mrcImageSuperResolution

mrcImageSuperResolutionとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-I	必須	入力ファイル: Original	NULL
-i	必須	入力ファイル: Previous	NULL
-ic	選択	入力ファイル: CounterforWeight FourierSpace	NULL
-o	必須	出力ファイル: Next	NULL
-t	選択	Number of time: Iteration(実空間)	1
-fromp1	選択	First value near origin of coordinates (x00[pixel], y00[pixel], z00[pixel])	(0, 0, 0)
-top1	選択	target value ( x01[pixel], y01[pixel], z01[pixel])	(2, 2, 2)
-fromp2	選択	First value far from origin of coordinates (x10[pixel], y10[pixel], z10[pixel])	(0, 0, 0)
-top2	選択	target value (x11[pixel], y11[pixel], z11[pixel])	(0, 0, 0)
-LabelingMode	選択	LabelingMode	0
-max	選択	密度の最大値: Support Constraint()	800
-min	選択	密度の最小値: Support Constraint()	200
-sh	選択	形状	0
-hvp	選択	Half value point(/[A])	0.0
-Inverse	選択	Inverse
-nM	選択	Number of Molecule	1
-M	選択	MolecularWeight	80000
-D	選択	密度: (g/cm3)	1.35
-counter	選択	Counter(フーリエ空間)	3.0
-dDensity	選択	Delta (Convergence)	100.0
-dArea	選択	Area(Convergence)	100.0
-sub	選択	減算(Convergence)	0.2
-ratio	選択	比率(Convergence)	0.3
-tmax	選択	最大時間(Convergence)	1000
-wd	選択	WeightDelta(フーリエ空間)	0.1
-wm	選択	WeightMax(フーリエ空間)	2
-Subtraction	選択	減算(実空間)
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	必須	RealSpaceCalculating	0
-h	選択	ヘルプを表示

-Inverse
If high density means the location of protein, -Inverse is required for volume calculation.
-wm and -wd
weight = counter / (weightmax + counter)
weightmax -> 0 (weightdelt by weightdelta) 
-Subtraction
Real Space Constraint for desolving edge problem

モードの詳細

モード	説明	513	514	515	673	672	675	736	737	742	517	518	519	534	257	258	259
+1	AreaAndLocation	◯		◯	◯		◯		◯		◯		◯		◯		◯
+2	Density		◯	◯			◯			◯		◯	◯	◯		◯	◯
+4	Convergence(Option)									◯	◯	◯	◯	◯
+16	NonnegativeMode(before RealSpaceConstraint)													◯
+32	Binarization(before RealSpaceConstraint)				◯	◯	◯	◯	◯	◯
+64	Labeling							◯	◯	◯
+128	SixOrientation				◯	◯	◯	◯	◯	◯
+256	LowpassfilterMode(-hvp is required)														◯	◯	◯
+512	CounterMode(-ic is required)	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯	◯

上記のモードの組み合わせで使用する

-LabelinMode の詳細

モード	説明
0	TheLargestLabelingSearch
1	SomeVolumeLabelingSearch

-sh の詳細

モード	説明
0	矩形
1	球体

実行例

入力ファイルの画像

-Iのファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) 7212.9 8827.15 110.339

-iのファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) 7214.87 10067.6 125.845

-icのファイルの画像(m=+512にて使用する)

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

18.4637 (75, 36, 0) 577032 (0, 0, 0) 3573.53 13475.7 168.446

オプション　-m

m=257, hvp=0.6で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-8991.5 (62, 67, 0) 45836.1 (18, 41, 0) 7214.87 9093.88 113.673

m=258, hvp=0.6で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-8601.65 (53, 3, 0) 53186.7 (24, 39, 0) 7214.87 9760.69 122.009

m=259, hvp=0.6で実行

その他のオプションなし

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-8999.82 (62, 67, 0) 45839 (18, 41, 0) 7214.87 9093.6 113.67

t=100で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-7536.4 (62, 67, 0) 45966.4 (18, 41, 0) 7214.87 9105.49 113.819

top1=(20, 20, 0), tpo2=(60, 60, 0)で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-15758.5 (56, 22, 0) 52052.5 (24, 39, 0) 7214.87 9421.67 117.771

m=513で実行

他のオプション設定なし

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-19348.5 (10, 1, 0) 53392.6 (24, 39, 0) 7214.87 10054.2 125.678

counter=3000で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-22031.6 (0, 0, 0) 48805.4 (24, 39, 0) 7214.87 9538.88 119.236

以降、counter=3000で実行

m=514で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-15917 (10, 1, 0) 52659.8 (24, 39, 0) 7214.87 9915.95 123.949

m=515で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-20273.1 (0, 0, 0) 48844.2 (24, 39, 0) 7214.87 9539.42 119.243

m=736で実行

その他のオプション設定なし

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-15814.1 (10, 1, 0) 52224.5 (24, 39, 0) 7214.87 9877.61 123.47

LabelingMode=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-19306.2 (10, 1, 0) 52834.2 (24, 39, 0) 7214.87 9993.85 124.923