「llExtract」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の7版が非表示)
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−
'''llExtract'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''llExtract'''とは[[mrcImage]]([[FFT]])を[[LL]]に変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[llDataPrint]]
−
 
+
からグラフとして確認することが出来る。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行14: 行14:
 
<td>-t</td>  
 
<td>-t</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Title[80]</td>  
+
<td>タイトル: [[ASCII]][80]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-1</td>  
 
<td>-1</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: NearSise: [llData]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[LL]](NearSide)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-2</td>  
 
<td>-2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル: FarSise: [llData]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[LL]](FarSide)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行104: 行104:
 
<td>-f</td>  
 
<td>-f</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>flagOutputINfo</td>  
+
<td>flagOutputInfo</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行110: 行110:
 
<td>-L</td>  
 
<td>-L</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight, ...))</td>  
+
<td>[[可変入力]]: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ...</td>  
−
<td>(0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0) ...</td>  
+
<td>(0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-c</td>  
 
<td>-c</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>コンフィグファイル設定</td>  
+
<td>コンフィグファイル設定: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行132: 行132:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある</div>
 +
<div>-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行144: 行147:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 +
===コンフィグファイルのフォーマット===
 +
<pre>
 +
タイトル
 +
xStep  yStep
 +
MaxX  MaxY
 +
入力ファイル名
 +
出力ファイル名(NearSide)
 +
出力ファイル名(FarSide)
 +
回転角度
 +
Omega
 +
Share
 +
ievery
 +
axl
 +
ayl
 +
xShift
 +
llMax
 +
delRInv
 +
flagOutputInfo
 +
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
 +
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<div>[[llExtractCtrlFileCreate]]にて作成することが出来る。</div>
 +
<div>入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<div>[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
 +
全体<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT1.png]]<br>
 +
中心付近<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
 +
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
 +
0.109661 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00909953<br>
 +
0.00776913<br>
 +
1.01425e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-c===
 +
====[[Media:Input-LLConf.txt|コンフィグファイル1]]====
 +
<div>以下のデータで実行</div>
 +
<pre>
 +
llData
 +
2 2
 +
255 572
 +
In
 +
Nea
 +
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 +
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
12
 +
1024
 +
0
 +
    0      0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
    4      4    144 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    11    -66 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    13      6 0 255 0 255 1.0
 +
    1    15    78 0 255 0 255 1.0
 +
    3    17    150 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    24    -60 0 255 0 255 1.0
 +
    -2    26    12 0 255 0 255 1.0
 +
    0    28    84 0 255 0 255 1.0
 +
    2    30    156 0 255 0 255 1.0
 +
    4    32    228 0 255 0 255 1.0
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-1 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 +
0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 +
9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
 +
1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 +
2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
 +
3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
 +
2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 +
0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 +
9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
 +
1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
 +
2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
 +
3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
 +
2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 +
0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 +
9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
 +
1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
 +
2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
 +
3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02
 +
 +
-中略-
 +
 +
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00  -3  11
 +
 +
-中略-
 +
 +
LAYERLINE  11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4  32
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 +
2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 +
2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 +
2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 +
2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 +
0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 +
9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
 +
1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 +
2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
 +
3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
 +
2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 +
0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 +
9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
 +
1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
 +
2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
 +
3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
 +
2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 +
0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 +
9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
 +
1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
 +
2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
 +
3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02
 +
 +
-中略-
 +
 +
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00  -3  11
 +
 +
-中略-
 +
 +
LAYERLINE  11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4  32
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
 +
2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
 +
2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
 +
2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
 +
2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
</pre>
 +
<br>

2015年3月18日 (水) 00:49時点における最新版

llExtractとはmrcImage(FFT)をLLに変換するEosのコマンドである。出力ファイルはllDataPrint からグラフとして確認することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-t 選択 タイトル: ASCII[80] NULL
-s 選択 Step[A]: (xStep, yStep) (1.0, 1.0)
-M 選択 Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) (1.0, 1.0)
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-1 選択 出力ファイル: LL(NearSide) NULL
-2 選択 出力ファイル: LL(FarSide) NULL
-R 選択 回転角度: [Degree] 0.0
-O 選択 Omega: [Degree] 0.0
-S 選択 Shear: [Degree] 0.0
-I 選択 ievery 0
-axl 選択 axl 0.0
-ayl 選択 ayl 0.0
-x 選択 xShift: [GridUnit] 0.0
-l 選択 llMax 0
-d 選択 delRInv: [A] 0.0
-f 選択 flagOutputInfo
-L 選択 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
-c 選択 コンフィグファイル設定: ASCII NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


コンフィグファイルのフォーマット

タイトル
xStep  yStep
MaxX  MaxY
入力ファイル名
出力ファイル名(NearSide)
出力ファイル名(FarSide)
回転角度
Omega
Share
ievery
axl
ayl
xShift
llMax
delRInv
flagOutputInfo
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
.
.
llExtractCtrlFileCreateにて作成することが出来る。
入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可


実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

1ATOMFil-FFT.png
全体

1ATOMFil-FFT1.png
中心付近

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション　-c

コンフィグファイル1

以下のデータで実行
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
12
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
     4      4    144 0 255 0 255 1.0
    -3     11    -66 0 255 0 255 1.0
    -1     13      6 0 255 0 255 1.0
     1     15     78 0 255 0 255 1.0
     3     17    150 0 255 0 255 1.0
    -4     24    -60 0 255 0 255 1.0
    -2     26     12 0 255 0 255 1.0
     0     28     84 0 255 0 255 1.0
     2     30    156 0 255 0 255 1.0
     4     32    228 0 255 0 255 1.0


-1 のデータ
LAYERLINE   0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
 3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
 2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
 1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
 2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
 3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01

-中略-

 2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
 2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
 1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
 2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
 3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02

-中略-

LAYERLINE   3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00


-2 のデータ
LAYERLINE   0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
 3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
 2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
 1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
 2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
 3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02

-中略-

 2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
 2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
 1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
 2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
 3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02

-中略-

LAYERLINE   3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
 2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
 2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
 2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
 2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00



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