mrc3Dto2D

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mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosコマンドである。ここでいう3D画像2D画像とは、それぞれ主に参照像投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子角度決定に用いられる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-Rot1 選択 最初の回転 0.0 360.0 10
-Rot2 選択 2度目の回転 0.0 360.0 10
-Rot3 選択 最後の回転 0.0 360.0 10
-EulerMode 選択 オイラー角の回転モード設定 ZOYS
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-AreaMode 選択 エリアモード:投影をする全空間の形
0:立方体 1:球
0
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 投影像の数はそのまま
1 回転角を減少させる
nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる

-InterpolationModeの詳細

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法

オプション-EAのRotModeの設定の詳細

一桁目:	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目:	回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目:	回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目:	回転方法を設定
S…物体そのものをまわす
R…座標を移動させる


実行例

入力画像

121p.png


pdbInfoでみた入力ファイルの詳細

121p-Info.png


pdb2mrcで3Dのmrcファイルに変更

XY平面 YZ平面
121p.mrc.png 121p.mrc-2.png


オプション必須項目のみの場合

121p.no2.out-m0.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0

0.186008
0.00302756
0.0128325
7.12722e-07


オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3

すべてRot 0 180 30で設定
XY平面 YZ平面
121p.no2.out-Rot-2.png 121p.no2.out-Rot-1.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0

0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06


オプション -EulerMode

Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定
XY平面 YZ平面
121p.no2.out-Rot-EY2.png 121p.no2.out-Rot-EY.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0

0.175
0.00303008
0.0129694
8.75351e-06


以降はすべてRot 0 180 30で設定

オプション -InterpolationMode

InterpolationMode:0

121p.no2.out-In0.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0

0.2125
0.00301082
0.0137354
9.27052e-06


InterpolationMode:1

121p.no2.out-In1.mrc.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0

0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06

デフォルトは1なので画像に変化はない。


InterpolationMode:2

121p.no2.out-In2.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-0.0325619

0.213961
0.00302793
0.0137247
9.26332e-06


InterpolationMode:3

121p.no2.out-In3.png 最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-5.4667

184.383
3.28548
13.7206
0.00926055