mrcImagepdbFileReduce

mrcImagepdbFileReduceとはPDBから期待される密度を減算するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-p	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-t	必須	閾値	0
-r	選択	原子半径	1
-v	選択	PDBファイルのピクセル値	0
-IT	選択	Threshold for interface recognition	0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

-iのファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 213.171 1416 2.67599

-pのファイルの詳細

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 40.92 41.49 48.47

オプション必須項目のみの場合

t=10000で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 102.239 1187.54 2.24424

以降、t=10000

オプション　-r

r=70で実行

その他のオプション設定なし

出力結果

3A 
4A 
5A 
6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
11A 
12A 

-中略-

1691A 
1693A 
1695A 
1696A 
1697A 
1698A 
1699A 
1700A 
1703A 
1704A 

-o の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 20982.9 (33, 29, 34) 72.6667 1003.8 1.897

ITh=20000で実行

出力結果

6A 
7A 
8A 
9A 
10A 
14A 
20A 
22A 
23A 
24A 
1231A 
1242A 
1344A 
1360A 
1361A 
1540A 
1553A 
1616A 
1663A 

-o の画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 20982.9 (33, 29, 34) 72.6667 1003.8 1.897

オプション　-v

v=10000で実行

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

10000 (0, 0, 0) 21001.7 (30, 26, 27) 10026.6 362.839 0.685702