mrcImageShapeSearch

mrcImageShapeSearchとは、三次元画像の中から円筒や円盤、球などの物体を探索するためのEosのコマンドである。入力画像は2値像が基本となっています。

オプション一覧

メインオプション

　　　　　

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-o	必須	出力ファイル(指定した形の可能性を示す): mrcImage	NULL
-Shape	必須	出力ファイル（可能性の高い形0/1/2）: mrcImage	NULL
-n	選択	対象とする物体の大きさ(pixel)	0
-Refine	選択	形状の詳細チェック（まだ完全に対応出来ていない、バージョンアップ中）
-r	選択	Radius[pixel]: (minR, maxR)	(3, 5)
-l	選択	Length[pixel]: (minL. maxL)	(3, 5)
-Phi	選択	around z-axis[degree]: (minPhi, maxPhi, delPhi)	(0.0, 359.0, 1.0)
-Theta	選択	around x-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta)	(0.0, 359.0, 1.0)
-Psi	選択	around y-axis[degree]: (minTheta, maxTheta, delTheta)	(0.0, 359.0, 1.0)
-thres[Zcore]i	選択	Zscore	1.0
-interp	選択	補間モード	0(最近傍)
-OVBILD	選択	BILD形式の矢印(chimeraで対応)のファイル名	NULL
-OV	選択	ベクトル情報のMRCファイル（.0, .1, .2として３つ出力される）	NULL
-arrow	選択	BILD形式の矢印(chimeraで対応)の形	0.1 0.4 0.75
-zoom	選択	BILD形式の矢印(chimeraで対応)の大きさ	1.0
-arrowColorDisk	選択	BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Disk)	0.0 1.0 0.0
-arrowColorDisk	選択	BILD形式の矢印(chimeraで対応)の色(Sylinder)	1.0 0.0 0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	Cylinder with radius and length
1	Disk with radius and length
2	Sphere with radius

実行例

make Testによりテストされた結果を示します。

9x9x9のボクセルの中で、ディスク（１）か、シリンダー（０）か、球（２）かを見分けていきます。ディスクは法線ベクトル、シリンダーは方向ベクトルを示すベクトルデータがでてきます。

mrcImageShapeSearch -i data/test-sylinder.bin -o data/test-sylinder.syl -Shape data/test-sylinder.shape0 -n 9 -r 3 5 1 -l 5 5 1 -Phi 0 359 45 -Theta  0 179 45 -Psi 0 0 90 -m 0 -thres 0.5 -OVBILD data/test-sylinder.sylvec.bild  -OV data/test-sylinder.sylvec

入力		入力画像のシリンダー：等高面表示になっています。
形状		形状データ：赤：シリンダー、緑：ディスク
ベクトル		ベクトルデータ：赤：シリンダーの方向ベクトル、緑：ディスクの法線ベクトル