「pdbHelix」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(Kinoshita がページ「PdbHelix」を「pdbHelix」に移動しました)
行39: 行39:
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>delta[A] ([[mrcImage]])</td>  
+
<td>delta[A]</td>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行178: 行178:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-pdbHelix.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-4.617250e-01  -2.186292e-01   -5.402542e+00<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>  
3.823869e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
35.07     22.99     20.84 <br></p>
+
24.77     23.85     28.04<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行213: 行214:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Outdata3-pdbHelix.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata3-pdbHelix.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata4-pdbHelix.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行221: 行227:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
115 (22, 19, 7)<br>  
+
7 (26, 47, 0)<br>  
3.36873<br>  
+
0.144624<br>  
11.6709<br>  
+
0.572148<br>  
0.0598012<br></p>  
+
0.00195444<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行240: 行246:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
0 (0, 0, 0)<br>  
+
63 (35, 6, 0)<br>  
0<br>  
+
9.93639<br>  
0<br>  
+
14.2042<br>  
0<br></p>  
+
0.403048<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  

2014年2月17日 (月) 00:01時点における版

pdbHelixとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-3 選択 出力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-2 選択 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) NULL
-d 選択 delta[A] 5
-p 必須 deltaPhi 165
-dp 選択 deltaDeltaPhi 5
-z 必須 deltaz 5
-n 必須 分子数 1
-nx 選択 Pixel x 1
-ny 選択 Pixel y 1
-nz 選択 Pixel z 1
-Sx 選択 Start x: [A] 0.0
-Sy 選択 Start y: [A] 0.0
-Sz 選択 Start z: [A] 0.0
-w 選択 重量 1.0
-dx 選択 dx 2.5
-dy 選択 dy 2.5
-dz 選択 dz 2.5
-startn 選択 start molecule's index 0
-startC 選択 Start chain ID A
-deltaSeq 選択 1000
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (26, 47, 0)
0.144624
0.572148

0.00195444

mrcImage(2D y-z投影)の画像
Outdata2-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

63 (35, 6, 0)
9.93639
14.2042

0.403048

オプション -dp

dp=1, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-dp-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.243688e-02 -3.582667e-02 1.709746e+01

4.873562e+01

37.32 37.14 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-dp-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (22, 19, 7)
3.36873
11.6673

0.0597826

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-nxnynz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (22, 19, 7)
1.14626
6.79764

0.0192266

オプション -startn

startn=5, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-startn-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.428542e-02 -2.271885e-02 4.209746e+01

4.873628e+01

37.33 37.26 43.34

mrcImage(3D)の画像
Outdata3-startn-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

115 (19, 24, 10)
3.36873
11.6733

0.0598136