vector2pdb

vector2pdbとはパラメータ入力からPDBファイルを作成するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-o	選択	出力ファイル: PDB	stdout
-v	選択	入力: ベクトル: (vx, vy, vz)	(1, 0, 0)
-polar	選択	入力: ベクトル[degree]: (phi, theta)	(0, 0)
-polarz	選択	入力: 極座標のz軸: (zx, zy, zz)	(0, 0, 1)
-polarx	選択	入力: 極座標のx軸: (xx, xy, xz)	(1, 0, 0)
-ori	選択	入力: origin: (sx, sy, sz)	(0, 3, 0)
-step	選択	入力: step: [A]	1.6
-n	選択	入力: アルファ炭素数	20
-ID	選択	入力: Chain ID	A
-Res	選択	入力: Chain ID	GLY
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

オプション必須項目のみの場合

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.520000e+01 3.000000e+00 0.000000e+00 1.520000e+01 15.20 0.00 0.00

オプション　-v

v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

4.062400e+00 1.112470e+01 1.218715e+01 1.520002e+01 4.06 8.12 12.19

オプション　-polar

polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

9.308100e+00 8.374000e+00 1.074800e+01 1.520000e+01 9.31 5.37 10.75

オプション　-polarz

polarz=(3, 2, 1), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.377120e+01 9.259950e+00 -1.485850e+00 1.520002e+01 13.77 6.26 1.49

オプション　-polarx

polarx=(1, 2, 3), polar=(30, 45), v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

-1.781550e+00 8.668600e+00 1.399045e+01 1.519999e+01 1.78 5.67 13.99

オプション　-ori

ori=(7, 3, 5), v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

1.106240e+01 1.112470e+01 1.718715e+01 1.520002e+01 4.06 8.12 12.19

オプション　-step

step=3.2, v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

8.124700e+00 1.924945e+01 2.437420e+01 3.039995e+01 8.12 16.25 24.37

オプション　-n

n=30, v=(1, 2, 3)で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.200467e+00 1.540090e+01 1.860140e+01 2.320029e+01 6.20 12.40 18.60