「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

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(→‎モードの詳細)
 
(同じ利用者による、間の5版が非表示)
行15: 行15:
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>入力ファイル名: [[mrcImage]](FFT)</td>  
−
<td>stdion</td>  
+
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル名: [[mrcImage]]([[CTF]])</td>  
+
<td>出力ファイル名: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-info</td>  
 
<td>-info</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>CTF情報(Essential Parameter only)</td>  
+
<td>CTF情報: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-info2</td>  
 
<td>-info2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>CTF情報(Display2/ctfDisplay)</td>  
+
<td>CTF情報2: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-SinWin</td>  
 
<td>-SinWin</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.<br>
+
<td>サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)</td>  
−
(SinWinRmin, SinWinRmax)</td>  
+
<td>補正なし</td>  
−
<td>(0.1, 1.0)</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行75: 行74:
 
<td>-Astig</td>  
 
<td>-Astig</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis))</td>  
+
<td>非点収差補正 (difMin, dfMax, asAxis))</td>  
 
<td>(0, 0 , 0)</td>  
 
<td>(0, 0 , 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行81: 行80:
 
<td>-NoAstig</td>  
 
<td>-NoAstig</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Without Astigmatism</td>  
+
<td>非点収差補正なし</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行104: 行103:
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
 
<div>-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。</div>
 
<div>-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行116: 行115:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>No Correction</td>  
+
<td>補正無し</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>x ctf/|ctf|, phase flipping</td>  
+
<td>x ctf/|ctf| (逆位相)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>x ctf,      phase flipping and ctf-multiplying</td>  
+
<td>x ctf (逆位相 x CTF補正)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>3</td>  
 
<td>3</td>  
−
<td>x 1/ctf    (0.1<|ctf|       phase flipping and ctf-divided</td>  
+
<td>x 1/ctf    (0.1<|ctf| ) (CTF補正 / 逆位相)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行156: 行155:
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 
===-info のファイルのフォーマット===
 
===-info のファイルのフォーマット===
行161: 行161:
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 
</pre>
 
</pre>
−
<div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]] -oI で作成される。</div>
+
<div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]](-oI)で作成される。</div>
 +
<br>
  
 +
===-info2 のファイルのフォーマット===
 +
<div>[[ctfDisplay]](-o), [[Display2]]で作成される。</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
行183: 行187:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
===-info のデータ===
 
===-info のデータ===
行191: 行195:
  
 
</pre>
 
</pre>
 +
<br>
  
 +
===[[Media:Input-B120.ctfinfo|-info2 のデータ]]===
 +
<div>CTF情報2</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ElaRShift: 0.25
 +
flagAliasing: 1
 +
9,NyquistFrequency: 0.2
 +
ThonRingCanvas: 1
 +
0,graph: .graph.graph0.graph
 +
InElaShift: 0.0108
 +
defocus2D0: 27000
 +
defocus2D1: 27000
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行211: 行233:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
行233: 行255:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====info=CTF情報で実行=====
 
=====info=CTF情報で実行=====
行253: 行275:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>
  
 +
=====info2=CTF情報2で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1info2-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-38.9125 (41, 61, 0)<br>
 +
268.151 (39, 35, 0)<br>
 +
21.0538<br>
 +
52.1224<br>
 +
0.65153<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
=====Cs=2.1で実行=====
 
=====Cs=2.1で実行=====
行273: 行315:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====df=27000で実行=====
 
=====df=27000で実行=====
行293: 行335:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====A=0.1で実行=====
 
=====A=0.1で実行=====
行313: 行355:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====Astig=(2000, 3000, 30)で実行=====  
 
=====Astig=(2000, 3000, 30)で実行=====  
行333: 行375:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=2, info=CTF情報で実行====
 
====m=2, info=CTF情報で実行====
行353: 行395:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=3, info=CTF情報で実行====
 
====m=3, info=CTF情報で実行====
行373: 行415:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=4, info=CTF情報で実行====  
 
