pdbRhoFit

pdbRhoFitとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-ipdb	必須	入力ファイル: PDB (原子モデル)	NULL
-imrc	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-omrc	必須	出力ファイル: mrcImage	NULL
-otxt	選択	出力ファイル: ASCII	NULL
-opar	選択	出力ファイル: ASCII(パラメータ)	stdout
-opdb	選択	出力ファイル: PDB	NULL
-xmin	選択	xの最小	0
-xmax	選択	xの最大	0
-xd	選択	xの間隔	1
-ymin	選択	yの最小	0
-ymax	選択	yの最大	0
-yd	選択	yの間隔	1
-zmin	選択	zの最小	0
-zmax	選択	zの最大	82
-zd	選択	zの間隔	1
-EA	選択	オイラー角の回転モード	ZOYS
-phimin	選択	phiの最小: [degree]	0
-phimax	選択	phiの最大: [degree]	194
-phid	選択	phiの間隔: [degree]	2
-psimin	選択	psiの最小: [degree]	0
-psimax	選択	psiの最大: [degree]	0
-psid	選択	psiの間隔: [degree]	2
-thetamin	選択	thetaの最小: [degree]	0
-thetamax	選択	thetaの最大: [degree]	0
-thetad	選択	thetaの間隔: [degree]	2
-nw	選択	weight for normalize	100000000.0
-nC	選択	Contour Level for Normalize	0.0
-I	選択	黒を高密度とする
-Zminus	選択	Shift to -z
-Tlim	選択	The atom will be neglected	60
-Centre	選択	Filament-axis is x=0, y=0
-C	選択	可変入力: コンターレベル	0.0 ...
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opar   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード	説明
0	輪郭内の原子数をカウントする
1	原子の密度を加える

実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 5 (34, 41, 36) 0.00471829 0.0933498 0.000162869

オプション　-C

C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 9.389075e+01 3.286630e+01 26.73 23.32 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1484 (94, 15, 0) 227.582 415.63 2.66069

オプション　-xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=10, xd=1, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.041704e+01 1.983455e+01 9.389075e+01 3.286621e+01 25.81 23.64 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (1, 0, 1) 1547 (1, 43, 0) 231.931 425.602 2.72453

オプション　-ymin, -ymax, -yd

ymin=10, ymax=20, yd=2, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.475229e+02 2.818824e+01 9.389075e+01 3.286666e+01 23.76 25.30 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (1, 0, 1) 1550 (44, 24, 0) 340.096 555.774 3.55783

オプション　-zmin, -zmax, -zd

zmin=20, zmax=70, zd=2, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 8.189075e+01 3.286630e+01 26.73 23.32 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (1, 0, 1) 1484 (94, 0, 0) 231.435 423.41 4.84285

オプション　-EA

EA=YOYS, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 9.389075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1188 (0, 48, 0) 41.5284 155.065 0.992658

オプション　-phimin, -phimax, -phid

phimin=0, phimax=360, phid=3, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.727132e+01 1.572633e+02 9.389075e+01 3.286635e+01 23.50 26.28 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1465 (62, 15, 0) 210 387.626 2.23316

オプション　-psimin, -psimax, psid

psimin=30, psimax=60, psid=1, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.009141e+01 1.475229e+02 6.392447e+01 3.286696e+01 26.05 23.76 29.27

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (66, 0, 0) 1550 (54, 41, 0) 269.644 502.548 3.2171

オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad

thetamin=90, thetamax=180, thetad=30, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.475229e+02 1.581092e+02 9.018824e+01 3.286666e+01 23.76 28.04 25.30

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (96, 36, 0) 1412 (6, 11, 0) 285.358 511.536 3.27464

オプション　-Centre

Centre, C=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

8.522220e+01 5.908815e+01 1.488908e+02 3.286674e+01 27.86 22.87 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (1, 0, 1) 1550 (0, 0, 0) 457.617 677.76 4.33874

オプション　-m

m=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.471341e+02 1.621267e+02 9.389075e+01 3.286673e+01 27.86 22.87 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 0 (0, 0, 0) 0 0 0

m=1, nC=2で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0 (14, 0, 0) 194626 (0, 0, 0) 566.611 4738.59 30.3344

m=1, nC=2, nw=1000で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0 (14, 0, 0) 1.94626 (0, 0, 0) 0.00566611 0.0473859 0.000303344

オプション　-I

I, m=1で実行

pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (14, 0, 0) 20.01 (0, 0, 0) 0.0582547 0.487186 0.00311876