mrcImageToNAMDConstantForces

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mrcImageToNAMDConstantForcesとは3次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施すEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-ip 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力: PDB with Constant Force stdout
-w 選択 入力: Weight for Constant Force 1.0
-s 選択 入力: Scaling Factor for Constant Force 1.0
-C 選択 入力: Contour[if density>Contour, force=0] 0.0
-R 選択 入力: RotateMode 0
-RW 選択 入力: RotateWeight 0.1
-S 選択 入力: Seed 0.0
-nowat 選択 No force for WAT (water residue)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
More Density is lower potential.


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageTrans.png
xy平面

Input1-mrcImageTrans.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (49, 53, 30)
11.0585
118.123

0.118123


Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageToNAMDConstantForces.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

3.329278e+01 4.215719e+01 4.546610e+01

1.405992e+03

1199.81 1200.39 1195.50