「mrcRefCorrelation」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(→‎オプション必須項目のみの場合)
 
(同じ利用者による、間の2版が非表示)
行1: 行1:
−
'''mrcRefCorrelation'''とは参照ファイルの相関図を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcRefCorrelation'''とは参照投影像の相関値を算出する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
行85: 行85:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>全ての画像から算出</td>  
+
<td>全ての画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>ランダムにピックアップして算出</td>  
+
<td>ランダムにピックアップした画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>Omega=0,Alpha=0成分のみで算出</td>  
+
<td>Omega=0, Alpha=0の画像との相関</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行126: 行126:
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>z=0は画像情報が格納されている。</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行146: 行147:
 
</table>  
 
</table>  
  
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 1
 +
1 0 0.456042
 +
2 0 0.397887
 +
3 0 0.401696
 +
4 0 0.36812
 +
5 0 0.392998
 +
 +
-中略-
 +
 +
40 2 0.324856
 +
41 2 0.301582
 +
42 2 0.289369
 +
43 2 0.260067
 +
44 2 0.235765
 +
45 2 0.293627
 +
46 2 0.292144
 +
47 2 0.348354
 +
48 2 0.302392
 +
49 2 0.271946
 +
 +
-中略-
 +
 +
320 324 0.370506
 +
321 324 0.358116
 +
322 324 0.353934
 +
323 324 0.389242
 +
324 324 1
 +
</pre>
  
 
===オプション　-M===
 
===オプション　-M===
行152: 行183:
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
175 201 285 278 294 81 107 50 192 238 296 15 111 12 160 167 241 41 174 257
+
289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244
−
71 96 277 264 116 261 8 78 233 58 273 309
+
13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120
 
</pre>
 
</pre>
  
−
<div>出力ファイルの画像</div>
+
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<table>  
+
<pre>
−
<tr>
+
0 0 0.272846
−
<td><p align="center">[[画像:Outdata-M1-mrcRefCorrelation.png]]<br>
+
1 0 0.326312
−
y=0, z=1<br></p>
+
2 0 0.392998
−
</td>
+
3 0 0.341142
−
<td><p align="left">最小<br>
+
4 0 0.341313
−
最大<br>
+
 
−
平均値<br>
+
-中略-
−
標準偏差<br>
+
 
−
標準誤差<br></p>
+
28 0 0.295094
−
</td>
+
29 0 0.303043
−
<td><p align="left">0.286348 (0, 14, 0)<br>
+
30 0 0.36462
−
0.393364 (0, 26, 0)<br>
+
31 0 0.339987
−
0.33098<br>
+
0 1 0.305788
−
0.0300609<br>
+
1 1 0.324972
−
0.00531407<br></p>
+
2 1 0.372525
−
</td>  
+
3 1 0.370551
−
</tr>  
+
 
−
</table>
+
-中略-
 +
 
 +
27 324 0.31806
 +
28 324 0.354882
 +
29 324 0.339153
 +
30 324 0.376581
 +
31 324 0.341636
 +
0 325 288
 +
1 325 30
 +
2 325 5
 +
3 325 203
 +
4 325 319
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
27 325 92
 +
28 325 34
 +
29 325 22
 +
30 325 124
 +
31 325 119
 +
</pre>
 +
 
 +
<div>※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される</div>
  
  
−
====n=100で実行====  
+
====n=5で実行====  
 
<div>出力結果</div>
 
<div>出力結果</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
140 190 268 234 175 233 231 290 303 269 148 15 211 175 239 293 245 158 117 178
+
93 36 239 219 101
−
244 265 303 94 64 96 70 156 28 256 12 209 107 195 31 137 148 75 183 29 113 76 248
+
−
89 143 12 169 312 313 273 100 162 281 292 192 209 210 267 29 280 265 203 62 158
+
−
288 208 213 172 66 285 316 200 185 186 136 90 35 65 316 298 239 261 230 149 285
+
−
252 304 142 34 64 86 97 317 107 150 49 82 154 322 59
+
 
