mrcImageSymmetryFind

mrcImageSymmetryFindとは、対称性を見出すためのEosのコマンドである。現在は、回転対称性を中心にチェックできるようになっています。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-o	選択	出力ファイル: mrcImage	NULL
-O	選択	出力: ASCII(Symmetry Infomation)	stdout
-A	選択	出力: mrcImage(Average)	NULL
-centreMode	選択	centreMode	1
-t1	選択	Threshold of CheckByAdd	1.8
-t2	選択	Threshold in deciding the symmetry number	0.9
-m1	選択	Mode of Check	3
-m2	選択	Mode of Substruction	2
-dr	選択	Delta r of outputfile.	1
-dtheta	選択	Delta theta of outputfile. [degree]	1
-n	選択	Check to the number	10
-nRange	選択	Checkto the number: (nmin, nmax)	(2, 10)
-In	選択	入力ファイル: (Image, Back)	(NULL, NULL)
-rangex	選択	入力: (minx, maxx, delx)	(-3, 3, 1)
-rangey	選択	入力: (miny, maxy, dely)	(-3, 3, 1)
-rangez	選択	入力: (minz, maxz, delz)	(0, 0, 1)
-rrange	選択	入力: (rmin, rmax)：特定の領域のみを利用する(単位：オングストローム）	0, -1（全範囲）
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-h	選択	ヘルプを表示

-centreMode の詳細

モード	説明
0	Centre is GC (gravity of centre)
1	Centre is Rotational Symmetry

-m1 の詳細

モード	説明
1	Check by Add
2	Check by Correlation
4	Check by Fourier
8	Check by TTest
16	Check by SRP

-m2 の詳細

モード	説明
0	No Subtraction
1	Mean Subtraction
2	Min Subtraction

-In のフォーマット

Image, Backのフォーマット

mrcファイル1
mrcファイル2
.
.

実行例

入力ファイルを使ったデータ

１０回対称から１６回対称までを探索、中心は重心として探索、ADDアルゴリズムを利用、平均値を引き算し、thresholdとして1.5（1.5-2.0 となる範囲を指定）の和（正は正、負は負）で指定されている。

$ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5

入力ファイル
平均化ファイル（最大：１３回転対称）

10 -> value: 9831.000000 point: 93.026115
11 -> value: 10386.000000 point: 98.277817
12 -> value: 9944.000000 point: 94.095383
13 -> value: 10568.000000 point: 100.000000
14 -> value: 10317.000000 point: 97.624908
15 -> value: 9243.000000 point: 87.462151
16 -> value: 10196.000000 point: 96.479942
Symmetry number 13.(Check by add, MeanSubtraction)
Centre: 122.000000 139.000000 0.000000

入力ファイルの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

65535 (14, 1, 0)
24950.9
31821.5

776.135

オプション必須項目のみの場合

出力結果

 2 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 3 -> value: 0.000000 point: 0.000000
 4 -> value: 3.000000 point: 100.000000
 5 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 6 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 7 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 8 -> value: 0.000000 point: 0.000000
 9 -> value: 1.000000 point: 33.333332
10 -> value: 0.000000 point: 0.000000
Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)
 2 -> value: 0.754960 point: 25.118885
 3 -> value: 0.747752 point: 5.859963
 4 -> value: 0.782986 point: 100.000000
 5 -> value: 0.754746 point: 24.546839
 6 -> value: 0.757313 point: 31.407404
 7 -> value: 0.745559 point: 0.000000
 8 -> value: 0.776130 point: 81.683868
 9 -> value: 0.751637 point: 16.241667
10 -> value: 0.744289 point: -3.392937
Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)

-o をmrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 1 
1 0 0.748045 
2 0 0.757302 
3 0 0.777038 
4 0 0.751623 
5 0 0.751097 
6 0 0.751701 
7 0 0.750209 
8 0 0.744015 
9 0 0.775344 

-中略-

350 0 0.745883 
351 0 0.775344 
352 0 0.744015 
353 0 0.750209 
354 0 0.751701 
355 0 0.751097 
356 0 0.751623 
357 0 0.777038 
358 0 0.757302 
359 0 0.748045

-A の画像

最小