stdin
-corfilename 選択 相関ファイルリスト: ASCII stdin
-cormode 選択 cormode 0
-ctfinfo 選択 CTF情報: ASCII NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-o, -ctfinfo は入力が必要
-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


-cormode の詳細

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0, 0)=0


-ref のフォーマット

2Dファイル1
2Dファイル2
.
.


-ctfinfoのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-Rot3-2D-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

57.2237 (78, 32, 0)

520564 (0, 0, 0)
4898.64
12077.5

150.969


参照ファイルのデータ

Input-1VOM-2D.mrc
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-Rot2-2D.mrc
Input-1VOM-Rot3-2D.mrc
Input-1VOM-Rot4-2D.mrc


Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339

Input-1VOM-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-609.552 (68, 18, 0)

43476 (45, 47, 0)
6507.15
7376.01

92.2001

Input-1VOM-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.31309e-06 (29, 7, 0)

49749.2 (52, 51, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot2-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.2 (28, 52, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.70846e-06 (56, 57, 0)

40287.6 (43, 43, 0)
6509.38
8494.21

106.178


Input-1VOM-Rot4-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40287.6 (43, 36, 0)
6509.38
8494.21

106.178


オプション -ctfinfo

以下のデータで実行
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max 594983936.000000 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max: 594983936.000000 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max: 416067136.000000 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max: 693353536.000000 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max: 701726912.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max: 730086528.000000 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0 in main


-oのデータ
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber:        5.000000 max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0


以降は-ctfinfo を設定して実行

オプション -oCor

-oCor の画像
Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06


オプション -corfilename

以下のデータで実行
Cor.mrc
Cor-Rot.mrc
Cor-Rot1.mrc
Cor-Rot2.mrc
Cor-Rot3.mrc
Cor-Rot4.mrc


Corの画像
Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78706e+09 (1, 0, 0)

5.94984e+08 (31, 39, 0)
-3.75478e+08
5.55949e+08

6.94936e+06


Cor-Rotの画像
Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.96178e+09 (0, 0, 0)

4.16067e+08 (19, 26, 0)
-3.38739e+08
5.38895e+08

6.73619e+06


Cor-Rot1の画像
Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.84834e+09 (2, 2, 0)

6.93354e+08 (52, 44, 0)
-3.42132e+08
5.72357e+08

7.15446e+06


Cor-Rot2の画像
Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78266e+09 (6, 3, 0)

7.01727e+08 (33, 41, 0)
-3.42132e+08
6.59549e+08

8.24436e+06


Cor-Rot3の画像
Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.83911e+09 (78, 77, 0)

7.30087e+08 (28, 29, 0)
-3.38855e+08
5.96151e+08

7.45189e+06


Cor-Rot4の画像
Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06