mrcImageSmoothing

mrcImageSmoothingとはmrcImage形式の画像を非線形平滑化するためのEosのコマンドである。 現在、こちらのコマンドで対応している平滑化フィルタは次の通りである。

• メジアンフィルタ（指定した範囲の中央値）
• 平均値フィルタ（指定した範囲の平均値）
• ２次曲面フィット
• Lee-Sigmaフィルタ
• 局所重み付き平均
• エッジ・線構造重み付き平滑化
• コントラスト依存型重み付き平滑化
• 勾配逆数重み付き平滑化

関連したツールとして、mrcImageLowPassFilterやmrcImageBilateralFilterなどがある。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル名: mrcImage	NULL
-o	選択	出力ファイル名: mrcImage	stdout(設定しなければ標準出力）
-sx	選択	カーネルサイズのx	3
-sy	選択	カーネルサイズのy	3
-sz	選択	カーネルサイズのz	3
-r	選択	カーネルサイズの半径	1
-sigma	選択	Sigma (m=4で使用)	2.0
-times	選択	Repeat time	1
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-M	選択	モード2を設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-m の詳細

モード	説明
1	メジアンフィルタ（指定した範囲の中央値）
2	平均値フィルタ（指定した範囲の平均値）
3	２次曲面フィット
4	Lee-Sigmaフィルタ
5	局所重み付き平均
6	エッジ・線構造重み付き平滑化
7	コントラスト依存型重み付き平滑化
8	勾配逆数重み付き平滑化

※モード１はデフォルト＝０になっているが、モード１の選択肢に
０は無いので、指定しなければエラーとなる。

-M の詳細

モード	説明
0	矩形: -sx, -sy, [-sz]の入力が必要
1	球体(m=1のみ対応): -rの入力が必要

実行例

-h によるヘルプの例

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
   1: Median filter
   2: Mean filter 
   3: Surface Fit filter
   4: Lee-Sigma filter(Use sigma)
   5: Local weighted mean filter
   6: Edge and line weights smoothing filter(3x3)
   7: Contrast-sensitiveline weights smoothing filter(3x3:Use sigma)
   8: Gradient inverse weighted smoothing filter(3x3)
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-65.0178 94.4699 4.85274 20.4635 0.255794

モード１の1～3での処理画像

モード１：1

	最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-41.8721 65.9659 4.7617 14.3083 0.178854	モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞		最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 54.0815 4.773 13.5848 0.16981
			モード２：1を選択 -r=5に変更 　　－－－－－－＞		最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差	-54.6403 55.7056 4.73966 13.9823 0.174779

モード１：2

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-41.8721 67.5276 4.82079 13.8056 0.17257

モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-54.6403 54.0644 4.89358 13.5214 0.169018

モード１：3

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-41.8721 83.4967 4.85411 17.5032 0.21879

モード２：0を選択 -sx=9,-sy=9に変更 　　－－－－－－＞

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-54.6403 56.99 4.87303 14.4517 0.180646