llExtract
提供: Eospedia
llExtractとはmrcImage(FFT)をLLに変換するEosのコマンドである。出力ファイルはllDataPrint からグラフとして確認することが出来る。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-t | 選択 | タイトル: ASCII[80] | NULL |
-s | 選択 | Step[A]: (xStep, yStep) | (1.0, 1.0) |
-M | 選択 | Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) | (1.0, 1.0) |
-i | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-1 | 選択 | 出力ファイル: LL(NearSide) | NULL |
-2 | 選択 | 出力ファイル: LL(FarSide) | NULL |
-R | 選択 | 回転角度: [Degree] | 0.0 |
-O | 選択 | Omega: [Degree] | 0.0 |
-S | 選択 | Shear: [Degree] | 0.0 |
-I | 選択 | ievery | 0 |
-axl | 選択 | axl | 0.0 |
-ayl | 選択 | ayl | 0.0 |
-x | 選択 | xShift: [GridUnit] | 0.0 |
-l | 選択 | llMax | 0 |
-d | 選択 | delRInv: [A] | 0.0 |
-f | 選択 | flagOutputInfo | |
-L | 選択 | 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... | (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0) |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定: ASCII | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
コンフィグファイルのフォーマット
タイトル xStep yStep MaxX MaxY 入力ファイル名 出力ファイル名(NearSide) 出力ファイル名(FarSide) 回転角度 Omega Share ievery axl ayl xShift llMax delRInv flagOutputInfo n0 l0 Y0 leftMin0 leftMax0 rightMin0 rightMax0 weight0 n1 l1 Y1 leftMin1 leftMax1 rightMin1 rightMax1 weight1 . .
llExtractCtrlFileCreateにて作成することが出来る。
入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可
実行例
入力ファイルの画像
mrcFFTExpression(m=1)にて表示
サイズ モード |
( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション -c
コンフィグファイル1
以下のデータで実行
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 12 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 2 2 72 0 255 0 255 1.0 4 4 144 0 255 0 255 1.0 -3 11 -66 0 255 0 255 1.0 -1 13 6 0 255 0 255 1.0 1 15 78 0 255 0 255 1.0 3 17 150 0 255 0 255 1.0 -4 24 -60 0 255 0 255 1.0 -2 26 12 0 255 0 255 1.0 0 28 84 0 255 0 255 1.0 2 30 156 0 255 0 255 1.0 4 32 228 0 255 0 255 1.0
-1 のデータ
LAYERLINE 0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01 0 0 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05 9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07 1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06 2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06 3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07 -中略- 2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05 2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 LAYERLINE 1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00 2 2 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02 9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02 1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02 2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01 3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01 -中略- 2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01 2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 LAYERLINE 2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00 4 4 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02 9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02 1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02 2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02 3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02 -中略- LAYERLINE 3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00 -3 11 -中略- LAYERLINE 11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00 4 32 -中略- 2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02 2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02 2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02 2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02 2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
-2 のデータ
LAYERLINE 0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01 0 0 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05 9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05 1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05 2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05 3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05 -中略- 2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07 2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 LAYERLINE 1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00 2 2 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02 9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02 1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02 2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02 3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02 -中略- 2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01 2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00 LAYERLINE 2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00 4 4 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02 9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02 1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02 2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02 3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02 -中略- LAYERLINE 3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00 -3 11 -中略- LAYERLINE 11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00 4 32 -中略- 2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02 2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02 2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02 2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02 2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00