「pdbNearAtomListShow」の版間の差分
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− | '''pdbNearAtomListShow'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | + | '''pdbNearAtomListShow'''とは[[PDB]]ファイルから周辺の原子情報を得る[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]](座標リスト)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
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<td>-C</td> | <td>-C</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>VOIの閾値(-V のみ使用)</td> |
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <div>-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)</div> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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</tr> | </tr> | ||
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− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | No ATOM | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -P, -d=== | ||
+ | ====P=(25, 25, 25), d=4で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-P-pdbNearAtomListShow.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.462900e+01 2.550600e+01 2.299300e+01<br> | ||
+ | 5.227511e+00<br> | ||
+ | 2.81 2.28 5.20<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -V=== | ||
+ | ====[[Media:Input-121P1.mrc | 使用ファイル]]の画像==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 3500.79 (24, 28, 5)<br> | ||
+ | 88.3104<br> | ||
+ | 323.414<br> | ||
+ | 0.914753<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====d=0.3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-V-pdbNearAtomListShow.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">4.250222e+00 2.688167e+01 1.551100e+01<br> | ||
+ | 2.727775e+01 <br> | ||
+ | 21.57 22.63 26.38<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====C=3500, d=0.3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-VC-pdbNearAtomListShow.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">5.977000e+00 2.695800e+01 -1.009600e+01<br> | ||
+ | 0.000000e+00 <br> | ||
+ | 0.00 0.00 0.00<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2014年2月14日 (金) 07:24時点における最新版
pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(座標リスト) | stdout |
-P | 選択 | POI: (Px, Py, Pz) | (0.0, 0.0, 0.0) |
-V | 選択 | VOI: mrcImage | NULL |
-C | 選択 | VOIの閾値(-V のみ使用) | 0.0 |
-d | 選択 | 距離: [A] | 0.0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション必須項目のみの場合
No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。
オプション -P, -d
P=(25, 25, 25), d=4で実行
重心 最大半径 |
2.462900e+01 2.550600e+01 2.299300e+01 5.227511e+00 |
オプション -V
使用ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (24, 28, 5) |
d=0.3で実行
重心 最大半径 |
4.250222e+00 2.688167e+01 1.551100e+01 2.727775e+01 |
C=3500, d=0.3で実行
重心 最大半径 |
5.977000e+00 2.695800e+01 -1.009600e+01 0.000000e+00 |