pdbWaterAdd

pdbWaterAddとは入力ファイルの周辺に水分子を加えるEosのコマンドである。出力ファイルは水分子のみで構成される。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	必須	出力ファイル: PDB	NULL
-d	選択	水の密度: [M]	55.55555
-r	選択	水の半径(m=0, 1で使用)	100
-height	選択	水の高さ(m=1で使用)	100
-cube	選択	(X, Y, Z): [A](m=3で使用)	(100, 100, 100)
-edge	選択	layer number(m=2で使用)	3
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	球
1	円筒
2	エッジ
3	立方体

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

9.330483e+00 2.794594e+01 1.553714e+01 1.010862e+02 100.31 100.22 100.46

オプション　-r

r=30で実行

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.013427e+01 2.852403e+01 1.641233e+01 3.179522e+01 29.60 29.31 29.34

オプション　-d

d=100, r=30で実行

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.088372e+01 2.846397e+01 1.583489e+01 3.126308e+01 29.54 29.43 29.34

オプション　-m

m=1で実行

その他のオプション設定なし

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

9.336175e+00 2.794978e+01 1.554270e+01 1.124455e+02 100.48 100.40 51.18

height=50, r=30で実行

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

9.900170e+00 2.835893e+01 1.610196e+01 3.983113e+01 29.49 29.53 26.50

m=2で実行

その他のオプション設定なし

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.902557e+00 2.626757e+01 1.201421e+01 4.315685e+01 32.09 31.73 33.16

edge=1で実行

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

3.767874e+00 2.603396e+01 1.347542e+01 3.475105e+01 25.49 26.98 29.59

m=3で実行

その他のオプション設定なし

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

7.796508e+00 2.639248e+01 1.400760e+01 8.374090e+01 49.54 49.47 49.50

cube=(150, 50, 25)で実行

白は入力ファイル

重心 最大半径 最大半径(座標)

8.101933e+00 2.262963e+01 1.431665e+01 4.112811e+01 24.75 25.55 24.59