pdbNearAtomListShow

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pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 選択 出力ファイル: [座標リスト] stdout
-P 選択 POI: (Px, Py, Pz) (0.0, 0.0, 0.0)
-V 選択 VOI: mrcImage NULL
-C 選択 VOIのコンターレベル: mrcImage 0.0
-d 選択 距離: [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

No ATOM
この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。


オプション -P, -d

P=(25, 25, 25), d=4で実行

ATOM    956  N   ALA A 122      25.044  26.354  21.878  1.00 23.22   0       N  
ATOM    957  CA  ALA A 122      24.629  25.506  22.993  1.00 23.07   0       C  
ATOM    958  C   ALA A 122      23.571  24.478  22.560  1.00 23.57   0       C  
ATOM    959  O   ALA A 122      22.446  24.446  23.061  1.00 25.91   0       O  
ATOM    960  N   ARG A 123      23.853  23.645  21.588  1.00 23.05   0       N  
HETATM 1518  O   HOH A 330      27.437  27.791  25.260  1.00 45.73   0       O  
HETATM 1521  O   HOH A 333      25.098  25.384  28.198  1.00 43.86   0       O