「mrcRefHeaderCreate」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の6版が非表示)
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−
'''mrcRefHeaderCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcRefHeaderCreate'''とは参照投影像にRefヘッダ情報を付加する[[Eos]]の[[コマンド]]である。このRefヘッダとは[[mrcImage]]形式ファイルのヘッダとは全く別のもので、[[mrcImage]](Ref)のz=0に格納されている情報を指している。
  
  
行26: 行26:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree]): (Omega, Alphaの範囲: 0 - 180)</td>  
+
<td>中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree])</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
<td>(0, 0, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行78: 行78:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-p: Omega, Alphaは 0 または 180付近でなければならない。</div>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行97: 行98:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-121P1-R.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="center">[[画像:Input-121P1-R.png]]<br>
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
z=156 〜 170<br></p>
 +
</td>  
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
行107: 行112:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 62)<br>  
+
<td><p align="left">(        56,        27,        326)<br>
−
15 (8, 0, 0)<br>  
+
mrcFloatImage <br>
−
4.00604<br>  
+
-1503.16 (14, 25, 131)<br>  
−
3.45942<br>  
+
36873.4 (28, 20, 158)<br>  
−
0.0208384<br></p>  
+
6082.23<br>  
 +
6479.76<br>  
 +
9.22942<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 0
 +
1 0 0
 +
2 0 0
 +
3 0 5
 +
4 0 5
 +
5 0 5
 +
6 0 360
 +
7 0 10
 +
8 0 10
 +
9 0 0
 +
10 0 0
 +
11 0 0
 +
12 0 0
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
 +
<div>z=156 〜 170の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
行126: 行159:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>  
+
<td><p align="left">(        56,        27,        327)<br>
−
360 (6, 0, 0)<br>  
+
mrcFloatImage    <br>
−
3.9828<br>  
+
-1503.16 (14, 25, 132)<br>  
−
4.06938<br>  
+
36873.4 (28, 20, 159)<br>  
−
0.0243977<br></p>  
+
6063.63<br>  
 +
6478.56<br>  
 +
9.21358<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
 +
<div>z=0にRefヘッダが加わるので、画像は1つずつずれる</div>
  
 
===オプション　-p===
 
===オプション　-p===
−
====p=(5, 10, 15)で実行====  
+
====p=(11, 12, 13)で実行====  
−
<table>
+
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<tr>
+
<pre>
−
<td>[[画像:Outdata-p-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
0 0 11
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 12
−
最大<br>
+
2 0 13
−
平均値<br>
+
3 0 5
−
標準偏差<br>
+
4 0 5
−
標準誤差<br></p>
+
5 0 5
−
</td>
+
6 0 360
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>
+
7 0 10
−
360 (6, 0, 0)<br>
+
8 0 10
−
3.98388<br>
+
9 0 0
−
4.06987<br>
+
10 0 0  
−
0.0244007<br></p>
+
11 0 0
−
</td>
+
12 0 0
−
</tr>
+
13 0 0
−
</table>
+
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
 
  
 
===オプション　-w===
 
===オプション　-w===
−
====w=(90, 20, 15)で実行====  
+
====w=(20, 30, 40)で実行====  
−
<table>
+
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<tr>
+
<pre>
−
<td>[[画像:Outdata-w-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
0 0 0
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 0
−
最大<br>
+
2 0 0
−
平均値<br>
+
3 0 5
−
標準偏差<br>
+
4 0 5
−
標準誤差<br></p>
+
5 0 5
−
</td>
+
6 0 20
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>
+
7 0 30
−
90 (6, 0, 0)<br>
+
8 0 40
−
3.97364<br>
+
9 0 0
−
3.50438<br>
+
10 0 0  
−
0.0210103<br></p>
+
11 0 0
−
</td>
+
12 0 0
−
</tr>
+
13 0 0
−
</table>
+
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
 
  
 
===オプション　-d===
 
===オプション　-d===
−
====d=(30, 2.5, 2)で実行====  
+
====d=(2, 6, 8)で実行====  
−
<table>
+
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<tr>
+
<pre>
−
<td>[[画像:Outdata-d-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
0 0 0
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 0
−
最大<br>
+
2 0 0
−
平均値<br>
+
3 0 2
−
標準偏差<br>
+
4 0 6
−
標準誤差<br></p>
+
5 0 8
−
</td>
+
6 0 360
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>
+
7 0 10
−
360 (6, 0, 0)<br>
+
8 0 10
−
3.9828<br>
+
9 0 0
−
4.06938<br>
+
10 0 0  
−
0.0243977<br></p>
+
11 0 0
−
</td>
+
12 0 0
−
</tr>
+
13 0 0
−
</table>
+
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>
 +
 
