「pdbHelix」の版間の差分
行39: | 行39: | ||
<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>delta[A] | + | <td>delta[A]</td> |
<td>5</td> | <td>5</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行178: | 行178: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> |
<td><p align="left">重心<br> | <td><p align="left">重心<br> | ||
最大半径<br> | 最大半径<br> | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> |
− | 3. | + | 3.286664e+01 <br> |
− | + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
行213: | 行214: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata3-pdbHelix.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata3-pdbHelix.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata4-pdbHelix.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行221: | 行227: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 7 (26, 47, 0)<br> | |
− | + | 0.144624<br> | |
− | + | 0.572148<br> | |
− | 0. | + | 0.00195444<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行240: | 行246: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 63 (35, 6, 0)<br> | |
− | + | 9.93639<br> | |
− | + | 14.2042<br> | |
− | 0<br></p> | + | 0.403048<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> |
2014年2月17日 (月) 00:01時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: [pdb] | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
-3 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-2 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) | NULL |
-d | 選択 | delta[A] | 5 |
-p | 必須 | deltaPhi | 165 |
-dp | 選択 | deltaDeltaPhi | 5 |
-z | 必須 | deltaz | 5 |
-n | 必須 | 分子数 | 1 |
-nx | 選択 | Pixel x | 1 |
-ny | 選択 | Pixel y | 1 |
-nz | 選択 | Pixel z | 1 |
-Sx | 選択 | Start x: [A] | 0.0 |
-Sy | 選択 | Start y: [A] | 0.0 |
-Sz | 選択 | Start z: [A] | 0.0 |
-w | 選択 | 重量 | 1.0 |
-dx | 選択 | dx | 2.5 |
-dy | 選択 | dy | 2.5 |
-dz | 選択 | dz | 2.5 |
-startn | 選択 | start molecule's index | 0 |
-startC | 選択 | Start chain ID | A |
-deltaSeq | 選択 | 1000 | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (26, 47, 0) |
mrcImage(2D y-z投影)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 63 (35, 6, 0) |
オプション -dp
dp=1, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.243688e-02 -3.582667e-02 1.709746e+01 4.873562e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) |
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) |
オプション -startn
startn=5, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
4.428542e-02 -2.271885e-02 4.209746e+01 4.873628e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (19, 24, 10) |