mrcImageCTFSN

mrcImageCTFSNとはEosのコマンドである。フーリエ空間のノイズレベルをThonRingの周波数領域をノイズレベルと仮定し、それ以外のレベルがどのくらい強度が高いかを示したものである。

CTFのThon Ringの０のところの値を使って、ノイズレベルを指数関数でフィットし、N(R) = An exp( Bn x R )を求めます。その際、負にならないように、Anを調整します。 その後、各空間周波数毎に強度I(R)/N(R) - 1　として、出力したものである。現在、非点には対応できていない。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル設定: mrcImage(FFT)	stdin
-o	必須	出力ファイル設定: mrcImage(FFT)	stdout
-kV	選択	加速電圧: [kV]	200
-Cs	選択	球面収差係数: [mm]	1.7
-df	必須	デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A]	2.7
-n1	選択	Degree of zero point minimum	2
-n2	選択	Degree of zero point maximum	4
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT 0.000514398 (78, 51, 0) 1684.3 (0, 0, 0) 9.67542 65.3969 0.817461

df=27000で実行

他のオプション設定なし

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT 0.00798281 (13, 0, 0) 147968 (40, 40, 0) 867.722 4251.35 53.1419

以降はdf=27000で実行

オプション　-kV

kV=100で実行

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT 0.073218 (12, 0, 0) 648.392 (0, 0, 0) 2.75844 21.3399 0.266748

オプション　-Cs

Cs=2.7で実行

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT 0.00664789 (13, 0, 0) 145982 (40, 40, 0) 857.727 4197.01 52.4626

オプション　-n1, -n2

n1=1, n2=7で実行

サイズ モード 最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT 0.0463626 (18, 0, 0) 90.1676 (40, 40, 0) 3.89085 4.36334 0.0545418