mrcImageParticleCandidateExtract
提供: Eospedia
mrcImageParticleCandidateExtractとは周辺に比べて密度が有意に高いところを見出すEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage(IQマップ) | NULL |
-RR | 選択 | 入力: 探索範囲の内径 [A] | 100.0 |
-RW | 選択 | 入力: 探索範囲の幅 [A] | 10.0 |
-thres | 選択 | 入力: IQの閾値(標準出力用) | 3.0 |
-out | 選択 | 出力 | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
IQ = (testdata - mean)/sd;
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
オプション必須項目のみの場合
出力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。
-out のデータ
38.000000 24.000000 0.000000 3.285927 39.000000 24.000000 0.000000 5.289909 40.000000 24.000000 0.000000 6.301086 41.000000 24.000000 0.000000 5.084664 51.000000 24.000000 0.000000 3.458355 52.000000 24.000000 0.000000 3.290684 -中略- 36.000000 58.000000 0.000000 7.257681 37.000000 58.000000 0.000000 6.887584 38.000000 58.000000 0.000000 5.179653 39.000000 58.000000 0.000000 3.826627 35.000000 59.000000 0.000000 3.485140 36.000000 59.000000 0.000000 4.024090
オプション -RR
RR=50で実行
最小 最大 |
0 7 |
RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。
オプション -RW
RW=30, RR=50で実行
最小 最大 |
0 9 |
オプション -thres
thres=1で実行
出力ファイルの画像
最小 最大 |
0 255 |
-out の出力データ
47.000000 19.000000 0.000000 1.098040 48.000000 19.000000 0.000000 1.125516 46.000000 20.000000 0.000000 1.035438 47.000000 20.000000 0.000000 1.264296 48.000000 20.000000 0.000000 1.169891 49.000000 20.000000 0.000000 1.004437 -中略- 29.000000 62.000000 0.000000 1.318240 30.000000 62.000000 0.000000 1.408884 31.000000 62.000000 0.000000 1.180901 33.000000 62.000000 0.000000 1.042541 34.000000 62.000000 0.000000 1.174146 35.000000 62.000000 0.000000 1.107767