</pre>
 
</pre>
  
−
<div>出力ファイルの画像</div>
+
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<table>
+
<pre>
−
<tr>
+
0 0 0.253142
−
<td><p align="center">[[画像:Outdata-M1n-mrcRefCorrelation.png]]<br>
+
1 0 0.341922
−
y=0, z=1<br></p>  
+
2 0 0.33609
−
</td>  
+
3 0 0.310942
−
<td><p align="left">最小<br>
+
4 0 0.315092
−
最大<br>
+
0 1 0.293338
−
平均値<br>
+
1 1 0.339174
−
標準偏差<br>
+
2 1 0.343336
−
標準誤差<br></p>
+
 
−
</td>
+
-中略-
−
<td><p align="left">0.271516 (0, 39, 0)<br>
+
 
−
0.497358 (0, 68, 0)<br>
+
0 324 0.31806
−
0.334499<br>
+
1 324 0.303364
−
0.0342472<br>
+
2 324 0.365172
−
0.00342472<br></p>
+
3 324 0.347945
−
</td>
+
4 324 0.365746
−
</tr>
+
0 325 92
−
</table>
+
1 325 35
 +
2 325 238
 +
3 325 218
 +
4 325 100
 +
</pre>
  
  
行216: 行269:
 
</pre>
 
</pre>
  
−
<div>出力ファイルの画像</div>
+
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<table>  
+
<pre>
−
<tr>
+
0 0 0.406135
−
<td><p align="center">[[画像:Outdata-M2-mrcRefCorrelation.png]]<br>
+
1 0 0.375089
−
y=0, z=1<br></p>
+
2 0 0.347396
−
</td>
+
3 0 0.351023
−
<td><p align="left">最小<br>
+
4 0 0.327572
−
最大<br>
+
5 0 0.320876
−
平均値<br>
+
6 0 0.298545
−
標準偏差<br>
+
7 0 0.322957
−
標準誤差<br></p>
+
8 0 0.307044
−
</td>
+
9 0 0.293275  
−
<td><p align="left">0.293275 (0, 9, 0)<br>
+
10 0 0.359563
−
0.406869 (0, 12, 0)<br>
+
11 0 0.321653
−
0.341384<br>
+
12 0 0.406869  
−
0.0358905<br>
+
0 1 0.428397
−
0.00995423<br></p>
+
1 1 0.389286
−
</td>
+
2 1 0.338141
−
</tr>
+
 
−
</table>
+
-中略-
 +
 
 +
10 324 0.33418
 +
11 324 0.365259
 +
12 324 0.376797
 +
0 325 132
 +
1 325 137
 +
2 325 142
 +
3 325 147
 +
4 325 152
 +
5 325 157
 +
6 325 162
 +
7 325 167
 +
8 325 172
 +
9 325 177
 +
10 325 182
 +
11 325 187
 +
12 325 192
 +
</pre>
  
  
行285: 行356:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
 +
<div>z=1を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0.706615
 +
1 0 0.625646
 +
2 0 0.535103
 +
3 0 0.539974
 +
4 0 0.542445
 +
 +
-中略-
 +
 +
40 5 0.478981
 +
41 5 0.441631
 +
42 5 0.433964
 +
43 5 0.396314
 +
44 5 0.366595
 +
45 5 0.432156
 +
46 5 0.431352
 +
47 5 0.417774
 +
48 5 0.416638
 +
49 5 0.404879
 +
 +
-中略-
 +
 +
60 65 0.656008
 +
61 65 0.594059
 +
62 65 0.550396
 +
63 65 0.557099
 +
64 65 0.533312
 +
65 65 0.746259
 +
66 65 0.625441
 +
67 65 0.533038
 +
68 65 0.522493
 +
69 65 0.531606
 +
 +
-中略-
 +
 +
320 324 0.492588
 +
321 324 0.526999
 +
322 324 0.537706
 +
323 324 0.568111
 +
324 324 0.708036
 +
</pre>

2014年8月6日 (水) 01:01時点における最新版

mrcRefCorrelationとは参照投影像の相関値を算出するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 参照ファイル: mrcImage (m=1のみ使用) NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-n 選択 ランダムにピックアップする画像数(M=1のみ使用) (入力ファイルのz) / 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モード1 0
-M 選択 モード2 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
0 AutoCorrelation
1 CrossCorrelation

-M の詳細

モード 説明
0 全ての画像との相関
1 ランダムにピックアップした画像との相関
2 Omega=0, Alpha=0の画像との相関


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P1-R-N.png
z=156 〜 170

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-27740.5 (18, 4, 153)
49036.6 (29, 9, 108)
6090.33
9165.21