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
−
====m=1で実行====  
+
====m=1で実行====
−
<table>
+
=====その他のオプションなし=====
−
<tr>
+
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
<pre>
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
0 0 0
−
最大<br>
+
1 0 0
−
平均値<br>
+
2 0 0
−
標準偏差<br>
+
3 0 5
−
標準誤差<br></p>
+
4 0 5
−
</td>
+
5 0 5
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>
+
6 0 360
−
5.94969e+07 (12, 0, 0)<br>
+
7 0 10
−
2142.62<br>
+
8 0 10
−
356704<br>
+
9 0 0
−
2138.6<br></p>
+
10 0 26
−
</td>
+
11 0 0
−
</tr>
+
12 0 2.44886e+08
−
</table>
+
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
  
−
====m=1, sy=5, ey=10 で実行====  
+
-以下略-
−
<table>
+
</pre>
−
<tr>
+
 
−
<td>[[画像:Outdata-m1syey-mrcRefHeaderCreate.png]]</td>  
+
 
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
=====sy=7 ,ey=33, refsize=44で実行=====  
−
最大<br>
+
<div>z=0を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
−
平均値<br>
+
<pre>
−
標準偏差<br>
+
0 0 0
−
標準誤差<br></p>
+
1 0 0
−
</td>
+
2 0 0
−
<td><p align="left">-1.12463 (4, 0, 63)<br>
+
3 0 5
−
1.33184e+08 (12, 0, 0)<br>
+
4 0 5
−
4791.33<br>
+
5 0 5
−
798482<br>
+
6 0 360
−
4787.26<br></p>
+
7 0 10
−
</td>
+
8 0 10
−
</tr>
+
9 0 7
−
</table>
+
10 0 33  
 +
11 0 44
 +
12 0 3.72162e+06
 +
13 0 0
 +
14 0 0
 +
15 0 0
 +
 
 +
-以下略-
 +
</pre>

2014年8月6日 (水) 01:40時点における最新版

mrcRefHeaderCreateとは参照投影像にRefヘッダ情報を付加するEosのコマンドである。このRefヘッダとはmrcImage形式ファイルのヘッダとは全く別のもので、mrcImage(Ref)のz=0に格納されている情報を指している。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-p 選択 中心座標:(Phi[degree], Omega[degree], Alpha[degree]) (0, 0, 0)
-w 選択 幅:(Phi[±degree], Omega[±degree], Alpha[±degree]) (360, 10, 10)
-d 選択 間隔:(Phi[z軸周り], Omega[y軸], Alpha[x軸]) (5, 5, 5)
-sy 選択 Start y (m=1のみ使用) 0
-ey 選択 End y (m=1のみ使用, デフォルト: Ny-1) 0
-refsize 選択 参照データのサイズ 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-p: Omega, Alphaは 0 または 180付近でなければならない。

モードの詳細

モード 説明
0
1


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P1-R.png
z=156 〜 170

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 326)

mrcFloatImage
-1503.16 (14, 25, 131)
36873.4 (28, 20, 158)
6082.23
6479.76

9.22942


オプション必須項目のみの場合

z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 360 
7 0 10 
8 0 10 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-
z=156 〜 170の画像
Outdata-mrcRefHeaderCreate.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 56, 27, 327)

mrcFloatImage
-1503.16 (14, 25, 132)
36873.4 (28, 20, 159)
6063.63
6478.56

9.21358
z=0にRefヘッダが加わるので、画像は1つずつずれる

オプション　-p

p=(11, 12, 13)で実行

z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 11 
1 0 12 
2 0 13 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 360 
7 0 10 
8 0 10 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-w

w=(20, 30, 40)で実行

z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 20 
7 0 30 
8 0 40 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-d

d=(2, 6, 8)で実行

z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 2 
4 0 6 
5 0 8 
6 0 360 
7 0 10 
8 0 10 
9 0 0 
10 0 0 
11 0 0 
12 0 0 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


オプション　-m

m=1で実行

その他のオプションなし
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 360 
7 0 10 
8 0 10 
9 0 0 
10 0 26 
11 0 0 
12 0 2.44886e+08 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-


sy=7 ,ey=33, refsize=44で実行
z=0をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 0 
1 0 0 
2 0 0 
3 0 5 
4 0 5 
5 0 5 
6 0 360 
7 0 10 
8 0 10 
9 0 7 
10 0 33 
11 0 44 
12 0 3.72162e+06 
13 0 0 
14 0 0 
15 0 0 

-以下略-

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