「pdbRhoFitTm」の版間の差分
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<td>-EA</td> | <td>-EA</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>オイラー角</td> | + | <td>[[オイラー角]]の回転モード</td> |
<td>ZOYS</td> | <td>ZOYS</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行217: | 行217: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-C</td> | <td>-C</td> | ||
− | <td> | + | <td>選択</td> |
− | <td>コンターレベル</td> | + | <td>可変入力: コンターレベル</td> |
− | <td>0.0</td> | + | <td>0.0 ...</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行493: | 行493: | ||
1154.61<br> | 1154.61<br> | ||
7.3913<br></p> | 7.3913<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -ymin, -ymax, yd=== | ||
+ | ====ymin=10, ymax=30, yd=5, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-2.960260e+01 2.098140e+02 3.597458e+00<br> | ||
+ | 3.823860e+01<br> | ||
+ | 22.15 37.81 20.84<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (15, 0, 0)<br> | ||
+ | 16212 (28, 9, 0)<br> | ||
+ | 145.389<br> | ||
+ | 1144.65<br> | ||
+ | 7.32756<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -zmin, -zmax, -zd=== | ||
+ | ====zmin=20, zmax=70, zd=2, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-2.960260e+01 1.998140e+02 1.459746e+01<br> | ||
+ | 3.823860e+01<br> | ||
+ | 22.15 37.81 20.84<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br> | ||
+ | 7065 (28, 0, 0)<br> | ||
+ | 12.826<br> | ||
+ | 216.816<br> | ||
+ | 2.47988<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -EA=== | ||
+ | ====EA=YOYS, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-EA-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.367327e+02 -2.186292e-01 2.095572e+02<br> | ||
+ | 3.823908e+01 <br> | ||
+ | 34.54 22.99 22.20<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-EA-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (9, 0, 0)<br> | ||
+ | 11951 (0, 1, 0)<br> | ||
+ | 19.1756<br> | ||
+ | 362.85<br> | ||
+ | 2.32281<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -phimin, -phimax, -phid=== | ||
+ | ====phimin=0, phimax=360, phid=3, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">1.280264e+02 1.054504e+01 2.597458e+00<br> | ||
+ | 3.823844e+01 <br> | ||
+ | 23.11 37.92 20.84<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (7, 0, 0)<br> | ||
+ | 15675 (21, 8, 0)<br> | ||
+ | 82.6776<br> | ||
+ | 875.943<br> | ||
+ | 5.04642<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -psimin, -psimax, psid=== | ||
+ | ====psimin=30, psimax=60, psid=6, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-9.654431e+01 8.513753e+01 2.044136e+02<br> | ||
+ | 3.823914e+01 <br> | ||
+ | 34.74 27.68 23.43<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 13241 (32, 24, 0)<br> | ||
+ | 217.879<br> | ||
+ | 1196.44<br> | ||
+ | 7.65912<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -thetamin, -thetamax, -thetad=== | ||
+ | ====thetamin=30, thetamax=60, thetad=10, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">7.654526e+01 1.778230e+02 3.222245e+02<br> | ||
+ | 3.823855e+01 <br> | ||
+ | 33.84 20.73 30.97<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 17440 (1, 59, 0)<br> | ||
+ | 150.133<br> | ||
+ | 1133.08<br> | ||
+ | 7.25353<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Centre=== | ||
+ | ====Centre, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-Centre-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">5.449082e+01 1.100415e+02 1.245975e+02<br> | ||
+ | 3.823843e+01<br> | ||
+ | 37.79 23.42 20.84<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-Centre-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 28 (68, 20, 0)<br> | ||
+ | 0.166913<br> | ||
+ | 1.31871<br> | ||
+ | 0.00844185<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行==== | ||
+ | =====pdbの画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(pdb)-m1-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00<br> | ||
+ | 3.823911e+01 <br> | ||
+ | 21.51 36.99 20.84<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | =====[[mrcImage]]の画像===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata(mrc)-m1-pdbRhoFitTm.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br> | ||
+ | 15519 (32, 8, 0)<br> | ||
+ | 125.844<br> | ||
+ | 1103.92<br> | ||
+ | 7.06681<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> |
2013年12月10日 (火) 02:43時点における最新版
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
- 2.1 入力ファイルの画像
- 2.2 オプション -C
- 2.3 オプション -Sx
- 2.4 オプション -Sy
- 2.5 オプション -Sz
- 2.6 オプション -xmin, -xmax, xd
- 2.7 オプション -ymin, -ymax, yd
- 2.8 オプション -zmin, -zmax, -zd
- 2.9 オプション -EA
- 2.10 オプション -phimin, -phimax, -phid
- 2.11 オプション -psimin, -psimax, psid
- 2.12 オプション -thetamin, -thetamax, -thetad
- 2.13 オプション -Centre
- 2.14 オプション -m
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-ipdb | 必須 | 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) | NULL |
-imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-Sx | 必須 | xの回転軸 | 55 |
-Sy | 必須 | yの回転軸 | 110 |
-Sz | 必須 | zの回転軸 | 110 |
