defocusDeterminationFromThonRing

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defocusDeterminationFromThonRingとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 stdin
-iN 選択 InputNameInInformationFile stdin
-iR 選択 InputReferenceForLength: mrcImage stdin
-o 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-oI 選択 OutputInformationFile1: ASCII(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation) stdout
-oI2 選択 OutputInformationFile2: ASCII(llDataCTFCompensate -I2) stdout
-oI3 選択 OutputInformationFile3: ASCII(llExtractWithLayerSeparation)
Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode		 stdout
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数: [mm] 2.1
-A 選択 The ratio of amplitude contrast to phase contrast 0.05
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltadY to determine dY. 0.5
-R 選択 可変入力: トーンリング: [/A] NULL ...
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-ctfMode 選択 CTFMode 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

CTFModeの詳細

モード 説明
0 Phase CTF
1 PhaseCTF + ratio*AmpCTF


実行例

オプション必須項目のみの場合

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
---------------------------------------------
Avg.             nan [A]  +- S.D.             nan [A] 
Avg.         nan [um]     +- S.D.         nan [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
---------------------------------------------
Avg.             nan [A]  +- S.D.             nan [A] 
Avg.         nan [um]     +- S.D.         nan [um]


オプション　-R

R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]


オプション　-o, -oI, -oI2

o, oI, oI2をファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

-o のデータ
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]
-oI のデータ
stdin 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000
-oI2 のデータ
13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000


オプション　-iR

iRをファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

-iR の画像
Refer-defocusDeterminationFromThonRing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


-oI3をファイル指定で実行
出力結果 
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         0.930233
      CalculatedY         1.000000
      deltadY             0.069767
-oI3 のデータ 
stdin 1 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000 0


truePitch=300で実行
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         1.333333
      CalculatedY         1.000000
      deltadY             0.333333


PixelSize=10で実行
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 800.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 10.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         1.860465
      CalculatedY         2.000000
      deltadY             0.139535


オプション　-kV

kV=100, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            2.659654e+07 :      1.000000e-03
    2            5.362301e+05 :      1.000000e-02
    3            8.208672e+03 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    9.046993e+06 [A]  +- S.D.    1.241128e+07 [A] 
Avg.      904.70 [um]     +- S.D.     1241.13 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -2.745611e+07 :      1.000000e-03
   -2           -5.448229e+05 :      1.000000e-02
   -3           -8.007123e+03 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -9.336313e+06 [A]  +- S.D.    1.281450e+07 [A] 
Avg.     -933.63 [um]     +- S.D.     1281.45 [um]


オプション　-Cs

Cs=2.0, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

出力結果 
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196594e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335248e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196710e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891300e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]
-oI のデータ
stdin 13352485.000000 2.000000 200.000000 0.050000


オプション　-A

A=0.1, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.862291e+07 :      1.000000e-03
    2            7.851137e+05 :      1.000000e-02
    3            1.190596e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.313998e+07 [A]  +- S.D.    1.802192e+07 [A] 
Avg.     1314.00 [um]     +- S.D.     1802.19 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.115387e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.104219e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.202707e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.399211e+07 [A]  +- S.D.    1.920903e+07 [A] 
Avg.    -1399.21 [um]     +- S.D.     1920.90 [um]

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