「pdbNearAtomListShow」の版間の差分

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'''pdbNearAtomListShow'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbNearAtomListShow'''とは[[PDB]]ファイルから周辺の原子情報を得る[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
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<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル: [座標リスト]</td>  
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<td>出力ファイル: [[ASCII]](座標リスト)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
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<td>-C</td>  
 
<td>-C</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>VOIのコンターレベル: [[mrcImage]]</td>  
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<td>VOIの閾値(-V のみ使用)</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
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<div>-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)</div>
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===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
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3.286664e+01 <br>
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24.77      23.85      28.04<br></p>
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</td>
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===オプション必須項目のみの場合===
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No ATOM
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<div>この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。</div>
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===オプション -P, -d===
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====P=(25, 25, 25), d=4で実行====
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-P-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">2.462900e+01    2.550600e+01    2.299300e+01<br>
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5.227511e+00<br>
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2.81      2.28      5.20<br></p>
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</td>
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===オプション -V===
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====[[Media:Input-121P1.mrc | 使用ファイル]]の画像====
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<table>
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<td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br>
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xy平面<br></p>
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</td>
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<td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br>
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yz平面<br></p>
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</td>
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<td><p align="left">最小<br>
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最大<br>
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平均値<br>
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標準偏差<br>
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標準誤差<br></p>
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</td>
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<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
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3500.79 (24, 28, 5)<br>
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88.3104<br>
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323.414<br>
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0.914753<br></p>
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</td>
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====d=0.3で実行====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-V-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
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最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">4.250222e+00    2.688167e+01    1.551100e+01<br>
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2.727775e+01 <br>
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21.57      22.63      26.38<br></p>
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</td>
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====C=3500, d=0.3で実行====
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-VC-pdbNearAtomListShow.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
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<td><p align="left">5.977000e+00    2.695800e+01  -1.009600e+01<br>
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0.000000e+00 <br>
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0.00      0.00      0.00<br></p>
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</td>
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2014年2月14日 (金) 07:24時点における最新版

pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII(座標リスト) stdout
-P 選択 POI: (Px, Py, Pz) (0.0, 0.0, 0.0)
-V 選択 VOI: mrcImage NULL
-C 選択 VOIの閾値(-V のみ使用) 0.0
-d 選択 距離: [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。


オプション -P, -d

P=(25, 25, 25), d=4で実行

Outdata-P-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.462900e+01 2.550600e+01 2.299300e+01

5.227511e+00

2.81 2.28 5.20


オプション -V

使用ファイルの画像

Input-121P1.png
xy平面

Input1-121P1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (24, 28, 5)
88.3104
323.414

0.914753


d=0.3で実行

Outdata-V-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

4.250222e+00 2.688167e+01 1.551100e+01

2.727775e+01

21.57 22.63 26.38


C=3500, d=0.3で実行

Outdata-VC-pdbNearAtomListShow.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.977000e+00 2.695800e+01 -1.009600e+01

0.000000e+00

0.00 0.00 0.00