pdbHelix

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pdbHelixとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: PDB NULL
-3 選択 出力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-2 選択 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) NULL
-d 選択 delta[A] 5
-p 必須 deltaPhi 165
-dp 選択 deltaDeltaPhi 5
-z 必須 deltaz 5
-n 必須 分子数 1
-nx 選択 Pixel x 1
-ny 選択 Pixel y 1
-nz 選択 Pixel z 1
-Sx 選択 Start x: [A] 0.0
-Sy 選択 Start y: [A] 0.0
-Sz 選択 Start z: [A] 0.0
-w 選択 重量 1.0
-dx 選択 dx 2.5
-dy 選択 dy 2.5
-dz 選択 dz 2.5
-startn 選択 start molecule's index 0
-startC 選択 Start chain ID A
-deltaSeq 選択 1000
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01

4.873676e+01

37.32 37.25 43.34

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (26, 47, 0)
0.144624
0.572148

0.00195444

mrcImage(2D y-z投影)の画像
Outdata2-pdbHelix.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

63 (35, 6, 0)
9.93639
14.2042

0.403048

オプション -dp

dp=30, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-dp-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-1.673933e+00 3.870905e+00 3.439075e+01

6.023098e+01

50.70 51.34 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-dp-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-dp-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

8 (31, 25, 4)
0.144624
0.584935

0.00199812

オプション -nx, -ny, -nz

nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-nxnynz-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.945663e-01 2.493555e+00 3.439075e+01

5.952335e+01

49.44 48.84 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-nxnynz-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-nxnynz-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (44, 45, 4)
0.108688
0.495737

0.00140216

オプション -startn

startn=5, p=165, z=5, n=10で実行

pdbの画像
Outdata-startn-pdbHelix.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.306476e+00 -1.026480e+00 5.939075e+01

5.952301e+01

51.35 49.89 50.54

mrcImage(3D)の画像

Outdata3-startn-pdbHelix.png
xy平面

Outdata4-startn-pdbHelix.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7 (25, 24, 0)
0.140522
0.565188

0.00190309