mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
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mrcSinogramFETcalcSDforNormalizeとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(FET) | NULL |
-s | 選択 | selectFETfile | 1 |
-l | 必須 | SDlibraryFile: mrcImage | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(SD) | NULL |
-ow | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(Weight) | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | SDlibraryFileから読み出して-o, -owへ出力する(必須オプション: -l) |
1 | SDlibraryFileを上書きする(必須オプション: -s, -i, -l) |
SDlibraryFileはarray2mrcにて作成できる(サイズ: x=(特徴量の数 + 1), y=6(-ow を使用する場合はy=8), z=0, データ: 全て0.0)
-s の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | noise-free refarence FETdata |
1 | no-smoothing FET data |
それ以外 | smoothed FET data |
実行例
入力ファイルのデータ
-i で使用するファイル
ファイル2: ファイル1を平滑化したデータ
ファイル3: ファイル1を平滑化したデータ
-l で使用するファイル
ファイル4: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ファイル5: mrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 1 0.0402937 -0.000261387 2.38748 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 1 0.0401005 -0.000252081 2.39499 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 1 37006.6 23393.5 24685.6 1 4.11992e-05 0.0337029 0.0439789 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982
オプション必須項目のみの場合
-l: ファイル5を使用して実行
-o のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
2.06095e+08 1.49409e+08 2.0163e+08
-ow のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 2.24369e-10 2.17289e-10
オプション -m
m=1で実行
-l: ファイル4を使用して実行
s=0で実行
-i: ファイル0を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4.11992e-05 0.0337029 0.0439789 1 0.0440661 -0.00141426 2.35982
s=1で実行
-i: ファイル1を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2.88663e+08 2.28348e+08 2.43567e+08 1 37006.6 23393.5 24685.6 0 0 0 0 0 0 0 0
s=2で実行
-i: ファイル2を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
0 0 0 0 0 0 0 0 1 5.77048e-05 0.0515095 0.053126 1 0.0401005 -0.000252081 2.39499 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
s=3で実行
-i: ファイル3を使用して実行
-l のデータをmrcImageMakeDump(m=8)で見た場合
1 6.10919e-05 0.0512343 0.0529243 1 0.0402937 -0.000261387 2.38748 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0