mrc3Dto2D
mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosのコマンドである。ここでいう3D画像と2D画像とは、それぞれ主に参照像、投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度の投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子の角度決定に用いられる。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -Rot1 | 選択 | 最初の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -Rot2 | 選択 | ２度目の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -Rot3 | 選択 | 最後の回転 | 0.0 360.0 10 |
| -EulerMode | 選択 | オイラー角の回転モード設定 | ZOYS |
| -InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
| -AreaMode | 選択 | エリアモード：投影をする全空間の形 0：立方体 1：球 |
0 |
| -m | 選択 | モード | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 投影像の数はそのまま |
| 1 | 回転角を減少させる nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる |
-InterpolationModeの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最短距離法 |
| 1 | 線形補間法 |
| 2 | ３次補間法 |
| 3 | 多項式法 |
オプション-EAのRotModeの設定の詳細
一桁目： どの軸から回転を始めるか設定 二桁目： 回転軸の順番を設定１ O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する 三桁目： 回転軸の順番の設定２ Y…順番を維持する N…順番を逆順にする 四桁目： 回転方法を設定 S…物体そのものをまわす R…座標を移動させる
実行例
入力画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
| XY平面 | YZ平面 |
 |
 |
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
0 0.186008 |
オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3
| XY平面 | YZ平面 | ||
 |
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -EulerMode
| XY平面 | YZ平面 | ||
 |
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -InterpolationMode
InterpolationMode：0
 |
最小 最大 |
0 0.2125 |
InterpolationMode：１
 |
最小 最大 |
0 0.175 |
InterpolationMode：2
 |
最小 最大 |
-0.0325619 0.213961 |
InterpolationMode：3
 |
最小 最大 |
-5.4667 184.383 |
