pdbNAMDRestraintCreate

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pdbNAMDRestraintCreateとはPDBファイルからNAMD用のデータを作成するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-r 必須 参照ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力: NAMD Restraint stdout
-O 選択 出力: PDB Force stdout
-kf 選択 入力: Kf kcal/mol/A^2 1.0
-autokf 選択 入力: Kf kcal/mol for averaged length 1.0
-seg 選択 入力: segment name EXAMPLE
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-autokf は -kf より前に設定される。


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 1.578772e+01 -1.433346e+01

2.132370e+01

0.00 15.79 14.33


オプション -kf

kf=2で実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=2 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=2 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=2 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=2 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=2 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=2 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=2 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=2 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=2 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=2 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-kf-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 3.157545e+01 -2.866693e+01

4.264741e+01

0.00 31.58 28.67


オプション -autokf

autokf=2で実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (EXAMPLE,1,ca) kf=0.186306 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (EXAMPLE,2,ca) kf=0.186306 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (EXAMPLE,3,ca) kf=0.186306 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (EXAMPLE,4,ca) kf=0.186306 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (EXAMPLE,5,ca) kf=0.186306 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (EXAMPLE,162,ca) kf=0.186306 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (EXAMPLE,163,ca) kf=0.186306 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (EXAMPLE,164,ca) kf=0.186306 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (EXAMPLE,165,ca) kf=0.186306 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (EXAMPLE,166,ca) kf=0.186306 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}


-O のデータ
Outdata-autokf-pdbNAMDRestraintCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

0.000000e+00 2.941331e+00 -2.670398e+00

3.972714e+00

0.00 2.94 2.67


オプション -seg

seg=SEGNAMEで実行

-o のデータ
urestraint {
    posi (SEGNAME,1,ca) kf=1 ref=(-5.913,31.928,-6.676)
    posi (SEGNAME,2,ca) kf=1 ref=(-4.759,28.93,-4.751)
    posi (SEGNAME,3,ca) kf=1 ref=(-4.531,29.674,-1.062)
    posi (SEGNAME,4,ca) kf=1 ref=(-2.465,27.513,1.336)
    posi (SEGNAME,5,ca) kf=1 ref=(-3.586,27.58,4.978)

-中略-

    posi (SEGNAME,162,ca) kf=1 ref=(3.951,18.742,0.732)
    posi (SEGNAME,163,ca) kf=1 ref=(0.404,20.135,0.49)
    posi (SEGNAME,164,ca) kf=1 ref=(0.711,20.05,-3.346)
    posi (SEGNAME,165,ca) kf=1 ref=(1.52,16.308,-3.145)
    posi (SEGNAME,166,ca) kf=1 ref=(-1.217,15.28,-0.638)
}