pdbRhoFitTm

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2013年11月13日 (水) 01:52時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

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pdbRhoFitTmとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-Sx 必須 xの回転軸 55
-Sy 必須 yの回転軸 110
-Sz 必須 zの回転軸 110
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: [テキスト] NULL
-opdb 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角 ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 Contour Level for Normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tfactor 選択 Consider T factor
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C Variable コンターレベル 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Sx	    : x of rotation axis
    -Sy     : y of rotation axis
    -Sz     : z of rotation axis
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5 (34, 41, 36)
0.00471829
0.0933498

0.000162869

オプション -C

C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

オプション -Sx

Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sx-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00

3.823867e+01

32.66 29.04 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sx-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 0, 0)

12888 (4, 8, 0)
95.5124
842.466

5.39311

オプション -Sy

Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sy-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00

3.823857e+01

33.06 28.34 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sy-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (18, 0, 0)

14125 (93, 8, 0)
119.109
992.326

6.35246

オプション -Sz

Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sz-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

オプション -xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00

3.823834e+01

21.46 37.49 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

16153 (30, 4, 0)
133.759
1154.61

7.3913

オプション -ymin, -ymax, yd

ymin=10, ymax=30, yd=5, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.960260e+01 2.098140e+02 3.597458e+00

3.823860e+01

22.15 37.81 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 0, 0)

16212 (28, 9, 0)
145.389
1144.65

7.32756