mrcImageUnexpectedMassFromPDB

mrcImageUnexpectedMassFromPDBとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-p	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-T	必須	閾値	0.0
-D	必須	AssignedData	0.0
-M	選択	AtomMode	1
-r	選択	半径(M=2, 3で使用)	3.4
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-m の詳細

モード	説明
0	Origin is BottomLeft.
1	Origin is Center.(Helix)
2	Origin is Center.(3D Single)
3	Origin is shown by StartN.
16	MaxIsProtein : Default: MinIsProtein

-M の詳細

モード	説明
0	Nearest Voxel -> Data
1	Nearest and 6-linked voxel -> Data
2	Specified spheres(Outside) -> Data
3	Inside of Specified spheres -> Data
	Outside of Specified spheres -> Data

実行例

入力ファイルの画像

-iのファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 213.171 1416 2.67599

-pのファイルの詳細

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 40.92 41.49 48.47

オプション必須項目のみの場合

T=3000 ,D=3000で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 320.702 1506.71 2.84741

以降、T=3000, D=3000で実行

オプション　-M

M=0で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 260.067 1457.24 2.75393

M=2で実行

その他のオプション設定なし

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 322.335 1508.01 2.84988

r=10で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 461.211 1602.49 3.02843

M=3で実行

その他のオプション設定なし

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 213.171 1416 2.67599

r=20で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 275.206 1469.99 2.77802

オプション　-m

m=1で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 313.849 1504.75 2.84371

m=2で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 321.106 1507.05 2.84806

m=3で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 320.731 1506.76 2.8475

m=16で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 213.141 1415.95 2.67589