mrcImageROIs

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mrcImageROIsとはmrcImageファイルから、複数の気になる領域を切り出すためのEosコマンドである。

アルゴリズム

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-I 必須 入力ファイル:ASCII(ROI情報の設定) NULL
-o 選択 出力ファイル:モンタージュファイルの指定 stdout(設定しなければ標準出力)
-S 選択 入力:入力ファイルとROI情報を設定した画像の間で縮小率が異なっていた場合 NULL(縮小が掛かっていないとする)
-w 選択 入力:全てのROIの幅を指定した一定幅にする 0.0(ROI情報ファイルのまま)
-h 選択 入力:全てのROIの高さを指定した一定高さにする 0.0(ROI情報ファイルのまま)
-m 選択 補間方法の指定 0
-M 選択 出力ファイルフォーマットの指定 2

-m の詳細

補間の仕方を指定する。

モード 説明
0 最近傍法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 2次曲面補間法


-M の詳細

出力ファイルフォーマットを指定する。

モード 説明
0 Char
1 Short
2 Float


ROI情報ファイルのフォーマット

出力ファイル名 形 パラメータ

長方形(4隅を指定)

OutFileName Rect   blx bly brx bry trx try tlx tly

長方形(中心と大きさの指定)

OutFileName Rect2  centerx centery width height 

中心と半径の指定

OutFileName Circle centerx centery radius

実行例

------入力ファイルの画像------

Input-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.357
119.241

1.49051

ノイズを加えたものを使用
  ------>
Inputnoise.r1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
95.3804
123.024

1.51882

------Infomationファイルの内容------

ファイル形式1: OutFileName Rect blx bly brx bry trx try tlx tly

※長方形の座標を指定
inputnoise-0000.roi Rect 6 6 26 6 26 26 6 26
inputnoise-0001.roi Rect 20 6 40 6 40 26 20 26
inputnoise-0002.roi Rect 40 6 60 6 60 26 40 26
inputnoise-0003.roi Rect 54 6 74 6 74 26 54 26
inputnoise-0004.roi Rect 6 20 26 20 26 40 6 40
inputnoise-0005.roi Rect 20 20 40 20 40 40 20 40
inputnoise-0006.roi Rect 40 20 60 20 60 40 40 40
inputnoise-0007.roi Rect 54 20 74 20 74 40 54 40
inputnoise-0008.roi Rect 6 40 26 40 26 60 6 60
inputnoise-0009.roi Rect 20 40 40 40 40 60 20 60
inputnoise-0010.roi Rect 40 40 60 40 60 60 40 60
inputnoise-0011.roi Rect 54 40 74 40 74 60 54 60
inputnoise-0012.roi Rect 6 54 26 54 26 74 6 74
inputnoise-0013.roi Rect 20 54 40 54 40 74 20 74
inputnoise-0014.roi Rect 40 54 60 54 60 74 40 74
inputnoise-0015.roi Rect 54 54 74 54 74 74 54 74

ファイル形式2: OutFileName Rect2 centerx centery width height

※画像の中心の座標、幅・高さを指定

Infomation2-mrcImageROIs.png

------オプション必須項目のみの場合の出力結果画像------

Infomationファイルタイプ:Rect

Infomationファイルの数分、画像が出力される
Inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png
Inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png

Infomationファイルタイプ:Rect2

Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

------オプション -oを使用------

Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------オプション -Sを使用------

Infomationファイルの15番を表示

-S=3の時
Inputnoise-0015-S3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
99.9307
124.111

2.03461

-S=5の時
Inputnoise-0015-S5.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
82.7682
119.056

1.17877

------オプション -width,-heightを使用------

-width=10,-height=10に設定

Inputnoise-0015-w10h10.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
203.47
101.588

10.1588

-width=50,-height=50に設定

Inputnoise-0015-w50h50.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
84.2792
119.61

2.3922

------モード1:0~2での処理------

Infomationファイル:Rectで実行

モード:0
Inputnoise.r1.M0-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

165
99.2579
54.0903

0.575951

モード:1
Inputnoise-r1.M1-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

65445
25411.9
31831.5

338.94

モード:2
Inputnoise.r1.out-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927

160.828
-9.74867e-07
111.57

1.18799

------モード2:0~2での処理------

Infomationファイル:Rect2で実行

モード:0
Inputnoise1-0000-m0.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.696
125.405
2.92352

196321

モード:1
Inputnoise1-0000-m1.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

255
106.881
105.188
2.4522

196661

モード:2
Inputnoise1-0000-m2.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-65.1789

323.14
106.754
121.757
2.83848

196428

モード:3
Inputnoise1-0000-m3.roi-mrcImageROIs.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

-13045.1

399922
81934.6
82047.6
1912.75

1.5076e+08


参考文献