pdbNAMDRestraintCreate

pdbNAMDRestraintCreateとはPDBファイルからNAMD用のデータを作成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-r	必須	参照ファイル: PDB	NULL
-o	選択	出力: NAMD Restraint	stdout
-O	選択	出力: PDB Force	stdout
-kf	選択	入力: Kf kcal/mol/A^2	1.0
-autokf	選択	入力: Kf kcal/mol for averaged length	1.0
-seg	選択	入力: segment name	EXAMPLE
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-autokf は -kf より前に設定される。

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 24.77 22.88 23.78

参照ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

-o のデータ

urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}

-O のデータ

重心 最大半径 最大半径(座標)

0.000000e+00 1.578772e+01 -1.433346e+01 2.132370e+01 0.00 15.79 14.33

オプション　-kf

kf=2で実行

-o のデータ

urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}

-O のデータ

重心 最大半径 最大半径(座標)

0.000000e+00 3.157545e+01 -2.866693e+01 4.264741e+01 0.00 31.58 28.67

オプション　-autokf

autokf=2で実行

-o のデータ

urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}

-O のデータ

重心 最大半径 最大半径(座標)

0.000000e+00 2.941331e+00 -2.670398e+00 3.972714e+00 0.00 2.94 2.67

オプション　-seg

seg=SEGNAMEで実行

-o のデータ

urestraint {
    posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}