「pdbMove」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: | + | <td>入力ファイル:[[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td> | + | <td>出力ファイル:[[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-x</td> | <td>-x</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>x軸方向の移動量</td> | + | <td>x軸方向の移動量: [A]</td> |
| + | <td>0</td> | ||
| + | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-y</td> | <td>-y</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>y軸方向の移動量</td> | + | <td>y軸方向の移動量: [A]</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-z</td> | <td>-z</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>z軸方向の移動量</td> | + | <td>z軸方向の移動量: [A]</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
| − | </tr> <td>0</td> | + | </tr> |
| + | <tr> | ||
| + | <td>-originTo</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>move (0,0,0) to (X,Y,Z)</td> | ||
| + | <td>(0.0, 0.0, 0.0)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-toOrigin</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>move (X,Y,Z) to (0,0,0)</td> | ||
| + | <td>(0.0, 0.0, 0.0)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-GCtoOrigin</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>GC(Gravity Centre) to origin</td> | ||
| + | <td></td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-c</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-m</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>モードを設定</td> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-h</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>ヘルプを表示</td> | ||
| + | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
| − | + | </table> | |
| − | </table> | + | <br> |
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | <tr> | |
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td></td> | ||
| + | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | |||
=== ヘルプ実行 === | === ヘルプ実行 === | ||
| + | <pre> | ||
$ pdbMove -h | $ pdbMove -h | ||
Usage: /Applications/Eos.app/Eos/bin/X86MAC64/pdbMove | Usage: /Applications/Eos.app/Eos/bin/X86MAC64/pdbMove | ||
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[-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode | [-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode | ||
----- Additional Usage ----- | ----- Additional Usage ----- | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の詳細=== | ||
| + | <div>[[画像:Input-121P-PDB.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | [[画像:121p.pdb-pdbMove.png]]</div> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合の出力結果=== | ||
| + | <div>[[画像:Outdata-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | <div>[[画像:121p-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | オプション-x,-y,-zのデフォルトは0.0なので、何も変わらない</div> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===移動させる幅を設定（オプション -x,-y,-z）=== | ||
| + | ====移動の幅をすべて1に設定==== | ||
| + | <div>白色は入力ファイル</div> | ||
| + | <div>[[画像:Outdata-xyz1-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | [[画像:121p.1xyz-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====移動の幅をx=-6.053012e+00,y=-2.519590e+01,z=-1.189075e+01に設定==== | ||
| + | <div>白色は入力ファイル</div> | ||
| + | <div>[[画像:Outdata-xyz-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | [[画像:121p.-xyz-pdbMove.png]]<br> | ||
| + | <br> | ||
| + | <br> | ||
2014年2月14日 (金) 05:07時点における最新版
pdbMoveとはPDBファイルの原子モデルを平行移動するためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル:PDB | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル:PDB | NULL |
| -x | 選択 | x軸方向の移動量: [A] | 0 |
| -y | 選択 | y軸方向の移動量: [A] | 0 |
| -z | 選択 | z軸方向の移動量: [A] | 0 |
| -originTo | 選択 | move (0,0,0) to (X,Y,Z) | (0.0, 0.0, 0.0) |
| -toOrigin | 選択 | move (X,Y,Z) to (0,0,0) | (0.0, 0.0, 0.0) |
| -GCtoOrigin | 選択 | GC(Gravity Centre) to origin | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
ヘルプ実行
$ pdbMove -h
Usage: /Applications/Eos.app/Eos/bin/X86MAC64/pdbMove
Options:
[-i[nput] In (NULL )] :Essential :InputDataFile
[-o[utput] Out (NULL )] :Essential :OutputDataFile
[-x X (0.0 )] :Optional :Move X[A]
[-y Y (0.0 )] :Optional :Move Y[A]
[-z Z (0.0 )] :Optional :Move Z[A]
[-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile
[-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode
----- Additional Usage -----
入力ファイルの詳細
オプション必須項目のみの場合の出力結果
オプション-x,-y,-zのデフォルトは0.0なので、何も変わらない
移動させる幅を設定（オプション -x,-y,-z）
移動の幅をすべて1に設定
白色は入力ファイル
移動の幅をx=-6.053012e+00,y=-2.519590e+01,z=-1.189075e+01に設定
白色は入力ファイル
