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Welcome to Eospedia

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010. We would like to summarize knowledges about Eos.

Old Eos pages are here.

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend here. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

Beginner's Guid

What is Eos ?

We here describe what is Eos.

=== How to use Eos Commands We here describe commands of Eos by CUI.

===How to use Eos by Makefile We here describe how to integrate commands using make

List of command

We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list] We here show functional order of Eos commands.

Installation

Download

1. tarball [1] 2. git from SourceFoge [2] 3. (PIONE) github or gem 3.1 gem (ruby)

$ gem install pione

3.2 git from github

$ git clone https://github.com/pione/pione.git

How to install Eos

We here describe how to install Eos.

Installation of PIONE

We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

Eos reference

[Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]]

We here describe integration commands supplied by Eos, one of the support Eos supplies.

Integration comannd : PIONE

We here describe PIONE.

Eos tutorial　

How to set Eos environment　

At first, we explain how to install Eos simplily. The details are described in Eos Installation.

• Eos Installation

How to use commands of Eos　

Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、コマンドの詳細をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

• Eos Commands

Image format in Eos　

Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。

• 画像フォーマットの変換

Simple image processing using Eos　

Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。

• Simple Image Processing

CTF Correction

電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。

• CTF Correction

Single particle analysis　

　ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

Concept of Single particle analysi

　単粒子解析の概要を示します。

Particle picking

　まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

Classification of 2D images

　２次元画像を分類して、ＳＮ比を上げます。

Estimation of projection angle using reference

　参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

3D Reconstruction: Backprojecdtion

　3次元再構成自身を解説します。

Visualization tools

　できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。

Electron tomography

　電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の３次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

Electron tomographyの概要

　電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから３次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

Image Correction

　傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

Rough Alignment

　傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

Alignment

　傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

3D reconstruction

　２次元画像のセットから３次元画像を再構成します。

Problems of 3D reconstruction

　全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

Interpretation of 3D reconstruction

　また、多様な構造を含むため、３次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

Notes

　This tutorial pages were created with refer to the documents used single particle workshop on 2012/09/10-11.

Developers' Guide of Eos

Eos development under Sourceforge

We here show a flow of development of Eos under Sourceforge: 1. create clone from Sourceforge, develop a new tool or object and finally register them into Sourceforge.

Development of small tools

How to create a small tool

How to create Small Tools(Command Group) is described.

Introduction of small tools

We introduce some simple examples of Small Tools(Command Group).

How to create API

How to carete Object-oriented library (API) is described。

API list

We show a list of Object-oriented library (API).

Functional oder of API

We here show functionl oder of API (Object-oriented libraries) supplied by Eos.

How to create integration commands

We describe how to develop integration commands.

Integration by Makefile

Here how to integrate commands using Makefile are shown。Furthreore, Visualmake supply simple and easy GUI (Graphical User Interface).

Integration by PIONE

We here show how to integrate commands using PIONE, which is a rule-based process definition and work under distributed computing system.

Integration by bash

bash etc.

Integration by integration commands

We here describe how to integrate commands by Display2, smolet, Eos etc. programed with Tcl/Tk, ctfDisplay etc. programed with Ruby/Tk，molvie etc. programmed by C-language.

Electron Microscopy

We here describe electron microscopy.

Electron source

We here describe an electron source of electron microscope, a gun.

Lens

We here explain the mechanism of lens and optics, especially TEM (Transmission Electron Microscopy).

Contrast of TEM

We here explain what is contrast of TEM.

Contrast of SEM

We here explain what is contrast of SEM.

Contrast of STEM

We here explain what is contrast of STEM.

Electron cryo-microscopy

We here explain what is electron cryo-microscopy

FAQ of electron microscopy

We here answer the FAQ.

TIPS of electron microscopy

We here collect EM TIPS.

Eosの今後の発展（ロードマップ）について

　Eosの今後の開発方針(ロードマップ)について述べます。

FAQ and TIPS

FAQ

We here plan to collenct FAQ(Frequenty asked question).

Eos TIPS

We here plan to collect TIPS in using Eos and processing/analyzing/intepreting images.

Eos around TIPS

We here plan to collect useful TIPs around Eos. If you have some comments, please send me.

Why we have been developing Eos/PIONE ?

Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance Eos. We will note Why Eos by Yasunaga.

Eos User Group

We plan to create Eos User Group and discuss the current and the future of Eos on the sourceforge or facebook. Please access them.

About a symbol mark of Eos

Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to User's Guid

External link

• Eospedia.jp
• Eospedia.en
• Eos SourceForge
• Yasunaga Lab.
• Kyutech, Dept. of Bioscience and Bioinformatics
• Kyutech. School of Computer Science and Systems Engineering
• Kyushu Institute of Technology(Kyutech)

• Software Tools For Molecular Microscopy
• EM Software on EMDataBank

How to use mediawiki

• Configuration Settings
• FAQ
• mediawiki-announce