pdbCrystalCreate

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pdbCrystalCreateとはPDBファイルから結晶構造のPDBファイルを作成するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-I 必須 入力ファイル: ASCII(Crystal Information) NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


-I のフォーマット

aAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
bAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
cAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
CellLength  %15.6g %15.6g %15.6g
Origin      %15.6g %15.6g %15.6g
N           %15d %15d %15d
StartN      %15d %15d %15d
SpaceGroup  %15d
HelixInfo   %10d %10d %10d
パラメータ設定が重要

CellLength、Axisを入力するときは両方必要
各Axisは単位ベクトルでなければならない。
SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未実装)

HelixInfo: turn unit n-strand


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション -I

入力データ1

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力結果
aAxis                     1               0               0
bAxis                     1               0               0
cAxis                     1               0               0
CellLength                1               1               1
Origin                    0               0               0
N                         2               2               2
StartN                    1               1               1
SpaceGroup                0
Program Start
1 1 1
3 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 1 2
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 2 1
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14

-中略-

2 1 2
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 1
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 2
6 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14


出力ファイルの画像
Outdata-pdbCrystalCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01

3.401123e+01

26.27 23.85 28.04


入力データ2

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
Origin        5 5 5
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力ファイルの画像

Outdata1-pdbCrystalCreate.png
白色は入力データ1の出力ファイル

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.555301e+01 3.019590e+01 1.689075e+01

3.401123e+01

26.27 23.85 28.04


入力データ3

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         0 5 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力ファイルの画像

Outdata2-pdbCrystalCreate.png
白色は入力データ1の出力ファイル

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.053012e+00 2.669590e+01 1.189075e+01

3.386472e+01

25.77 24.35 28.04


入力データ4

以下の入力データで実行
aAxis           1   0   0
bAxis           1   0   0
cAxis           1   0   0
CellLength 10 10 10
N                 2   2   2
StartN         1   1   1


出力ファイルの画像

Outdata3-pdbCrystalCreate.png
白色は入力データ1の出力ファイル

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.105301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01

4.525700e+01

39.77 23.85 28.04