mrcImagePCA

mrcImagePCAとは複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト: ASCII	NULL
-o	必須	出力ファイルリスト: ASCII	NULL
-EPS	選択	EPS: lambda<EPS, stop calculation.	1e2
-NX	選択	ピクセル数: Nx	30
-NY	選択	ピクセル数: Ny	30
-O	選択	出力ファイル: vectorfile	NULL
-EPSO	選択	出力ファイル: EPSOutput: caletimefile	NULL
-E	選択	出力: eigenImage	eigen
-numE	選択	Number of eigenImages	10
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-i, -oのフォーマット

ファイル1
ファイル2
.
.

実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-2D-P.mrc
Input-121P-2D1-P.mrc
Input-121P-2D2-P.mrc

Input-121P-2D-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 29741.8 (13, 23, 0) 5686.81 5820.04 145.501

Input-121P-2D1-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 30528.7 (8, 21, 0) 5656.23 6199.33 154.983

Input-121P-2D2-P.mrcの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1105.85 (0, 0, 0) 29425.9 (17, 12, 0) 5666.16 6154.34 153.858

-o は以下のデータを使用する

Outdata0-mrcImagePCA.mrc
Outdata1-mrcImagePCA.mrc
Outdata2-mrcImagePCA.mrc

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している

Outdata0-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0) 107098 (1, 0, 0) 200.692 4325.59 144.186

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 73525.2 
1 0 107098 
2 0 -0.00138839 
3 0 -0.00137284 
4 0 -0.00128583 
5 0 0.000646963 
6 0 -0.000642849 

-中略-

8 10 -2.65457e-06 
9 10 -6.40329e-06 
10 10 -6.56773e-06 
11 10 -9.83265e-05 
12 10 8.96691e-07 

-中略-

25 29 -1.81996e-06 
26 29 -8.89436e-07 
27 29 1.35051e-06 
28 29 7.98696e-07 
29 29 -7.37277e-07 

Outdata1-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-105568 (1, 0, 0) 76769.3 (0, 0, 0) -31.9984 4350.89 145.03

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 76769.3 
1 0 -105568 
2 0 0.00136864 
3 0 0.00135261 
4 0 0.00127105 
5 0 0.000675541 
6 0 -0.000672826 

-中略-

8 10 -3.828e-06 
9 10 -6.76705e-06 
10 10 -6.8542e-06 
11 10 -9.83877e-05 
12 10 7.78496e-07 

-中略-

25 29 1.8971e-06 
26 29 -1.24502e-06 
27 29 1.55392e-06 
28 29 1.16343e-06 
29 29 -1.05502e-06 

Outdata2-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-150295 (0, 0, 0) 0.00131568 (6, 0, 0) -168.694 5007.24 166.908

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 -150295 
1 0 -1530.13 
2 0 1.97447e-05 
3 0 2.02311e-05 
4 0 1.47764e-05 
5 0 -0.0013225 
6 0 0.00131568 
7 0 0.00128579 

-中略-

8 10 6.48256e-06 
9 10 1.31703e-05 
10 10 1.34219e-05 
11 10 0.000196714 
12 10 -1.67518e-06 

-中略-

25 29 -7.71467e-08 
26 29 2.13446e-06 
27 29 -2.90443e-06 
28 29 -1.96212e-06 
29 29 1.7923e-06 

オプション　-NX, -NY

NX=20, NY=20で実行

-o の画像

データの先頭が極端に大きいので画像はmrcImageWindowingで補正している

Outdata0-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.00138839 (2, 0, 0) 107098 (1, 0, 0) 451.558 6479.66 323.983

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 73525.2 
1 0 107098 
2 0 -0.00138839 
3 0 -0.00137284 
4 0 -0.00128583 
5 0 0.000646963 
6 0 -0.000642849 

-中略-

8 15 -2.65457e-06 
9 15 -6.40329e-06 
10 15 -6.56773e-06 
11 15 -9.83265e-05 
12 15 8.96691e-07 