13.0544


オプション必須項目のみの場合

z=0は画像情報が格納されている。

Outdata-mrcRefCorrelation.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.235765 (44, 2, 0)

1 (0, 0, 0)
0.339868
0.0484346

0.00014903
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 
1 0 0.456042 
2 0 0.397887 
3 0 0.401696 
4 0 0.36812 
5 0 0.392998 

-中略-

40 2 0.324856 
41 2 0.301582 
42 2 0.289369 
43 2 0.260067 
44 2 0.235765 
45 2 0.293627 
46 2 0.292144 
47 2 0.348354 
48 2 0.302392 
49 2 0.271946 

-中略-

320 324 0.370506 
321 324 0.358116 
322 324 0.353934 
323 324 0.389242 
324 324 1

オプション　-M

M=1で実行

その他のオプション設定なし
出力結果
289 31 6 204 320 42 309 261 161 131 115 178 181 109 238 113 250 277 244
13 134 267 63 165 218 220 69 93 35 23 125 120
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.272846 
1 0 0.326312 
2 0 0.392998 
3 0 0.341142 
4 0 0.341313 

-中略-

28 0 0.295094 
29 0 0.303043 
30 0 0.36462 
31 0 0.339987 
0 1 0.305788 
1 1 0.324972 
2 1 0.372525 
3 1 0.370551 

-中略-

27 324 0.31806 
28 324 0.354882 
29 324 0.339153 
30 324 0.376581 
31 324 0.341636 
0 325 288 
1 325 30 
2 325 5 
3 325 203 
4 325 319 

-中略-

27 325 92 
28 325 34 
29 325 22 
30 325 124 
31 325 119
※ データの末尾にはピックアップした画像のNo.が格納される


n=5で実行

出力結果
93 36 239 219 101
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.253142 
1 0 0.341922 
2 0 0.33609 
3 0 0.310942 
4 0 0.315092 
0 1 0.293338 
1 1 0.339174 
2 1 0.343336 

-中略-

0 324 0.31806 
1 324 0.303364 
2 324 0.365172 
3 324 0.347945 
4 324 0.365746 
0 325 92 
1 325 35 
2 325 238 
3 325 218 
4 325 100


M=2で実行

出力結果
133 138 143 148 153 158 163 168 173 178 183 188 193
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.406135 
1 0 0.375089 
2 0 0.347396 
3 0 0.351023 
4 0 0.327572 
5 0 0.320876 
6 0 0.298545 
7 0 0.322957 
8 0 0.307044 
9 0 0.293275 
10 0 0.359563 
11 0 0.321653 
12 0 0.406869 
0 1 0.428397 
1 1 0.389286 
2 1 0.338141 

-中略-

10 324 0.33418 
11 324 0.365259 
12 324 0.376797 
0 325 132 
1 325 137 
2 325 142 
3 325 147 
4 325 152 
5 325 157 
6 325 162 
7 325 167 
8 325 172 
9 325 177 
10 325 182 
11 325 187 
12 325 192


オプション　-m

m=1で実行

Input-121P1-R.png
z=156 〜 170

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-1503.16 (14, 25, 131)
36873.4 (28, 20, 158)
6082.23
6479.76

9.22942
出力ファイルの画像

Outdata-m1-mrcRefCorrelation.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.366595 (44, 5, 0)

0.746259 (65, 65, 0)
0.478463
0.0394641

0.000121428
z=1をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0.706615 
1 0 0.625646 
2 0 0.535103 
3 0 0.539974 
4 0 0.542445 

-中略-

40 5 0.478981 
41 5 0.441631 
42 5 0.433964 
43 5 0.396314 
44 5 0.366595 
45 5 0.432156 
46 5 0.431352 
47 5 0.417774 
48 5 0.416638 
49 5 0.404879 

-中略-

60 65 0.656008 
61 65 0.594059 
62 65 0.550396 
63 65 0.557099 
64 65 0.533312 
65 65 0.746259 
66 65 0.625441 
67 65 0.533038 
68 65 0.522493 
69 65 0.531606 

-中略-

320 324 0.492588 
321 324 0.526999 
322 324 0.537706 
323 324 0.568111 
324 324 0.708036

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcRefCorrelation&oldid=10533」から取得