「ctfDetermine」の版間の差分
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>色収差係数初期値: [mm]</td> |
<td>1.2</td> | <td>1.2</td> | ||
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<td>-Ac</td> | <td>-Ac</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>加速電圧[kV]</td> | + | <td>[[加速電圧]]: [kV]</td> |
<td>200</td> | <td>200</td> | ||
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<td>-Ai</td> | <td>-Ai</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>[[照射半角]]: [mrad]</td> |
<td>0.03</td> | <td>0.03</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>degree of function</td> |
<td>6</td> | <td>6</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td> </td> | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[:Media:Input-3D-Data.ctf | 入力ファイル]]の画像=== |
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</table> | </table> | ||
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===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
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CutHigh: 0.5 | CutHigh: 0.5 | ||
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===オプション -D=== | ===オプション -D=== | ||
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<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -Cs=== | ===オプション -Cs=== | ||
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<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -Cc=== | ===オプション -Cc=== | ||
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<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -dE=== | ===オプション -dE=== | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -Ac=== | ===オプション -Ac=== | ||
行308: | 行313: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -CutLow=== | ===オプション -CutLow=== | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -CutHigh=== | ===オプション -CutHigh=== | ||
行322: | 行329: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -I0=== | ===オプション -I0=== | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -ratio=== | ===オプション -ratio=== | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -Ai=== | ===オプション -Ai=== | ||
行344: | 行354: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -BofMTF=== | ===オプション -BofMTF=== | ||
行351: | 行362: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -BofV=== | ===オプション -BofV=== | ||
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<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
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===オプション -Mag=== | ===オプション -Mag=== | ||
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</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -Noise=== | ===オプション -Noise=== | ||
行375: | 行389: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -Noise2=== | ===オプション -Noise2=== | ||
行384: | 行399: | ||
</pre> | </pre> | ||
<div>その他の内容は変化なし</div> | <div>その他の内容は変化なし</div> | ||
+ | |||
===オプション -MolcEnv2=== | ===オプション -MolcEnv2=== |
2015年1月23日 (金) 09:59時点における最新版
ctfDetermineとは、デフォーカスを決定するためのEosのコマンドである。
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定: ASCII(パラメータ) | NULL |
-D | 選択 | デフォーカス初期値: [A] | 0.0 |
-Cs | 選択 | 球面収差係数初期値: [mm] | 1.7 |
-Cc | 選択 | 色収差係数初期値: [mm] | 1.2 |
-dE | 選択 | dE初期値: [mm] | 0.2 |
-Ac | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
-CutLow | 選択 | CutOffLowFrequncy[/A] | 0.05 |
-CutHigh | 選択 | CutOffHighFrequncy[/A] | 0.5 |
-I0 | 選択 | I0 | 1.0 |
-ratio | 選択 | ratioOfAmpToPhase | 0.1 |
-Ai | 選択 | 照射半角: [mrad] | 0.03 |
-BofMTF | 選択 | B of MTF [A] | 15.0 |
-BofV | 選択 | B of Vibration [A] | 3.0 |
-Mag | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Noise | 選択 | S/N比 | 0.0 |
-Noise2 | 選択 | S/N比2 | 0.0 |
-MolcEnv | 選択 | Gaussian: Molcular Envelop [A] | 0.0 |
-MolcEnv2 | 選択 | Table: Molcular Envelop | NULL |
-min | 選択 | min of coefficient area | -10 |
-max | 選択 | max of coefficient area | 10 |
-s | 選択 | step of coefficient | 0.01 |
-d | 選択 | degree of function | 6 |
-S | 選択 | section number of fft | 4 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) |
16 | フィッティング法 |
32 | 差分法 |
64 | 共分散法 |
96 | 差分法+共分散法 |
128 | 最小二乗法 |
160 | 差分法+最小二乗法 (by Imamura) |
161 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) |
163 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション必須項目のみの場合
I: 1 Isignal: 1 Magnification: 1 defocus: 0 AoverP: 0.1 Cs: 1.7 Cc: 1.2 dE: 0.2 Ai: 0.03 MTFMode: 32767 MTF: 15 MTF2: 4.59163e-41 flagVibration: 0 BofVibration: 3 flagSN: 0 SN: 0 Inoise: 0 flagSN2: 0 SN2: 0 Inoise2: 0 flagMolecEnvTable: -1922289664 defocus2D0: 0 defocus2D1: 0 defocus0axis: 0 kV: 200 flagWin: -1906535056 CutLow: 0.05 CutHigh: 0.5
オプション -D
D=1で実行
defocus: 1 defocus2D0: 1 defocus2D1: 1
その他の内容は変化なし
オプション -Cs
Cs=2で実行
Cs: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Cc
Cc=1で実行
Cc: 1
その他の内容は変化なし
オプション -dE
dE=0.5で実行
dE: 0.5
その他の内容は変化なし
オプション -Ac
Ac=100で実行
kV: 100
その他の内容は変化なし
オプション -CutLow
CutLow=0.1で実行
CutLow: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -CutHigh
CutHigh=0.3で実行
CutHigh: 0.3
その他の内容は変化なし
オプション -I0
I0=2で実行
I: 2 Isignal: 2
その他の内容は変化なし
オプション -ratio
ratio=0.2で実行
AoverP: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -Ai
Ai=0.01で実行
Ai: 0.01
その他の内容は変化なし
オプション -BofMTF
BofMTF=20で実行
MTF: 20
その他の内容は変化なし
オプション -BofV
BofV=5で実行
flagVibration: 1 BofVibration: 5
その他の内容は変化なし
オプション -Mag
Mag=2で実行
Magnification: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Noise
Noise=0.1で実行
flagSN: 1 SN: 0.1 Inoise: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -Noise2
Noise2=0.2で実行
flagSN2: 1 SN2: 0.2 Inoise2: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -MolcEnv2
MolcEnv=(ファイル名)で実行
flagMolecEnvTable: 1 MET-File: (ファイル名)
その他の内容は変化なし