pdbListRMSDCalc

提供: Eospedia
移動: 案内検索

pdbListRMSDCalcとはPDBファイルリストのRMSD(平均二乗偏差)を出力するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-r 選択 参照ファイル: PDB(m=1でのみ使用) NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0 平均座標に対するRMSDを出力
1 -r の座標に対するRMSDを出力


入力ファイルリストのフォーマット

PDBファイル1
PDBファイル2
        .
        .
        .


実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-T1.pdb
Input-121P-T2.pdb
Input-121P-T3.pdb


Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


Input-121P-PDB2.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


Input-121P-T3.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01

3.286711e+01

23.93 24.14 28.04


オプション必須項目のみの場合

ファイル:Outdata-pdbListRMSDCalc.png

重心

最大半径

最大半径(座標)





オプション -m

m=1で実行

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


ファイル:Outdata-m1-pdbListRMSDCalc.png

重心

最大半径

最大半径(座標)