「pdbRhoFit」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の11版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-ipdb</td>  
 
<td>-ipdb</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb] (原子モデル)</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]] (原子モデル)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-otxt</td>  
 
<td>-otxt</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: [テキスト]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-opar</td>  
 
<td>-opar</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: [パラメータ]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]](パラメータ)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-opdb</td>  
 
<td>-opdb</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>   
 
</tr>   
行104: 行104:
 
<td>-EA</td>  
 
<td>-EA</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Euler Angle for three-angle</td>  
+
<td>[[オイラー角]]の回転モード</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行170: 行170:
 
<td>-nC</td>  
 
<td>-nC</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>weight for normalize</td>  
+
<td>Contour Level for Normalize</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行199: 行199:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-C</td>  
 
<td>-C</td>  
−
<td>Variable</td>  
+
<td>選択</td>  
−
<td>ContourLevel</td>  
+
<td>[[可変入力]]: コンターレベル</td>  
−
<td>0.0</td>  
+
<td>0.0 ...</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行252: 行252:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>輪郭内の原子をカウントする</td>  
+
<td>輪郭内の原子数をカウントする</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行437: 行437:
 
423.41<br>  
 
423.41<br>  
 
4.84285<br></p>  
 
4.84285<br></p>  
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-EA===
 +
====EA=YOYS, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-EA-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    9.389075e+01<br>
 +
3.286664e+01<br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-EA-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1188 (0, 48, 0)<br>
 +
41.5284<br>
 +
155.065<br>
 +
0.992658<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-phimin, -phimax, -phid===
 +
====phimin=0, phimax=360, phid=3, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-phiminphimaxphid-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.727132e+01    1.572633e+02    9.389075e+01<br>
 +
3.286635e+01<br>
 +
23.50      26.28      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-phiminphimaxphid-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1465 (62, 15, 0)<br>
 +
210<br>
 +
387.626<br>
 +
2.23316<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-psimin, -psimax, psid===
 +
====psimin=30, psimax=60, psid=1, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.009141e+01    1.475229e+02    6.392447e+01<br>
 +
3.286696e+01<br>
 +
26.05      23.76      29.27<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (66, 0, 0)<br>
 +
1550 (54, 41, 0)<br>
 +
269.644<br>
 +
502.548<br>
 +
3.2171<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad===
 +
====thetamin=90, thetamax=180, thetad=30, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.475229e+02    1.581092e+02    9.018824e+01<br>
 +
3.286666e+01<br>
 +
23.76      28.04      25.30<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (96, 36, 0)<br>
 +
1412 (6, 11, 0)<br>
 +
285.358<br>
 +
511.536<br>
 +
3.27464<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Centre===
 +
====Centre, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-Centre-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">8.522220e+01    5.908815e+01    1.488908e+02<br>
 +
3.286674e+01<br>
 +
27.86      22.87      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Centre-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (1, 0, 1)<br>
 +
1550 (0, 0, 0)<br>
 +
457.617<br>
 +
677.76<br>
 +
4.33874<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-m1-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.471341e+02    1.621267e+02    9.389075e+01<br>
 +
3.286673e+01 <br>
 +
27.86      22.87      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-m1-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
0<br>
 +
0<br>
 +
0<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====m=1, nC=2で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-m1nC-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-m1nC-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0 (14, 0, 0)<br>
 +
194626 (0, 0, 0)<br>
 +
566.611<br>
 +
4738.59<br>
 +
30.3344<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
====m=1, nC=2, nw=1000で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-m1nw-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-m1nw-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0 (14, 0, 0)<br>
 +
1.94626 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00566611<br>
 +
0.0473859<br>
 +
0.000303344<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-I===
 +
====I, m=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-I-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-I-pdbRhoFit.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (14, 0, 0)<br>
 +
20.01 (0, 0, 0)<br>
 +
0.0582547<br>
 +
0.487186<br>
 +
0.00311876<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2014年8月8日 (金) 02:48時点における最新版

pdbRhoFitとはEosのコマンドである。


目次

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: PDB (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-opar 選択 出力ファイル: ASCII(パラメータ) stdout
-opdb 選択 出力ファイル: PDB NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角の回転モード ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 Contour Level for Normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C 選択 可変入力: コンターレベル 0.0 ...
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opar   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5 (34, 41, 36)
0.00471829
0.0933498

0.000162869

オプション　-C

C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 9.389075e+01

3.286630e+01

26.73 23.32 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1484 (94, 15, 0)
227.582
415.63

2.66069

オプション　-xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=10, xd=1, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.041704e+01 1.983455e+01 9.389075e+01

3.286621e+01

25.81 23.64 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1547 (1, 43, 0)
231.931
425.602

2.72453

オプション　-ymin, -ymax, -yd

ymin=10, ymax=20, yd=2, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.475229e+02 2.818824e+01 9.389075e+01

3.286666e+01

23.76 25.30 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1550 (44, 24, 0)
340.096
555.774

3.55783

オプション　-zmin, -zmax, -zd

zmin=20, zmax=70, zd=2, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-zminzmaxzd-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.548556e+02 1.552094e+02 8.189075e+01

3.286630e+01

26.73 23.32 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-zminzmaxzd-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1484 (94, 0, 0)
231.435
423.41

4.84285

オプション　-EA

EA=YOYS, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-EA-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 9.389075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-EA-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1188 (0, 48, 0)
41.5284
155.065

0.992658

オプション　-phimin, -phimax, -phid

phimin=0, phimax=360, phid=3, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-phiminphimaxphid-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.727132e+01 1.572633e+02 9.389075e+01

3.286635e+01

23.50 26.28 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-phiminphimaxphid-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1465 (62, 15, 0)
210
387.626

2.23316

オプション　-psimin, -psimax, psid

psimin=30, psimax=60, psid=1, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.009141e+01 1.475229e+02 6.392447e+01

3.286696e+01

26.05 23.76 29.27
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (66, 0, 0)

1550 (54, 41, 0)
269.644
502.548

3.2171

オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad

thetamin=90, thetamax=180, thetad=30, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.475229e+02 1.581092e+02 9.018824e+01

3.286666e+01

23.76 28.04 25.30
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (96, 36, 0)

1412 (6, 11, 0)
285.358
511.536

3.27464

オプション　-Centre

Centre, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Centre-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

8.522220e+01 5.908815e+01 1.488908e+02

3.286674e+01

27.86 22.87 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Centre-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (1, 0, 1)

1550 (0, 0, 0)
457.617
677.76

4.33874

オプション　-m

m=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-m1-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.471341e+02 1.621267e+02 9.389075e+01

3.286673e+01

27.86 22.87 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-m1-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

0 (0, 0, 0)
0
0

0

m=1, nC=2で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-m1nC-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-m1nC-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0 (14, 0, 0)

194626 (0, 0, 0)
566.611
4738.59

30.3344

m=1, nC=2, nw=1000で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-m1nw-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-m1nw-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0 (14, 0, 0)

1.94626 (0, 0, 0)
0.00566611
0.0473859

0.000303344

オプション　-I

I, m=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-I-pdbRhoFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-I-pdbRhoFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (14, 0, 0)

20.01 (0, 0, 0)
0.0582547
0.487186

0.00311876

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