====m=4, info=CTF情報で実行====  
行394: 行436:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====white=0.5で実行=====
 
=====white=0.5で実行=====
行414: 行456:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=5, info=CTF情報で実行====
 
====m=5, info=CTF情報で実行====
行434: 行476:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=6, info=CTF情報で実行====
 
====m=6, info=CTF情報で実行====
行454: 行496:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
====m=7, info=CTF情報で実行====  
 
====m=7, info=CTF情報で実行====  
行475: 行517:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
+
<br>
  
 
=====white=0.5=====
 
=====white=0.5=====
行495: 行537:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
<br>

2014年9月25日 (木) 08:07時点における最新版

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage(FFT) stdin
-o 必須 出力ファイル名: mrcImage stdout
-info 選択 CTF情報: ASCII NULL
-info2 選択 CTF情報2: ASCII NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] 27000
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 0.1
-SinWin 選択 サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) 補正なし
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.1
-Astig 選択 非点収差補正 (difMin, dfMax, asAxis)) (0, 0 , 0)
-NoAstig 選択 非点収差補正なし
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。


モードの詳細

モード 説明
0 補正無し
1 x ctf/|ctf| (逆位相)
2 x ctf (逆位相 x CTF補正)
3 x 1/ctf (0.1<|ctf| ) (CTF補正 / 逆位相)
4 x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5 x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6 x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8 x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising


-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast


-info2 のファイルのフォーマット

ctfDisplay(-o), Display2で作成される。


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120-CTF.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000514398 (78, 51, 0)

1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


-info のデータ

CTF情報
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


-info2 のデータ

CTF情報2
-前略-

ElaRShift: 0.25
flagAliasing: 1
9,NyquistFrequency: 0.2
ThonRingCanvas: 1
0,graph: .graph.graph0.graph
InElaShift: 0.0108
defocus2D0: 27000
defocus2D1: 27000

-後略-


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


オプション　-m

m=1, kV=200で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

0 (0, 0, 0)
0
0

0


info=CTF情報で実行
Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-38.9125 (41, 61, 0)

268.151 (39, 35, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


info2=CTF情報2で実行
Outdata-m1info2-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-38.9125 (41, 61, 0)

268.151 (39, 35, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Cs=2.1で実行
Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-277.543 (37, 36, 0)

67.5181 (56, 19, 0)
-1.29646e-08
52.1224

0.65153


df=27000で実行
Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6211 (51, 54, 0)

244.573 (39, 35, 0)
1.41363e-08
52.1224

0.65153


A=0.1で実行
Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-46.4642 (56, 19, 0)

298.592 (37, 36, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Astig=(2000, 3000, 30)で実行
Outdata-m1Astig-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7102 (56, 19, 0)

278.233 (37, 35, 0)
-2.56419e-07
52.1224

0.65153


m=2, info=CTF情報で実行

Outdata-m2-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.4959 (28, 30, 0)

115.688 (39, 34, 0)
2.10538
20.8081

0.260101


m=3, info=CTF情報で実行

Outdata-m3-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.5112 (2, 15, 0)

1120.94 (39, 39, 0)
210.538
256.745

3.20931


m=4, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m4-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-76.6069 (1, 16, 0)

835.557 (40, 39, 0)
105.269
192.376

2.4047


white=0.5で実行
Outdata-m4white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6252 (50, 54, 0)

195.105 (39, 35, 0)
8.0976
38.5767

0.482208


m=5, info=CTF情報で実行

Outdata-m5-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7521 (29, 30, 0)

81.6286 (39, 34, 0)
0.210538
16.0662

0.200828


m=6, info=CTF情報で実行

Outdata-m6-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1338.09 (37, 36, 0)

212.611 (2, 70, 0)
-210.538
272.238

3.40297


m=7, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m7-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-885.311 (37, 36, 0)

43.1237 (2, 0, 0)
-105.269
192.376

2.4047


white=0.5
Outdata-m7white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-221.279 (37, 36, 0)

60.2085 (29, 27, 0)
-8.0976
38.5767

0.482208



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