pdbHelix
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-3 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-2 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) | NULL |
-d | 選択 | delta[A] | 5 |
-p | 必須 | deltaPhi | 165 |
-dp | 選択 | deltaDeltaPhi | 5 |
-z | 必須 | deltaz | 5 |
-n | 必須 | 分子数 | 1 |
-nx | 選択 | Pixel x | 1 |
-ny | 選択 | Pixel y | 1 |
-nz | 選択 | Pixel z | 1 |
-Sx | 選択 | Start x: [A] | 0.0 |
-Sy | 選択 | Start y: [A] | 0.0 |
-Sz | 選択 | Start z: [A] | 0.0 |
-w | 選択 | 重量 | 1.0 |
-dx | 選択 | dx | 2.5 |
-dy | 選択 | dy | 2.5 |
-dz | 選択 | dz | 2.5 |
-startn | 選択 | start molecule's index | 0 |
-startC | 選択 | Start chain ID | A |
-deltaSeq | 選択 | 1000 | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (26, 47, 0) |
mrcImage(2D y-z投影)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 63 (35, 6, 0) |
オプション -dp
dp=30, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01 6.023098e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 8 (31, 25, 4) |
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01 5.952335e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (44, 45, 4) |
オプション -startn
startn=5, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01 5.952301e+01 |
mrcImage(3D)の画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 7 (25, 24, 0) |