mrcImageSmoothing

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mrcImageSmoothingとはmrcImage形式の画像を非線形平滑化するためのEosコマンドである。 現在、こちらのコマンドで対応している平滑化フィルタは次の通りである。

  • メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値)
  • 平均値フィルタ(指定した範囲の平均値)
  • 2次曲面フィット
  • Lee-Sigmaフィルタ
  • 局所重み付き平均
  • エッジ・線構造重み付き平滑化
  • コントラスト依存型重み付き平滑化
  • 勾配逆数重み付き平滑化

関連したツールとして、mrcImageLowPassFiltermrcImageBilateralFilterなどがある。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル名: mrcImage stdout(設定しなければ標準出力)
-sx 選択 カーネルサイズのx 3
-sy 選択 カーネルサイズのy 3
-sz 選択 カーネルサイズのz 3
-r 選択 カーネルサイズの半径 1
-sigma 選択 Sigma (m=4で使用) 2.0
-times 選択 Repeat time 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
1 メジアンフィルタ(指定した範囲の中央値)
2 平均値フィルタ(指定した範囲の平均値)
3 2次曲面フィット
4 Lee-Sigmaフィルタ
5 局所重み付き平均
6 エッジ・線構造重み付き平滑化
7 コントラスト依存型重み付き平滑化
8 勾配逆数重み付き平滑化
※モード1はデフォルト=0になっているが、モード1の選択肢に
0は無いので、指定しなければエラーとなる。


-M の詳細

モード 説明
0 矩形: -sx, -sy, [-sz]の入力が必要
1 球体(m=1のみ対応): -rの入力が必要

実行例

-h によるヘルプの例

$ mrcImageSmoothing  -h
Usage: /home/people/tacyas/Eos/bin/X86LINUX64/mrcImageSmoothing
Options:
    [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
    [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
    [-sx                 sx                  (3         )] :Optional  :x of Kernel Size
    [-sy                 sy                  (3         )] :Optional  :y of Kernel Size
    [-sz                 sz                  (3         )] :Optional  :z of Kernel Size
    [-r                  r                   (1         )] :Optional  :Radius of Kernel Size
    [-sigma              sigma               (2.0       )] :Optional  :Sigma for Lee-Sigma
    [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
    [-M[ode2]            mode2               (0         )] :Optional  :Mode
    [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
>>> Mode <<<< 
   1: Median filter
   2: Mean filter 
   3: Surface Fit filter
   4: Lee-Sigma filter(Use sigma)
   5: Local weighted mean filter
   6: Edge and line weights smoothing filter(3x3)
   7: Contrast-sensitiveline weights smoothing filter(3x3:Use sigma)
   8: Gradient inverse weighted smoothing filter(3x3)
>>> Mode2 <<<< 
    0: Kernel is cube. : required argumnent: -sx, -sy, [-sz]
    1: Kernel is sphere.(Only mode 1 supported) : required argumnent: -r


入力ファイルの画像

B120.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-65.0178

94.4699
4.85274
20.4635

0.255794


モード1の1~3での処理画像

モード1:1

Smo.m1.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

65.9659
4.7617
14.3083

0.178854

モード2:0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

  ------>
Smo.m1M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0815
4.773
13.5848

0.16981

モード2:1を選択

-r=5に変更

  ------>
Smo.m1M1r5.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

55.7056
4.73966
13.9823

0.174779


モード1:2

Smo.m2.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

67.5276
4.82079
13.8056

0.17257

モード2:0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

  ------>
Smo.m2M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

54.0644
4.89358
13.5214

0.169018


モード1:3

Smo.m3.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-41.8721

83.4967
4.85411
17.5032

0.21879

モード2:0を選択

-sx=9,-sy=9に変更

  ------>
Smo.m3M0x9y9.center-mrcImageSmoothing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-54.6403

56.99
4.87303
14.4517

0.180646