「mrcImageDensityNormalizationByImage」の版間の差分

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'''mrcImageDensityNormalizationByImage'''
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'''mrcImageDensityNormalizationByImage'''とは画像ファイルを基準にして密度を標準化する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
==オプション一覧==
 
==オプション一覧==
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<td>-i</td>
 
<td>-i</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
<td>入力ファイル設定</td>
+
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>-r</td>
 
<td>-r</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
<td>参照ファイル設定</td>
+
<td>参照ファイル設定: [[mrcImage]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
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<td>-o</td>
 
<td>-o</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
+
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
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<td>-O</td>
 
<td>-O</td>
 
<td>選択</td>
 
<td>選択</td>
<td>出力ファイル設定</td>
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]]</td>
 
<td>stdout</td>
 
<td>stdout</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>-D</td>
 
<td>-D</td>
 
<td>選択</td>
 
<td>選択</td>
<td></td>
+
<td>DataList to be used</td>
 
<td>stdout</td>
 
<td>stdout</td>
 
</tr>
 
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<td>-Cylinder</td>
 
<td>-Cylinder</td>
 
<td>選択</td>
 
<td>選択</td>
<td></td>
+
<td>Cylinder Region: (CCenterX, CCenterY, CMinR, CMaxR)</td>
<td>CCenterX=20 CCenterY=20 CMinR=10 CMaxR=20</td>
+
<td>(20, 20, 10, 20)</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
 
<td>-testBG</td>
 
<td>-testBG</td>
 
<td>選択</td>
 
<td>選択</td>
<td></td>
+
<td>SearchRegion: (tstBGMin, tstBGMax, tstBGDelta)</td>
<td>tstBGMin=-3 tstBGMax=3 tstBGDelta=0.1</td>
+
<td>(-3, 3, 0.1)</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
行101: 行101:
 
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<tr>
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
<td></td>
+
<td>Sigma!=1.0</td>
 
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<tr>
 
<tr>
 
<td>2</td>
 
<td>2</td>
<td></td>
+
<td>Stdout</td>
 
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<td>4</td>
 
<td>4</td>
<td></td>
+
<td>Reversed</td>
 
</tr>
 
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<tr>
 
<td>8</td>
 
<td>8</td>
<td></td>
+
<td>Robust Test</td>
 
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<td>[[画像:b120-2.center-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
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<td>[[画像:B120-2.center-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
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<td>[[画像:b120-2.center3-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
+
<td>[[画像:B120-2.center3-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
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最大<br>
 
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<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
+
<td>[[画像:Outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
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===------オプション -O------===
 
===------オプション -O------===
====指定したファイル内に以下のようなデータが作成される====
+
<div>指定したファイル内に以下のようなデータが作成される</div>
[[画像:outdata-1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]
+
[[画像:Outdata-1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]
  
 
===------オプション -D------===
 
===------オプション -D------===
====指定したファイル内に以下のようなデータが作成される====
+
<div>指定したファイル内に以下のようなデータが作成される</div>
[[画像:outdata-D-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]
+
[[画像:Outdata-D-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]
  
 
===------オプション -Cylinder------===
 
===------オプション -Cylinder------===
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<tr>
 
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<td>[[画像:outdata-Cylinder-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
+
<td>[[画像:Outdata-Cylinder-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
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<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
+
<td>[[画像:Outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
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<table>
 
<tr>
 
<tr>
<td>[[画像:outdata-M1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
+
<td>[[画像:Outdata-M1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>

2014年7月24日 (木) 00:54時点における最新版

mrcImageDensityNormalizationByImageとは画像ファイルを基準にして密度を標準化するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 NULL デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-r 必須 参照ファイル設定: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル設定: mrcImage NULL
-O 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-D 選択 DataList to be used stdout
-Cylinder 選択 Cylinder Region: (CCenterX, CCenterY, CMinR, CMaxR) (20, 20, 10, 20)
-testBG 選択 SearchRegion: (tstBGMin, tstBGMax, tstBGDelta) (-3, 3, 0.1)
-M 選択 モード1 0
-m 選択 モード2 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モード1の詳細

モード 説明
0 密度フィッティング法:単線
1 密度フィッティング法:

モード2の詳細

モード 説明
1 Sigma!=1.0
2 Stdout
4 Reversed
8 Robust Test


実行例

------入力ファイルの画像------

B120-2.center-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-65.0178

94.4699
4.85274
20.4635

0.255794

------参照ファイルの画像------

B120-2.center3-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-37.8047

57.1575
2.49049
11.3587

0.141984

------オプション必須項目のみの場合------

Outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-32.2771

47.084
2.49049
10.1827

0.127283

------オプション -O------

指定したファイル内に以下のようなデータが作成される

Outdata-1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

------オプション -D------

指定したファイル内に以下のようなデータが作成される

Outdata-D-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

------オプション -Cylinder------

CCenterX=10 CCenterY=10 CMinR=50 CMaxR=10に変更し実行

Outdata-Cylinder-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-31.6534

47.337
2.95179
10.1351

0.126689

------オプション -M------

モード:0

Outdata-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-32.2771

47.084
2.49049
10.1827

0.127283

モード:1

Outdata-M1-mrcImageDensityNormalizationByImage.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-31.946

46.8266
2.56378
10.1071

0.126339