-omrc | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-otxt | 選択 | 出力ファイル: [テキスト] | NULL |
-opdb | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
-xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
-xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
-xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
-ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
-ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
-yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
-zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
-zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
-zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
-EA | 選択 | オイラー角の回転モード | ZOYS |
-phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
-phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
-phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
-psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
-psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
-psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
-thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
-thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
-thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
-nw | 選択 | weight for normalize | 100000000.0 |
-nC | 選択 | Contour Level for Normalize | 0.0 |
-I | 選択 | 黒を高密度とする | |
-Zminus | 選択 | Shift to -z | |
-Tfactor | 選択 | Consider T factor | |
-Tlim | 選択 | The atom will be neglected | 60 |
-Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
-C | 選択 | 可変入力: コンターレベル | 0.0 ... |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename of pdb file of atomic model -imrc : Filename of mrc file of contour map -omrc : Filename of mrc file of fitting results -otxt : Filename of text file of fitting results -opdb : Filename of pdb file with a max score after fitting results -zmin : Initial value of z (should <= zmax) -zmax : Final value of z -zd : Delta z for fitting (should >0) -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0) -phimax : Final value of phi (should >0) -phid : Delta phi for fitting (should >0) -C : Contour level (variable and MUST be last option) -Inverse: Protein has high density on the image -Sx : x of rotation axis -Sy : y of rotation axis -Sz : z of rotation axis -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting -Tfactor: Consider temperature factor -Tlim : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected -Centre : Filament-axis is x=0, y=0
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 輪郭内の原子数をカウントする |
1 | 原子の密度を加える |
実行例
入力ファイルの画像
pdbの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 5 (34, 41, 36) |
オプション -C
C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) |
オプション -Sx
Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00 3.823867e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (15, 0, 0) 12888 (4, 8, 0) |
オプション -Sy
Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00 3.823857e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 14125 (93, 8, 0) |
オプション -Sz
Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) |
オプション -xmin, -xmax, xd
xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00 3.823834e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 16153 (30, 4, 0) |
オプション -ymin, -ymax, yd
ymin=10, ymax=30, yd=5, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-2.960260e+01 2.098140e+02 3.597458e+00 3.823860e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (15, 0, 0) 16212 (28, 9, 0) |
オプション -zmin, -zmax, -zd
zmin=20, zmax=70, zd=2, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-2.960260e+01 1.998140e+02 1.459746e+01 3.823860e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 7065 (28, 0, 0) |
オプション -EA
EA=YOYS, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
1.367327e+02 -2.186292e-01 2.095572e+02 3.823908e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (9, 0, 0) 11951 (0, 1, 0) |
オプション -phimin, -phimax, -phid
phimin=0, phimax=360, phid=3, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
1.280264e+02 1.054504e+01 2.597458e+00 3.823844e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (7, 0, 0) 15675 (21, 8, 0) |
オプション -psimin, -psimax, psid
psimin=30, psimax=60, psid=6, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-9.654431e+01 8.513753e+01 2.044136e+02 3.823914e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 13241 (32, 24, 0) |
オプション -thetamin, -thetamax, -thetad
thetamin=30, thetamax=60, thetad=10, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
7.654526e+01 1.778230e+02 3.222245e+02 3.823855e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 17440 (1, 59, 0) |
オプション -Centre
Centre, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
5.449082e+01 1.100415e+02 1.245975e+02 3.823843e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 28 (68, 20, 0) |
オプション -m
m=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行
pdbの画像
重心 最大半径 |
-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00 3.823911e+01 |
mrcImageの画像
最小 最大 |
0 (10, 0, 0) 15519 (32, 8, 0) |