「ctfZeroPoint」の版間の差分

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(→‎メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の3版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-kV</td>  
 
<td>-kV</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>加速電圧[kV]</td>  
+
<td>[[加速電圧]][kV]</td>  
 
<td>200</td>  
 
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>球面収差[mm]</td>  
+
<td>[[球面収差係数]][mm]</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行80: 行80:
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>IlluminationAperture[mrad]</td>  
+
<td>[[照射半角]][mrad]</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行107: 行107:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行137: 行137:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>位相コントラストだけ</td>  
+
<td>位相コントラストのみ</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行147: 行147:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 1        0.038443
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-kV===
 +
====kV=100で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 1        0.031647
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-Cs===
 +
====Cs=5.0で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 1        0.038453
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-df===
 +
====df=20000で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  20000.000000 1        0.044674
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-A===
 +
====A=0.1で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.100000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 1        0.038443
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-N===
 +
====N=2で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 2        0.054377
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-ctfMode===
 +
====ctfMode=1で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 1        0.038136
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1, N=2で実行====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
  27000.000000 2      0.038443      0.054377
 +
</pre>
 +
 +
 +
====m=2で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
      0.000000              1      -1.000000
 +
    2000.000000              1      -1.000000
 +
    4000.000000              1      -1.000000
 +
    6000.000000              1        0.081838
 +
    8000.000000              1        0.070758
 +
  10000.000000              1        0.063241
 +
  12000.000000              1        0.057707
 +
  14000.000000              1        0.053414
 +
  16000.000000              1        0.049956
 +
 +
-中略-
 +
 +
  80000.000000              1        0.022330
 +
  82000.000000              1        0.022056
 +
  84000.000000              1        0.021792
 +
  86000.000000              1        0.021537
 +
  88000.000000              1        0.021291
 +
  90000.000000              1        0.021053
 +
  92000.000000              1        0.020823
 +
  94000.000000              1        0.020600
 +
  96000.000000              1        0.020384
 +
  98000.000000              1        0.020175
 +
  100000.000000              1        0.019972
 +
 +
-中略-
 +
 +
  190000.000000              1        0.014489
 +
  192000.000000              1        0.014414
 +
  194000.000000              1        0.014339
 +
  196000.000000              1        0.014266
 +
  198000.000000              1        0.014194
 +
  200000.000000              1        0.014122
 +
</pre>
 +
 +
 +
=====dfMin=8000, dfMax=100000, deltadf=4000で実行=====
 +
<pre>
 +
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000
 +
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] .........
 +
    8000.000000              1        0.070758
 +
  12000.000000              1        0.057707
 +
  16000.000000              1        0.049956
 +
  20000.000000              1        0.044674
 +
  24000.000000              1        0.040777
 +
  28000.000000              1        0.037750
 +
  32000.000000              1        0.035311
 +
  36000.000000              1        0.033290
 +
  40000.000000              1        0.031581
 +
  44000.000000              1        0.030111
 +
  48000.000000              1        0.028829
 +
  52000.000000              1        0.027698
 +
  56000.000000              1        0.026690
 +
  60000.000000              1        0.025785
 +
  64000.000000              1        0.024966
 +
  68000.000000              1        0.024220
 +
  72000.000000              1        0.023538
 +
  76000.000000              1        0.022910
 +
  80000.000000              1        0.022330
 +
  84000.000000              1        0.021792
 +
  88000.000000              1        0.021291
 +
  92000.000000              1        0.020823
 +
  96000.000000              1        0.020384
 +
  100000.000000              1        0.019972
 +
</pre>

2014年8月21日 (木) 00:14時点における最新版

ctfZeroPointとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-RMax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-dR 選択 空間周波数間隔[/A] 0.0001
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス: [A]:under(+) 27000
-dfMin 選択 デフォーカス最小値: [A] 0
-dfMax 選択 デフォーカス最大値: [A] 200000
-deltadf 選択 デフォーカス間隔[A] 2000
-A 選択 AmplitudeContrast/PhaseContrast 0.05
-N 選択 Ordinal number of zero point 1.0
-Ain 選択 照射半角[mrad] 0.02
-ctfMode 選択 CTFMode 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 One zero point
1 All zero points
2 All zero points along defocus

CTFModeの詳細

モード 説明
0 位相コントラストのみ
1 強度コントラストを加える


実行例

オプション必須項目のみの場合

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038443


オプション　-kV

kV=100で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.031647


オプション　-Cs

Cs=5.0で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038453


オプション　-df

df=20000で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   20000.000000 1        0.044674


オプション　-A

A=0.1で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.100000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038443


オプション　-N

N=2で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 2        0.054377


オプション　-ctfMode

ctfMode=1で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038136


オプション　-m

m=1, N=2で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 2       0.038443       0.054377


m=2で実行

その他のオプション設定なし
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
       0.000000               1       -1.000000
    2000.000000               1       -1.000000
    4000.000000               1       -1.000000
    6000.000000               1        0.081838
    8000.000000               1        0.070758
   10000.000000               1        0.063241
   12000.000000               1        0.057707
   14000.000000               1        0.053414
   16000.000000               1        0.049956

-中略-

   80000.000000               1        0.022330
   82000.000000               1        0.022056
   84000.000000               1        0.021792
   86000.000000               1        0.021537
   88000.000000               1        0.021291
   90000.000000               1        0.021053
   92000.000000               1        0.020823
   94000.000000               1        0.020600
   96000.000000               1        0.020384
   98000.000000               1        0.020175
  100000.000000               1        0.019972

-中略-

  190000.000000               1        0.014489
  192000.000000               1        0.014414
  194000.000000               1        0.014339
  196000.000000               1        0.014266
  198000.000000               1        0.014194
  200000.000000               1        0.014122


dfMin=8000, dfMax=100000, deltadf=4000で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
    8000.000000               1        0.070758
   12000.000000               1        0.057707
   16000.000000               1        0.049956
   20000.000000               1        0.044674
   24000.000000               1        0.040777
   28000.000000               1        0.037750
   32000.000000               1        0.035311
   36000.000000               1        0.033290
   40000.000000               1        0.031581
   44000.000000               1        0.030111
   48000.000000               1        0.028829
   52000.000000               1        0.027698
   56000.000000               1        0.026690
   60000.000000               1        0.025785
   64000.000000               1        0.024966
   68000.000000               1        0.024220
   72000.000000               1        0.023538
   76000.000000               1        0.022910
   80000.000000               1        0.022330
   84000.000000               1        0.021792
   88000.000000               1        0.021291
   92000.000000               1        0.020823
   96000.000000               1        0.020384
  100000.000000               1        0.019972

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