-中略-

15 19 -5.82619e-07 
16 19 4.00663e-07 
17 19 6.01493e-07 
18 19 7.07807e-06 
19 19 6.33428e-06 

Outdata1-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-105568 (1, 0, 0) 76769.3 (0, 0, 0) -71.9964 6526.11 326.305

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 76769.3 
1 0 -105568 
2 0 0.00136864 
3 0 0.00135261 
4 0 0.00127105 

-中略-

8 15 -3.828e-06 
9 15 -6.76705e-06 
10 15 -6.8542e-06 
11 15 -9.83877e-05 
12 15 7.78496e-07 

-中略-

15 19 -3.87463e-07 
16 19 4.56702e-07 
17 19 8.39118e-07 
18 19 7.15604e-06 
19 19 6.71392e-06 

Outdata2-mrcImagePCA.mrc

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-150295 (0, 0, 0) 0.00131568 (6, 0, 0) -379.562 7505.53 375.276

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 -150295 
1 0 -1530.13 
2 0 1.97447e-05 
3 0 2.02311e-05 
4 0 1.47764e-05 
5 0 -0.0013225 
6 0 0.00131568 

-中略-

8 15 6.48256e-06 
9 15 1.31703e-05 
10 15 1.34219e-05 
11 15 0.000196714 
12 15 -1.67518e-06 

-中略-

15 19 9.70083e-07 
16 19 -8.57366e-07 
17 19 -1.4406e-06 
18 19 -1.42341e-05 
19 19 -1.30482e-05 

オプション　-O

-O のデータ

   0   848  11295979840.68  59.97
   1   933  7538968371.30  100.00
   2  1077   0.00  100.00
   3   231   0.00  100.00
   4   122   0.00  100.00
   5   184   0.00  100.00
   6  1398   0.00  100.00

-中略-

1595   450  -0.00  100.00
1596   888  -0.00  100.00
1597  1068  -0.00  100.00
1598  1259  -0.00  100.00
1599  1132  -0.00  100.00

オプション　-EPSO

-EPSO のデータ

1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 100 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 100 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 100 6 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 100 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 100 11 sec
6000/1279200 = 0.469043 % current 663.412 EPS 100 14 sec
EPSbreak
6080/1279200 = 0.475297 % current 99.6128 EPS 100 14 sec

オプション　-EPS

EPS=1e3で実行

-EPSO のデータ

1000/1279200 = 0.078174 % current 9.66421e+07 EPS 1000 2 sec
2000/1279200 = 0.156348 % current 7.96464e+07 EPS 1000 4 sec
3000/1279200 = 0.234522 % current 1.3266e+07 EPS 1000 7 sec
4000/1279200 = 0.312695 % current 2.07992e+06 EPS 1000 9 sec
5000/1279200 = 0.390869 % current 76309.2 EPS 1000 11 sec
EPSbreak
5952/1279200 = 0.465291 % current 968.28 EPS 1000 13 sec

オプション　-E

-E のデータ

デフォルト設定でnumE=10であるので10個のファイルができる

eigen.00000

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0) 0.0947194 (8, 21, 0) 2.23033e-05 0.025 0.000625

eigen.00001

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0) 0.092875 (12, 22, 0) 0.000144147 0.0249996 0.00062499

eigen.00002

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.000641438 (8, 21, 0) 0.999987 (37, 26, 0) 0.000625099 0.0249922 0.000624805

-中略-

eigen.00009

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.00053598 (13, 23, 0) 0.999988 (14, 4, 0) 0.000624184 0.0249922 0.000624805

オプション　-numE

numE=2で実行

-E のデータ

eigen.00000

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0991027 (17, 12, 0) 0.0947194 (8, 21, 0) 2.23033e-05 0.025 0.000625

eigen.00001

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.0995859 (18, 23, 0) 0.092875 (12, 22, 0) 0.000144147 0.0249996 0.00062499