mrcImageSolventFlattening

mrcImageSolventFlatteningとは溶液と考えられる部分の平滑化を行うEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-o	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-rmax	選択	rmax [A]	190
-sd	選択	Assign voxels below MeanOfSolvent+Range*SDofSolvent as Solvent	0
-density	選択	溶液の平均密度(下回る値を補正する)	0
-Floating	選択	データから溶液の平均密度を引く
-oparam	選択	出力: パラメータ	stdout
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定(-densityの方が優先される)	0
-h	選択	ヘルプを表示

-SD range : assign the voxels whose density is less than maen + range*SD as solvent range

モードの詳細

モード	説明
0	mean of all density
1	mean of sphere surface density at rmax
2	mean of cylinder surface density at rmax
6	mean of 2D Edge X=0 or N.x-1

実行例

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (41, 10, 0) 255 (42, 36, 0) 111.211 32.7239 0.409049

m=1で使用する 入力ファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21) 4032.8 (49, 53, 30) 12.0338 475.034 0.48225

m=2で使用する 入力ファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79) 1.52145 (47, 41, 47) 0.00295664 0.0916201 0.000132783

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

111 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) 123.826 21.2012 0.265015

-oparam のデータ

Mean: 111.211
SD: 32.7239

オプション　-sd

sd=1で実行

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

143 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) 146.528 11.5143 0.143928

-oparam のデータ

Mean: 111.211
SD: 32.7239

オプション　-density

density=64で実行

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

64 (8, 0, 0) 255 (42, 36, 0) 111.86 31.5489 0.394361

-oparam のデータ

Mean: 64
SD: 0

オプション　-Floating

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 143 (42, 36, 0) 12.3614 20.8806 0.261008

-oparam のデータ

Mean: 111.211
SD: 32.7239

オプション　-m

m=1で実行

その他のオプションなし

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

5.93088 (2, 0, 0) 4032.8 (49, 53, 30) 195.824 288.816 0.293204

-oparam のデータ

rmax from caliculate:49.000000
meanOfSphereSurface 5.93088 at rmax 49[A]
Mean: 5.93088
SD: 391.086

rmax=10で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

334.514 (0, 0, 0) 4032.8 (49, 53, 30) 404.478 184.129 0.186926

-oparam のデータ

rmax from option:10.000000
meanOfSphereSurface 334.514 at rmax 10[A]
Mean: 334.514
SD: 673.352

m=2で実行

その他のオプションなし

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0.00126069 (0, 0, 0) 1.52145 (47, 41, 47) 0.0323659 0.0689534 9.99325e-05

-oparam のデータ

rmax from caliculate:340.000000
meanOfCylinderSurface 0.00126069 at rmax 340[A]
Mean: 0.00126069
SD: 0.065755

rmax=100で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0.000652629 (0, 0, 0) 1.52145 (47, 41, 47) 0.0320589 0.0690925 0.000100134

-oparam のデータ

rmax from option:100.000000
meanOfCylinderSurface 0.000652629 at rmax 100[A]
Mean: 0.000652629
SD: 0.0645217

m=6で実行

-o の画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

102 (0, 0, 0) 255 (42, 36, 0) 119.567 24.0291 0.300364

-oparam のデータ

Mean: 102.875
SD: 24.7022